История развития современных территорий верфи ведётся от компании Union Giesserei Königsberg, занимавшейся выпуском машиностроительной продукции в Кенигсберге с первой половины 19 века[2][3]. Территорию будущего завода «Янтарь» компания приобрела в 1907 году. В 1930 году немецкая судостроительная компания Schichau-Werke приобрела активы «Унион Гизерай» и продолжила развивать выпуск судов, военных кораблей и машиностроительной продукции.
В 1945 году территория Кёнигсберга перешла к СССР по итогам Второй мировой войны. 8 июля 1945 года, в соответствии с Постановлением Государственного Комитета Обороны СССР, на базе кёнигсбергской верфи «Ф. Шихау» был образован завод, 2 августа 1945 года получивший обозначение № 820[4]. Завод был подчинён 3-му Главному управлению Наркомата Судостроительной промышленности СССР, 18 марта 1946 года реорганизованному в Министерство судостроительной промышленности СССР.
31 января 1966 года предприятие получило наименование «Прибалтийский судостроительный завод „Янтарь“». В том же году за успешную деятельность завод награждён орденом Трудового Красного Знамени[4].
В связи с распадом СССР и структурной перестройкой экономики 7 октября 1993 года Прибалтийский судостроительный завод «Янтарь» акционирован и преобразован в ОАО ПСЗ «Янтарь»[2]. 51 % акций завода осталось у государства.
Производственные мощности завода «Янтарь» позволяют строить на нём корабли и суда спусковым весом до 12 000 тонн. Завод располагает двумя судостроительными комплексами («Янтарь» и «Буревестник»); в составе первого комплекса имеются 2 строительных места длиной 306 м и шириной 24 м, 2 30-тонных и 5 80-тонных кранов, в составе второго комплекса — 3 строительных места длиной 164 м и шириной 16 м, 2 20-тонных и 2 30-тонных крана[5].
Помимо судостроительных комплексов в состав завода входят:
Заводоуправление;
Судостроительный эллинг с четырьмя дорожками длиной 110 м и шириной 42 м;
Кузнечный цех;
Цех обработки, резки и гибки металла;
Полный комплекс оборудования для очистки, порезки и гибки стали;
В период с 1945 г. по 2020 г. на Прибалтийском судостроительном заводе «Янтарь» построено: 161 боевой корабль (сторожевые, противолодочные, десантные корабли и фрегаты); более 100 крупных и 400 малых гражданских судов. Отремонтировано около 500 судов.
2 февраля 2009 года стало известно, что судостроительный завод выиграл конкурс на ремонт большого десантного корабля (БДК) «Александр Шабалин» и ещё пяти кораблей Балтийского флота. До конца 2009 года планируется провести плановый ремонт военных судов. Конкурсную кампанию проводило Главное техническое управление ВМФ России.
В 1996 году завод организовал совместное предприятие ООО «KIA-Балтика» с автосборочной компанией «Автотор»[7]. В качестве паевого взноса завод передал СП часть своих производственных площадей. Спустя несколько лет в СП прошёл конфликт, связанный с низкой прибыльностью совместного предприятия для «Янтаря». В 2011 году «Янтарь» вышел из состава учредителей «KIA-Балтика», однако вернуть цеха судостроительный завод не смог и они продолжают эксплуатироваться «Автотором» как автосборочная площадка.