Родился 25 января1938 года в городе Новосибирск. По окончании школы служил пограничником в Заполярье. Трудовую деятельность начал шофёром, затем работал специальным корреспондентом районной газеты, потом инструктором в отделе пропаганды и агитации Ордынского райкома партии. Заочно учился в Новосибирском сельскохозяйственном институте.
В 1968 году он переехал в село Верх-Ирмень Ордынского района Новосибирской области. Работал заместителем председателя колхоза и секретарём парторганизации. В 1970 году окончил Новосибирский сельскохозяйственный институт, а в 1972 году стал председателем колхоза «Большевик», впоследствии переименованный сначала в АОЗТ «Ирмень», позднее в ЗАО «Племзавод „Ирмень“», которым руководил до конца своей жизни.
ЗАО «Племзавод „Ирмень“» занимается селекционной работой по выведению коров молочной породы. Ирменские бурёнки дают до 7,4 тысяч литров молока в год. Это самый высокий показатель среди хозяйств Новосибирской области, превышающий среднеобластной почти в три раза. Племенной молодняк акционерное общество поставляет в область и другие регионы России. Урожайность зерновых, которые производят здесь по интенсивной технологии, почти в два раза превышает показатели по району и области.
На его счету внедрение десятков научных разработок, новых производственных технологий, форм организации труда и способов повышения эффективности хозяйственной деятельности. В заслугу Ю. Ф. Бугакову ирменцы ставят как жёсткую, подчас жестокую дисциплину, так и целую систему действующих поощрений: от вручения почётных грамот, премий, санаторных путёвок до выделения благоустроенного жилья.
В 2000 году Ю. Ф. Бугаков возглавил общественный совет по вопросам развития агропромышленного комплекса при главе Администрации Новосибирской области.
С 2005 года Ю. Ф. Бугаков избирался депутатом Новосибирского областного Совета депутатов, на выборах 2020 года выдвигать свою кандидатуру не стал. Работал в аграрном комитете Заксобрания, был заместителем председателя Новосибирского областного Совета депутатов.
Член партии «Единая Россия». Автор монографии, ряда статей в региональной и центральной прессе по проблемам развития сельского хозяйства на современном этапе.
Орден «За заслуги перед Отечеством» I степени (30 мая2018 года) — за большой вклад в развитие сельского хозяйства и многолетнюю добросовестную работу[3]
Орден «За заслуги перед Отечеством» II степени (19 января2013 года) — за высокие достижения в области сельского хозяйства и многолетний добросовестный труд[4]
Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (30 января2003 года) — за большой личный вклад в развитие сельскохозяйственного производства и многолетний добросовестный труд[5]
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (14 ноября1997 года) — за заслуги перед государством, большой вклад в развитие агропромышленного комплекса, увеличение производства зерна и другой сельскохозяйственной продукции в 1997 году[6]
Орден Ленина (29 августа1986 года) — за успехи, достигнутые в выполнении заданий одиннадцатой пятилетки и социалистических обязательств по производству и переработке сельскохозяйственной продукции[8]
Орден Трудового Красного Знамени (14 февраля1975 года) — за большие успехи, достигнутые во Всесоюзном социалистическом соревновании, и проявленную трудовую доблесть в повышении производительности труда, росте урожайности сельскохозяйственных культур и продуктивности общественного животноводства, выполнении народнохозяйственных планов и принятых обязательств по увеличению производства и продажи государству продуктов земледелия и животноводства в 1974 году[9]
Почётное звание «Заслуженный работник сельского хозяйства РСФСР» (29 июня1983 года) — за заслуги в области сельского хозяйства[10]
Почетное звание «Заслуженный работник сельского хозяйства Новосибирской области» (7 ноября2016 года) — за заслуги в производстве и переработке сельскохозяйственной продукции, увеличении урожайности сельскохозяйственных культур, повышении качества и конкурентоспособности выпускаемой сельскохозяйственной продукции[11]
Государственная премия Новосибирской области (1 июня2009 года) — за внедрение новейших технологий в молочном животноводстве и вклад в развитие сельскохозяйственной отрасли Новосибирской области[11]
Медаль Покрышкина (21 марта2013 года) — за доблестное служение Отечеству, активное участие в военно-патриотическом воспитании граждан, значительный вклад в увековечение памяти воинов-сибиряков[11]
Медаль Законодательного Собрания Новосибирской области «За вклад в развитие законодательства Новосибирской области» (27 марта2014 года) — за большой личный вклад в развитие законодательства Новосибирской области и в связи с 20-летием законотворческой деятельности Законодательного Собрания Новосибирской области[12]
Почетная грамота Новосибирского областного Совета депутатов (16 января1998 года) — за большой личный вклад в развитие агропромышленного комплекса области, активную работу в представительных органах государственной власти и в связи с 60-летием со дня рождения[14]
Почётный знак Новосибирского областного Совета депутатов (23 апреля2009 года) — за активную деятельность по реализации полномочий Новосибирского областного Совета депутатов и содействие развитию парламентаризма[15]
Почетный гражданин Новосибирской области (26 сентября2012 года) — за выдающиеся заслуги в социально-экономическом развитии Новосибирской области, в деле защиты прав и свобод граждан, укрепления мира и согласия в обществе, повышения авторитета Новосибирской области в Российской Федерации и за рубежом[16]