Название происходит от выражения «вольное графство Бургундия, фр.Franche Comté de Bourgogne» (в отличие от земель недавнего (до 1 января 2016) региона Бургундия, бывшего в те времена герцогством Бургундия). Франш-Конте — один из немногих французских регионов, чья современная территория практически в точности соответствует территории прежней королевской провинции, хотя с XIX века в его состав также была включена Территория Бельфор, которая традиционно была страной ойльского языка, являясь прежде частью Эльзаса. В настоящее время территория Франш-Конте, главным образом, объединяет земли прежней провинции Франш Конте, графства Монбельяр и Территории Бельфор, которая осталась во Франции при аннексии Эльзаса в 1871 году. Такая относительно единая история, подкрепляемая значительной автономией, которой в прошлом пользовалось графство Бургундия (в том числе и при династии Габсбургов), обеспечила однородную самобытность и целостность региона вплоть до наших дней.
Название Франш-Конте официально появилось только в 1478 году. До этого в ходу было название графство Бургундия.
Существуют различные объяснения происхождения названия «Франш-Конте». Согласно преданию, в то время, когда Франш-Конте, называвшееся тогда графство Бургундия, попало под господство короля Германии Конрада III (1093—1152), граф Бургундии, Рено III (1093—1148) потребовал независимости графства и отказался принести оммаж королю, получив от того прозвище «вольный граф» (фр.Franc-Comte), давшее название провинции. Однако только в 1366 году это название впервые было упомянуто в официальных документах.
Другое объяснение констатирует особое положение графства Бургундии по отношению к Германской империи после его присоединения к ней в 1026 году. Не будучи включенным в Империю в действительности, графство оставалось свободным от любых обязательных платежей в её пользу, хранило свой язык и свои традиции. Это было, таким образом, вольное графство. Поэтому провинцию и назвали «Франш-Конте» («вольное графство»).
Франш-Конте занимает площадь всего 16 202 км² (при средней площади 24 762 км²), это самый маленький из метропольных регионов Франции, если не считать регионов, входящих в так называемую «корону Парижа».
После смерти короля франков Карла Великого эти земли много раз меняли своего правителя. Территория Франш-Конте с X века была частью графства Бургундии. Её главным городом был Доль.
Людовик XIV перед Безансоном
Название Франш-Конте впервые официально упоминается в 1366 году, когда его ввела в официальные документы графиня Маргарита (дочь короля Франции Филиппа V Длинного).
В 1674 году французские войска снова заняли Франш-Конте, и область отошла к Франции по условиям Нимвегенского мира1678 года. Исключение составило княжество Монбельяр на северо-востоке; оно вошло в состав Франции только в период революционных войн в 1793 году.
Озеро Сен-Пуэн, также известное под именем Мальбюиссон, расположенное в департаменте Ду. Оно является одним из самых крупных естественных озёр Франции.
Озеро Вугланс (фр.lac de Vouglans), находящееся в департаменте Юра. По своему объёму (620 млн кубометров воды) это третье во Франции искусственное водохранилище. Плотина была установлена между 1964 и 1969 годами.
Множество пещер и гротов: Пропасть Пудрей (самый большой обустроенный подземный зал во Франции и одна из десяти примечательных пещер всей Европы); Пещера Оссель (её природные украшения, разнообразных кристальных форм и оттенков, геологические феномены и доисторические богатства делают пещеру одной из самых значимых в мире; к тому же, это самая древняя туристическая пещера); Ледяная пещера (единственная в Европе, где можно летом увидеть ледник высотой 525 метров).
Множество величественных сооружений, сохранившихся в регионе Франш-Конте, свидетельствуют о богатой событиями истории этой местности.
На территории Франш-Конте, пограничном французском регионе, имеется множество фортов и оборонительных укреплений. Крепость Безансона является одним из самых красивых укреплений, созданных выдающимся военным инженером Вобаном; она включена в список мирового наследия ЮНЕСКО. Также достойны упоминания замок Жу, форт Русс (фр.Rousses), Замок Монбельяр и укрепления Бельфора и его окрестностей.
Напитки происходят преимущественно из винодельческого региона Юра: соломенное вино (фр.vin de paille), жёлтое вино (фр.Vin jaune), юрский креман (игристое вино), абсент, анисовый аперитив Понтарлье, киршвассер, еловый ликёр, кустарное пиво (La Rouget de Lisle, Griffe du Lion) и прочее.