Необходимость строительства нового морского пассажирского терминала была вызвана неспособностью существующего Морского вокзала принимать круизные суда длиной более 200 метров. Как следствие, большие пассажирские суда прибывали в торговый порт Санкт-Петербурга. В 2002 году администрация Санкт-Петербурга предложила построить современный комплекс для приёма круизных судов. Соответствующее распоряжение о начале строительства морского пассажирского терминала подписал в 2005 году премьер-министр России М. Фрадков[10][11]. Проектом также предполагалось проведение дноуглубительных работ и реконструкция Подходного и Петровского каналов длиной 10 километров[12].
В сентябре 2008 года открыта первая очередь Пассажирского порта Санкт-Петербург, состоящая из одного морского вокзала для круизных судов и двух причалов; 10 сентября порт принял первое круизное судно — Costa Mediterranea[13].
В том же году начала работу вторая очередь Пассажирского порта Санкт-Петербург, состоящая из одного круизного и одного круизно-паромного вокзалов, а также трех причалов.
Строительство Пассажирского порта Санкт-Петербург было завершено в 2011 году строительством ещё одного круизного вокзала и двух причалов.
27 мая 2011 года, в день города Санкт-Петербурга, при участии губернатора Валентины Матвиенко состоялась торжественная церемония передачи первого и единственного на Северо-Западе России специализированного Пассажирского порта Санкт-Петербург «Морской фасад» городу[2][14].
В порту могут швартоваться суда длиной не более 340 м и осадкой до 8.8 м. Общая протяжённость причальной стенки составляет 2171 м, глубина Подходного и Петровского каналов — 11 м, что позволяет принимать крупнейшие круизные суда Балтики. В Пассажирском порту Санкт-Петербург имеется очистительная станция для подачи на суда питьевой воды и оборудование для приёма с судов канализационных вод и сухого мусора[1][2].
Береговая инфраструктура порта включает в себя 4 морских вокзала (3 круизных и 1 круизно-паромный) и 7 причалов (5 круизных, 2 круизно-паромных)[2].
Вокзалы
Номера причалов
Пограничный контроль
Морской вокзал № 1 (круизный)
6, 7
36 кабин
Морской вокзал № 2 (круизный)
4, 5
28 кабин
Морской вокзал № 3 (паромный)
2, 3
20 кабин
Морской вокзал № 4 (круизный)
1, 2
32 кабины
Круизное судно у первого причала комплекса
На территории каждого вокзала находятся автоматы по продаже напитков и еды, кафе, сувенирные магазины, банкоматы и стойка такси. Также возле всех вокзалов имеются парковочные места для автобусов[15] и легковых автомобилей (парковка платная)[16].
В туристический сезон в Пассажирский порт Санкт-Петербург регулярно приходят круизные суда. Для привлечения иностранных туристов, прибывающих круизными и паромными судами, действует безвизовый режим 72-часового пребывания на территории России[17].
В марте 2011 года с вводом в эксплуатацию круизно-паромного вокзала в Пассажирский порт Санкт-Петербург был переведён паром Princess Maria, курсирующий из Санкт-Петербурга в Хельсинки, оператора St. Peter Line, ранее отправлявшийся с Морского вокзала[18]. Однако c осени 2011 года паромы Princess Maria и Princess Anastasia вновь базируются на Морском вокзале[19][20] Отказ совместить высадку пассажиров и разгрузку судов был аргументирован неспособностью улично-дорожной сети Василеостровского района выдержать рост нагрузки после прибытия паромов с автомобилями[21]. Также в 2011 году было запланировано открытие новых линий, связывающих Санкт-Петербург с Германией и Польшей. При этом предполагалось, что линии будут использоваться не только для пассажирских перевозок, но и для доставки грузов посредством автопоездов[22]. Как заявил заместитель министра транспорта Российской Федерации Виктор Олерский, до тех пор, пока Васильевский остров не соединён с Западным скоростным диаметром, Пассажирский порт Санкт-Петербург не будут использовать как грузо-пассажирский порт[21]. 13 марта 2015 года Председателем Правительства Российской Федерации Д. А. Медведевым было подписано Распоряжение об изменении классификации пункта пропуска через государственную границу Российской Федерации в морском порту «Пассажирский порт Санкт-Петербург» по характеру международного сообщения с пассажирского на грузо-пассажирский № 413-р[23][24]. Принятое Правительством Российской Федерации решение об изменении классификации пункта пропуска через государственную границу в Пассажирском порту Санкт-Петербург создаёт условия для организации круглогодичного паромного сообщения на регулярной основе с предоставлением полного спектра услуг для паромных судов, включая возможность обработки накатных грузов.
За 2009 год в совершено 115 судозаходов, прибыло 248 тыс. пассажиров[25].
За 2010 год совершено 254 судозахода, прибыло 373 тыс. пассажиров[26].
За 2011 год совершено 327 судозаходов, прибыло 528 тыс. пассажиров[27].
За 2012 год совершено 225 судозаходов, прибыло 422 тыс. пассажиров[28].
За 2013 год совершено 261 судозаход, прибыло 504 тыс. пассажиров[29].
За 2014 год совершено 239 судозаходов, прибыло 483 тыс. пассажиров[30].
За 2015 год совершено 225 судозаходов, прибыло 491 тыс. пассажиров[31].
С конца 2010-х и до 2021 года каждый год прибывало около 800 судов, а общая численность пассажиров доходила до 900 тысяч человек.
В 2022 году в связи с санкциями полностью прекратилось прибытие в порт пассажирских судов из европейских государств. Администрацией порта прорабатывается вопрос сокращения операционных затрат, изучается вариант со сдачей объектов порта в аренду.[32]