Как участник Шмалькальденской лиги, Магдебург был осаждён с октября 1550 по август 1551 года войсками Морица Саксонского, и наконец должен был покориться и принять неприятельский гарнизон.
Во время Тридцатилетней войны Магдебург был в течение 7 месяцев осаждаем (1629) войсками Валленштейна, который, однако, не смог взять его. К Магдебургу подступил имперский полководец Тилли, который, после успешных осадных работ, двинул 10 мая 1631 года свои войска на штурм. Имперцы, ворвавшись в город, истребили почти всех жителей и предались страшным неистовствам, завершившимся пожаром, обратившим Магдебург в груду пепла. О причинах почти полного разрушения города в исторической литературе существуют разногласия[6][7][8].
Магдебургское архиепископство основано императором Оттоном I в 968 году. Архиепископы магдебургские непрерывно воевали с соседними славянами и бранденбургскими маркграфами, а одно время и с императором Генрихом IV. Нередко бывали и столкновения архиепископа с городом Магдебургом; во время одного из них был убит (1325) архиепископ Бурхард III.
К концу XV века архиепископская область состояла из двух частей, разделённых владениями Ангальта, и занимала площадь в 5400 км². С XVI века архиепископы, а затем администраторы магдебургские избирались из бранденбургского дома (кроме последнего администратора — Августа, герцога Саксонского).
В 1648 году Магдебургское архиепископство секуляризировано и в качестве герцогства присоединено к Бранденбургу, фактически овладевшему Магдебургом лишь после смерти последнего администратора (1680).
Во время войны 1806 года, в начале ноября, войска французского корпуса Нея два раза безуспешно штурмовали крепость, но 10 ноября она сдалась. В 1813 году Магдебург, занятый французами, был блокирован сначала прусскими, а потом русскими войсками; при заключении перемирия блокада была снята. В 1814 году город снова подвергся блокаде, но был оставлен французами лишь в мае, по получении известия о взятии Парижа.
1945. В течение Второй мировой войны Магдебург, насчитывавший 350 000 жителей, сильно пострадал от массированных бомбардировок союзников. 16 января 1945 года 400 бомбардировщиков B-17 провели самый крупный налёт на город, в результате которого было разрушено 90 % старого города, было уничтожено 15 церквей, погибло 2500 человек и ещё 190 000 человек остались без жилья. Сильнее Магдебурга в Германии во время войны пострадал только Дрезден. 19 апреля 1945 года западная часть города была полностью занята американскими войсками, и только 5 мая 1945 восточная часть города была занята советскими войсками. 1 июня 1945 последние подразделения 117 стрелковой дивизии США были заменены подразделениями Британской армии, и только месяц спустя (1 июля) западная часть Магдебурга была передана под контроль частей Красной армии.
1945—1990. В послевоенные годы многие уцелевшие здания были разобраны, в довоенном состоянии сохранились только несколько строений около Кафедрального собора. С 1949 года до воссоединения Германии 3 октября 1990 город входил в состав ГДР и являлся центром одноимённого округа.
1990. Магдебург становится столицей нового образования — федеральной земли Саксония-Анхальт. Центр города восстанавливается почти исключительно в современном стиле.
Георг Филипп Телеман (1681—1767), немецкий композитор, капельмейстер, музыкальный критик и общественный деятель
Клаус Тунеманн (род. в 1937), немецкий фаготист и педагог
Хеннинг фон Тресков (1901—1944), генерал-майор немецкой армии (1944), один из активных участников заговора против Гитлера
Генрих Чокке (1771—1848), немецкий и швейцарский писатель-просветитель, переводчик, евангелический теолог, педагог, историк, журналист и правительственный чиновник