Шарпаньте работала помощником преподавателя в Университете Пьера и Марии Кюри с 1993 по 1995 год, после проходила постдокторнатуру в «Институте Пастера» до 1996 года.
В 1997—1999 годах занимала позицию младшего научного сотрудника в медицинском центре Нью-Йоркского университета в лаборатории цитолога Памелы Ковин, специализировавшейся на клетках кожи и заинтересованной в осуществлении манипуляций с генами эукариотических клеток. Шарпантье опубликовала статью о регуляции роста волос в мышах[12]. В 1999—2002 годах была научным сотрудником в «Институте Скерболла» (Нью-Йорк) и «Детском исследовательском госпитале Сент-Джуд» (Мемфис, Теннесси)[13] в Нью-Йорке с 1999 по 2002 год[7].
В 2002 году Шарпантье вернулась в Европу и получила должность заведующей лабораторией и приглашённого профессора в «Институте Микробиологии и Генетики» (Венский Университет). В 2004 открыла РНК, вовлечённую в регуляцию синтеза фактора вирулентности в Streptococcus pyogenes.[14] С 2004 по 2006 год заведовала лабораторией на факультете микробиологии и иммунологии. В 2006 стала приват-доцентом там же (микробиология), получив хабилитацию в «Центре Молекулярной Биологии».
С 2006 по 2009 заведовала лабораторией и преподавала в лабораторном центре имени Макса Перуца[7].
В 2009 переехала в Швецию, где возглавила «Шведскую Лабораторию Молекулярной Инфекционной медицины» в Университете Умео. Там же работала штатным преподавателем в 2008—2013 годах, а в 2014—2017 годах — в качестве внештатного[15].
Институт инфекционной биологии имени Макса Планка, Германия
В 2014 году Шарпантье возглавила одно из отделений «Центра Инфекционных Исследований имени Гельмольца» в Германии, получив там же место W3 профессора[16]. В 2014 году получила профессуру имени Александра вон Гумбольдта.
В 2015 году Шарпантье приняла предложение членства в немецком научном Обществе Макса Планка и возглавила «Институт инфекционной биологии Макса Планка»[7][17][18]. C 2014 года Шарпантье — почётный профессор Университета Гумбольдта в Берлине, с 2018 — действующий директор и сооснователь «Центра наук о патогенах Макса Планка». В конце 2017 года Шарпантье отказалась от места внештатного профессора «университета Умео», где недавние пожертвования фонда Кемпре и фонда Кнута и Алисы Валленберг дали ей возможность предоставить больше ставок для молодых исследователей в её научной группе «Шведской Лаборатории Молекулярной Инфекционной медицины» (Университете Умео)[19].
Наибольшую известность Шарпантье получила за расшифровку механизмов иммунной системы бактерий CRISPR/Cas9 и её видоизменения для редактирования генома. В частности, она открыла транс-активационную РНК (tracrRNA) и установила механизм её участия в созревании CRISPR-РНК[20].
В 2011 году Шарпантье познакомилась с Дженнифер Даудной на научной конференции. В коллаборации с лабораторией Даудны и Шарпантье удалось показать возможность разрезания любой заданной последовательности ДНК с помощью Cas9. В разработанном ими методе использовалось сочетание белка Cas9 с единственной гидовой РНК (sgRNA, англ. Single Guide RNA)[21][22]. Гидовая РНК — химерная транс-активационной РНК и направляющей систему CRISPR-РНК, обе из которых строго необходимы для работы системы дикого типа. Использование единственной РНК значительно упростило метод редактирования генома[22]. Исследователи со всего мира стали применять Cas9 для редактирования геномов растений, животных и лабораторных клеточных линий. Использование CRISPR — революционное открытие, позволившее исследователям с относительной лёгкость проводить генетические эксперименты и разрабатывать новые методы генной терапии.
В 2019 году вышел документальный фильм с участием Шарпантье под названием «Человеческая натура», описывающий процесс генетического редактирования с помощью CRISPR и взгляды учёных, разработавших и применяющих этот метод[23].
Эмманюэль Шарпантье и Дженнифер Даудна были удостоены Нобелевской премии по химии в 2020 году «за разработку метода редактирования генома»[24]. Объявление о присуждении премии сделано 7 октября 2020 года.
Вручение премии состоялось 10 декабря того же года.
↑Mangold, Monika; Siller, Maria; Roppenser, Bernhard; Vlaminckx, Bart J. M.; Penfound, Tom A.; Klein, Reinhard; Novak, Rodger; Novick, Richard P.; Charpentier, Emmanuelle (2004). “Synthesis of group A streptococcal virulence factors is controlled by a regulatory RNA molecule”. Molecular Microbiology [англ.]. 53 (5): 1515—1527. DOI:10.1111/j.1365-2958.2004.04222.x. ISSN1365-2958. PMID15387826.
↑Research Groups (неопр.). MIMS. Дата обращения: 10 октября 2020.
↑Home (неопр.). Helmholtz Centre for Infection Research.
Abbott A. The quiet revolutionary: How the co-discovery of CRISPR explosively changed Emmanuelle Charpentier’s life (англ.) // Nature. — 2016. — Vol. 532. — P. 432–434. — doi:10.1038/532432a.