Этим же указом были утверждены положение о службе и структуре её центрального аппарата, появилось управление специальных операций, а секретариат преобразован в управление делами[4].
В июле 2004 года произведена очередная реорганизация центрального аппарата: вместо департаментов созданы службы Федеральной службы безопасности[10].
28 августа2006 года Президент Российской Федерации В. В. Путин своим указом изменил форму сотрудников с оливковой (общевойсковой) на иссиня-черную[11].
Эмблема Департамента военной контрразведки ФСБ России
Органы ФСБ России в соответствии с законодательством Российской Федерации осуществляют оперативно-розыскные мероприятия по выявлению, предупреждению, пресечению и раскрытию террористической деятельности, организованной преступности, коррупции, незаконного оборота оружия и наркотических средств, контрабанды и других преступлений[4].
Кроме того, в их функции входит выявление, предупреждение, пресечение и раскрытие деятельности незаконных вооружённых формирований, преступных групп, отдельных лиц и общественных объединений, ставящих своей целью насильственное изменение конституционного строя Российской Федерации[12].
Направлениями пограничной деятельности являются[4][12][2]:
защита и охрана Государственной границы Российской Федерации, обеспечение соблюдения физическими и юридическими лицами пограничного режима в пунктах пропуска через Государственную границу Российской Федерации;
Обеспечение информационной безопасности — деятельность органов ФСБ России, осуществляемая ими в пределах своих полномочий[4][12][2][13]:
при формировании и реализации государственной и научно-технической политики в области обеспечения информационной безопасности, в том числе с использованием инженерно-технических и криптографических средств;
лицензирование и сертификация отдельных видов деятельности, предусматривающих допуск к государственной тайне Российской Федерации и др.
Здание Управления ФСБ России в Нижнем Новгороде на пересечении Большой и Малой Покровских улиц.
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 10 августа 2011 г. № 1075 к органам Федеральной службы безопасности Российской Федерации относятся[12]:
ФСБ России
(имеющая в своём составе службы, департаменты, управления и другие подразделения, непосредственно реализующие направления деятельности органов федеральной службы безопасности, а также подразделения, исполняющие управленческие функции).
Территориальные органы безопасности
(Управления (отделы) ФСБ России по отдельным регионам и субъектам Российской Федерации)
Органы безопасности в войсках
(Управления (отделы) ФСБ России в Вооруженных Силах Российской Федерации, других войсках и воинских формированиях, а также в их органах управления)
Пограничные органы
(Управления (отряды, отделы) ФСБ России по пограничной службе)
28 июня 2022 года Госдепартамент США ввел санкции против ФСБ. Ранее Управление по контролю за иностранными активами Минфина США накладывало санкции в отношении ФСБ в исполнении Закона о противодействии противникам Америки посредством санкций[16][17].
Дегтярёв К., Колпакиди А. И. СМЕРШ. — М.: Яуза, Эксмо, 2009. — С. 645—705. — 736 с. — (Энциклопедия спецслужб). — 4000 экз. — ISBN 978-5-699-36775-7.
Елизаров А. Контрразведка: ФСБ против ведущих разведок мира. — М.: Гелиос, 2000. — 288 с. — (Профессиональные секреты спецслужб). — ISBN 5-8189-0008-8.
Кожевникова Г. В. ФСБ России: от Лубянки до Камчатки: структурно-биографический справочник. — М.: Панорама, 2003. — 94 с.