Основным объектом исследований Варшеля являются вычислительные методы применительно к корреляции структурной функции биологических молекул,[6][7] метод QM/MM применительно к моделированию ферментативных реакций,[8]молекулярное моделирование биологических процессов,[9][10] создание микроскопических электростатических моделей белков,[11] возмущение свободной энергии в белках[12] и прочие методы. За заслуги в исследованиях этих методов в 2013 году Варшель был удостоен Нобелевской премии по химии[13].
↑Lifson S., Warshel A. A Consistent Force Field for Calculation on Conformations, Vibrational Spectra and Enthalpies of Cycloalkanes and n-Alkane Molecules (англ.) // The Journal of Physical Chemistry A : journal. — 1968. — Vol. 49, no. 11. — P. 5116. — doi:10.1063/1.1670007.
↑Warshel A., Lifson S. Consistent Force Field Calculations. II. Crystal Structure, Sublimation Energies, Molecular and Lattice Vibrations, Molecular Conformations and Enthalpies of Alkanes (англ.) // Journal of Chemical Physics : journal. — 1970. — Vol. 53, no. 2. — P. 582. — doi:10.1063/1.1674031.
↑Warshel A., Levitt M. Theoretical Studies of Enzymatic Reactions: Dielectric Electrostatic and Steric Stabilization of the Carbonium Ion in the Reaction of Lysozyme (англ.) // Journal of Molecular Biology : journal. — 1976. — Vol. 103, no. 2. — P. 227—249. — doi:10.1016/0022-2836(76)90311-9. — PMID 985660.
↑Warshel A. Bicycle-pedal Model for the First Step in the Vision Process (англ.) // Nature : journal. — 1976. — Vol. 260, no. 5553. — P. 679—683. — doi:10.1038/260679a0. — PMID 1264239.
↑Warshel A. Molecular Dynamics Simulations of Biological Reactions (англ.) // Accounts of Chemical Research : journal. — 2002. — Vol. 35, no. 6. — P. 385—395. — doi:10.1021/ar010033z. — PMID 12069623.
↑Warshel A., Russel T. Calculations of electrostatic interactions in biological systems and in solutions (англ.) // Q.Rev.Biophys. : journal. — 1984. — Vol. 17. — P. 283—421.
↑Warshel A. Simulating the Energetics and Dynamics of Enzymatic Reactions (англ.) // Pontificiae Academiae Scientiarum Scripta Varia : journal. — 1984. — Vol. 55. — P. 60.