Работал главным специалистом на предприятиях агропромышленного комплекса Курганской области.
С 1992 по 1994 годы работал директором ТОО «Росинвестсвязь».
С 1994 по 1996 годы работал исполнительным директором ТОО «Зауралсельснаб».
С 1996 по 2002 годы работал генеральным директором ООО «Зауральская топливно-энергетическая корпорация».
Был антикризисным управляющим ряда предприятий, включая ОАО «Лебяжьевский элеватор», ОАО «Макушинский элеватор».
В 2002 году Сергей Николаевич был назначен внешним управляющим ФГУП «Курганприбор», на котором из-за долгов было практически прекращено производство. Вместе со специалистами Муратов разработал антикризисную программу по развитию предприятия. В результате её реализации удалось сохранить мобилизационные мощности не только «Курганприбора», но и обанкротившихся предприятий городов Самары, Нижнего Новгорода, Саранска и других. С этих заводов в Курган было перевезено более 1,5 тысяч единиц оборудования, 7,5 тысяч оснастки и техническую документацию. Значительная часть изделий, выпускавшихся на обанкротившихся предприятиях, в настоящее время продолжает изготовляться АО «НПО «Курганприбор». Муратов является председателем Совета директоров АО «НПО «Курганприбор».
В мае 2010 года избран председателем Совета промышленников и предпринимателей по Курганской области.
Сергей Муратов активно занимается общественной деятельностью. Он является заместителем председателя Общественной палаты Курганской области, президентом Федерации самбо и дзюдо Курганской области.
Он участвует в благотворительных мероприятиях, руководит фондом имени Святого Благоверного князя Александра Невского, который финансирует работу православной школы, издаёт православно-патриотический журнал «Русское поле Зауралья». По его инициативе и при активном участии построены храмы в Лебяжье и на территории «Курганприбора», в сентябре 2007 года установлен бюст Александра Невского в заводском сквере.
Член Всероссийской политической партии «Единая Россия».
13 сентября 2015 года избран депутатом Курганской областной думы VI созыва от одномандатного избирательного округа № 2 — Центральный избирательный округ (город Курган). Число избирателей, внесенных в список составило 45329 чел., Муратов получил 4800 голосов, Василий Александрович Кислицын (КПРФ) — 2833, Анатолий Александрович Соколов (Справедливая Россия) — 1609, Ирина Александровна Быкова (ЛДПР) — 1275, недействительных бюллетеней — 337[4]. Член фракции политической партии «Единая Россия», член комитета по экономической политике.
13 сентября 2020 года был избран депутатом Курганской областной думы VII созыва (на выборах возглавлял территориальную группу № 14 «Притобольная»).
25 сентября 2020 года наделён полномочиями сенатора Российской Федерации представителем от Курганской областной думы». На голосовании была выдвинута только кандидатура Муратова. «Счётная комиссия установила: число бюллетеней за — 33, против — 0. 23 сентября 2020 года кандидатуру Муратова на данный пост предложил губернатор региона Вадим Михайлович Шумков[7].
Из-за поддержки российской стороны в военных действиях на Украине находится под персональными международными санкциями Евросоюза[8], США[9], Великобритании и ряда других стран[10].
Женат, отец двух дочерей[12]. Жена — Светлана Муратова. По состоянию на 2020 год она владела несколькими производственными и строительными предприятиями в Курганской области[13].
Дочь — Мария Теребенина[14] Её муж, Фёдор Владимирович Теребенин — глава регионального исполкома ОНФ в Курганской области.
Дочь — Ксения Авдалова[15]. Её муж, Юрий Александрович Авдалов — председатель совета директоров АО «Кургандормаш».