Когда умер Бонифаций IX, в Риме присутствовали делегаты конкурирующего папы из Авиньона, Бенедикта XIII. Римские кардиналы спросили делегатов, отречется ли их господин от престола, если кардиналы воздержатся от проведения выборов, — так можно было прекратить схизму и выбрать одного единого папу. Когда делегаты ответили, что Бенедикт XIII никогда не отречется от престола, кардиналы приступили к выборам.
Козимо Мильорати был избран единогласно — восемью кардиналами — 17 октября1404 года и принял имя Иннокентия VII. После того, как стало известно о выборах, гибеллины устроили в Риме беспорядки, но мир был поддержан при помощи короля Владислава, который поспешил в Рим с солдатами, чтобы помочь папе в подавлении восстания. За свои заслуги король потребовал от Иннокентия VII уступок, в том числе обещания, что он не будет конфликтовать с авиньонским антипапой Бенедиктом XIII, которого поддерживал французский король. Владислав опасался, что французы будут продвигать на трон Неаполя Людовика II Анжуйского. В итоге Иннокентий VII, который не имел никакого намерения достигать соглашения с Авиньоном, оказался под гнетом обещаний, которые, однако не стал выполнять.
Иннокентий VII совершил большую ошибку, введя своего племянника Лодовико Мильорати — блестящего кондотьера, бывшего на службе у Джан Галеаццо Висконти Миланского, — в коллегию кардиналов. В августе 1405 года Лодовико организовал убийство одиннадцати противников папы; их тела выбросили из окна больницы Санто-Спирито на улицу. Поднялся шум. Папа, его свита и кардиналы, вместе с членами семьи Мильорати, бежали в Витербо. Людовико организовал контратаку на преследователей, завязалась схватка с жертвами с обеих сторон. Так, игумен Перуджи был убит на глазах папы.
Король Владислав послал отряд для подавления беспорядков, к январю 1406 года римляне снова признали папу главой светской власти Рима, и Иннокентий VII смог вернуться. Но Владислав потребовал новых уступок, в частности, расширения своих полномочий в Риме и Папской области. Когда папа отказал, король поспособствовал гибеллинам Рима в организации нескольких бунтов в 1406 году и под предлогом защиты Ватикана ввел в город свои войска. Папа отлучил Владислава от церкви, но тот не смирился и не вывел войска.
Иннокентий умер в Риме 6 ноября1406 года столь неожиданно, что ходили слухи о его отравлении. Впрочем, нет никаких доказательств, что он не умер от естественных причин.