Джан Антонио Факкинетти родился 20 июля1519 года в Болонье. Он был юристом[5]: в 1544 году он окончил Болонский университет со степенью юриста и стал секретарём кардинала Николо Ардингелли, после чего поступил на службу к кардиналу Алессандро Фарнезе, брату герцога Пармы и внуку папы Павла III (1534—1549), одного из главных меценатов того времени. Кардинал отправил Факкинетти своим представителем в Авиньон, а затем в Парму, где он был и. о. губернатора города с 1556 по 1558 год.
Стал кардиналом12 декабря1583 года, в один день с Джамбаттистой Кастанья и Никколо Сфрондрати, будущими папами Урбаном VII и Григорием XIV, его предшественниками на папском престоле, а также Алессандро Оттавиано Медичи, который стал папой Львом XI в следующем столетии. По стечению обстоятельств, никто из кардиналов, рукоположённых в этот день, не пробыл папой больше года.
Был одним из самых престарелых кардиналов на конклаве, избравшем его папой. На этом конклаве были предложены семь кандидатов, угодных испанскому королю, и после недолгого совещания кардиналы избрали Факкинетти под именем Иннокентия IX. Памятуя о залоге своего успеха, Иннокентий IX поддерживал во время понтификата политику испанского короля Филиппа II Габсбурга и Католической лиги против Генриха IV Французского во время французских религиозных войн (1562—1598)[7].