Декретом «Ad nostrum qui»(англ. текст) от 6 мая 1312 осуждались религиозные движения бегинок и бегардов, отрицавших, что Блаженное видение является сверхъестественным даром Бога и считавших, что Блаженное видение можно достичь своими собственными усилиями.
Вопрос о церковной реформе заключался в выработке правовых норм, направленных на укрепление благочестия среди духовенства и защиту прав и свобод Римско-католической церкви от посягательств светских государей. Параллельно Вьеннский собор рассмотрел некоторые догматические и дисциплинарные вопросы. В сфере догматики декретом «Fidei catholica» было осуждено приписываемое францисканцуПетру Оливи учение о том, что разумная душа не является формой тела. Одним из важнейших дисциплинарных вопросов, рассматривавшихся на соборе, было положение в Ордене францисканцев. Внутри ордена развернулась т. н. «дискуссия о бедности», в конце XIII века породившая движение «спиритуалов», которые провозглашали принцип абсолютной бедности. Вьеннский собор выступил против крайних требований спиритуалов и призвал их в вопросах о бедности избрать умеренное направление, одновременно сохраняя прочную связь с Римско-католической церковью.
Помимо прочего, собор должен был принять решение о папе Бонифации VIII, который имел жесткий конфликт с Филиппом IV, закончившийся пленением папы. Филипп настаивал на посмертном суде над понтификом, с 1303 года, обвиняя его в ереси, симонии, незаконности избрания. Папа Бенедикт XI, избранный после Бонифация, был противником осуждения своего предшественника и это породило слухи о причастности Филиппа к скорой смерти Бенедикта. Поговаривали об отравлении.
Однако, несмотря на то, что Климент находился под давлением, он хорошо понимал возможные последствия того, что хоть один папа будет признан еретиком.
В итоге секретных переговоров папы Климента и короля Филиппа в феврале 1312 г. было достигнуто соглашение. Собор подтвердил законность отречения папы Целестина V а значит и легитимность выборов Бонифация VIII. Также собор признал, что Бонифаций VIII не совершил ничего вызывающего подозрения в ереси, а папа Климент V издал буллу «Rex gloriae virtutem», запретившую возвращаться к этому вопросу. Одновременно были аннулированы неприемлемые для Филиппа IV буллы Бонифация VIII. Филипп Красивый был признан невиновным в организации нападения на Папу в Ананьи; Ногаре, признанный виновным, получал папское прощение.