АссистентНовый вопросИсторияОбласти знаний
Партнёрские проектыСпецпроектыСтать автором
Сменить язык
О РУВИКИ

Список растений с секвенированным геномом

Список растений с секвенированным геномом включает растения, для которых в публичном доступе имеется полная собранная, аннотированная последовательность генома. В список не включены растения, геномы которых не собраны и представлены отдельными последовательностями. Также в представленный список не включены растения для которых доступны только геномы органелл (пластид и митохондрий). Для всех клад живых организмов, см. список секвенированных геномов.

Водоросли

В данном случае водоросли понимаются широко, как сборная группа без таксономического значения, объединяющая фотосинтезирующие эукариотические организмы.

Организм (штамм) Клада Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Cyanophora paradoxa Glaucophyte (Глаукофитовые водоросли) Rutgers University[1] 2012
Bathycoccus prasinos BBAN7 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Сравнительные анализ 15 Mb Joint Genome Institute 2012[2]
Chlamydomonas reinhardtii CC-503 cw92 mt+ Chlorophyta (Зелёные водоросли) Модельный организм 111 Mb 17,737 University of California at Los Angeles[3] Chlamydomonas reinhardtii (англ.) на сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI). ENAШаблон:ENA 2007
Chlorella variabilis NC64A Chlorophyta (Зелёные водоросли) 2010[4]
Coccomyxa subellipsoidea sp. C-169 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Модельный организм (предполагается использование для получения биотоплива) Joint Genome Institute 2007[5]
Dunaliella salina CCAP19/18 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Галофил, используется для получения биотоплива и синтеза β-каротина Joint Genome Institute Organelle genomes complete,[6] nuclear genome in progress
Micromonas pusilla CCMP1545 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Представитель морского фитопланктона Joint Genome Institute 2007[7][8]
Micromonas pusilla RCC299/NOUM17 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Joint Genome Institute 2007[9]
Ostreococcus lucimarinus CCE9901 Chlorophyta (Зелёные водоросли) Простой эукариотический организм с маленьким геномом 13.2 Mb 7,796 2007[10]
Ostreococcus tauri OTH95 Chlorophyta (Зелёные водоросли) 2006[11]
Ostreococcus sp. RCC809 Chlorophyta (Зелёные водоросли) 7,773 Joint Genome Institute 2008[12]
Volvox carteri Chlorophyta (Зелёные водоросли) Многоклеточная водоросль, модельный организм ~131.2 Mb 14,971 2010[13]
Chondrus crispus Rhodophyta (Красные водоросли) 105 Mb 9,606 Genoscope/Station Biologique de Roscoff 2013[14]
Cyanidioschyzon merolae strain:10D Rhodophyta (Красные водоросли) 16.73 Mb 5,017 2004,[15] 2007[16]
Galdieria sulphuraria Rhodophyta (Красные водоросли) Термо-ацидофильный организм (экстремофил) 13.7 Mb 6,623 2005[17] 2005[18] 2013[19]
Porphyridium purpureum Rhodophyta (Красные водоросли) 19.7 Mb 8,355 2013[20]
Pyropia yezoensis Rhodophyta (Красные водоросли) 43 Mb 10,327 2013[21]
Ectocarpus siliculosus Heterokontophyta (Страменопилы) Представитель из супергруппы SAR Station Biologique de Roscoff 2010[22]

Мохообразные

Организм (разновидность, сорт) Отдел Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Physcomitrella patens ssp. patens str. Gransden 2004 Bryophyta (Мхи) Модельное растение, сформировавшегося при ранней дивергенции наземных растений 2008[23]

Высшие растений (сосудистых растений)

Организм (разновидность, сорт) Отдел Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Sеlaginella moellendorffii (плаунок Мёллендорфа) Lycopodiophyta (Плауновидные) Модельный организм 2011[24][25]

Покрытосеменные

Амборелловые (Amborellales)

Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Amborella trichopoda Amborellaceae (Амборелловые) Базальные покрытосеменные 2013[26][27]

Эвдикоты

Лютикоцветные (Ranunculales)
Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Aquilegia coerulea (водосбор голубой) Ranunculaceae (Лютиковые) Базальные эвдикоты Неизданный геном[28]
Протеецветные (Proteales)
Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Nelumbo nucifera (лотос орехоносный) Nelumbonaceae (Лотосовые) Базальные эвдикоты 2013[29]
Гвоздичноцветные (Caryophyllales)
Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Beta vulgaris (свекла обыкновенная) Chenopodiaceae (Маревые) Сельскохозяйственная культура 714-758 Мб 27,421 2013[30]
Chenopodium quinoa (киноа) Chenopodiaceae (Маревые) Сельскохозяйственная культура 1.39-1.50 Гб 44,776 3,486 подмости, эшафот Н50 в 3.84 Мб, 90 % собранного генома содержится в 439 лесов 2017[31]
Amaranthus hypocondriacus Amaranthaceae (Амарантовые) Сельскохозяйственная культура 403.9 Мб 23,847 16 крупных лесов от 16.9 до 38,1 Мб. N50 и Л50 сборки 24.4 Мб и 7, соответственно.[32] 2016[33]
Розиды (Rosids)
Организм (разновидность, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Betula nana (карликовая берёза) Betulaceae (Берёзовые) Арктический кустарник 450 Mbp QMUL/SBCS 2013[34]
Aethionema arabicum Brassicaceae (Капустные) Сравнительный анализ геномов Капустных 2013[35]
Arabidopsis lyrata Brassicaceae (Капустные) Модельный организм 2011[36]
Arabidopsis thaliana экотип: Columbia Brassicaceae (Капустные) Модельный организм 135 Mbp 2000[37]
Barbarea vulgaris Сурепка обыкновенная

G-type

Brassicaceae (Капустные) Модельный организм при изучение специфических ветвей вторичного метаболизма и механизмов защиты от фитопатогенов 2017[38]
Brassica rapa (репа) Brassicaceae (Капустные) Сельскохозяйственная овощная культура и модельное растение 2011[39]
Capsella rubella (пастушья сумка) Brassicaceae (Капустные) Близкий родственник модельного организма Arabidopsis thaliana 130Mbp 26,521 JGI 2013?[40] 2013[41]
Eutrema salsugineum (эвтрема) Brassicaceae (Капустные) Близкий родственник A. thaliana, обладает высокой солеустойчивостью 240Mbp 26,351 JGI 2013[42]
Eutrema parvulum (эвтрема) Brassicaceae (Капустные) Сравнительный анализ геномов Капустных 2013
Leavenworthia alabamica Brassicaceae (Капустные) Сравнительный анализ геномов Капустных 2013
Sisymbrium irio (гулявник) Brassicaceae (Капустные) Сравнительный анализ геномов Капустных 2013
Thellungiella parvula Brassicaceae (Капустные) Близкий родственник A. thaliana, обладает высокой солеустойчивостью 2011[43]
Cannabis sativa (конопля посевная) Cannabaceae (Коноплёвые) Сельскохозяйственная техническая и лекарственная культура ca 820Mbp 30,074 based on transcriptome assembly and clustering Illumina/454

scaffold N50 16.2 Kbp

2011[44]
Carica papaya (папайя) Caricaceae (Кариковые) Сельскохозяйственная плодовая культура 372Mbp 28,629 contig N50 11kbp

scaffold N50

1Mbp

total coverage ~3x (Sanger)

92,1 % unigenes mapped

235Mbp anchored (of this 161Mbp also oriented)

2008[45]
Kalanchoe sp. (каланхое) Crassulaceae (Толстянковые) Растение с CAM-метаболизмом 2013?[46]
Citrullus lanatus (арбуз) Cucurbitaceae (Тыквенные) Сельскохозяйственная бахчевая культура ca 425Mbp 23,440 BGI Illumina

coverage 108.6x

contig N50 26.38 kbp

Scaffold N50 2.38 Mbp

genome covered 83,2 %

~97 % ESTs mapped

2012[47]
Cucumis melo (дыня)DHL92 Cucurbitaceae (Тыквенные) Vegetable crop 450Mbp 27,427 454

13.5x coverage

contig N50: 18.1kbp

scaffold N50: 4.677 Mbp

WGS

2012[48]
Cucumis sativus (огурец) 'Chinese long' inbred line 9930 Cucurbitaceae (Тыквенные) Vegetable crop 350 Mbp (Kmer depth) 367 Mbp (flow cytometry) 26,682 contig N50 19.8kbp

scaffold N50 1,140kbp

total coverage ~72.2 (Sanger + Ilumina)

96,8 % unigenes mapped

72,8 % of the genome anchored

2009[49]
Hevea brasiliensis (гевея бразильская) Euphorbiaceae (молочайные) the most economically important member of the genus Hevea 2013[50]
Jatropha curcas Palaan Euphorbiaceae (молочайные) bio-diesel crop 2011[51]
Manihot esculenta (маниок съедобный) Euphorbiaceae (молочайные) Humanitarian importance ~760Mb 30,666 JGI 2012[52]
Ricinus communis (клещевина) Euphorbiaceae (молочайные) Oilseed crop 320Mbp 31,237 JCVI Sanger coverage~4.6x contig N50 21.1 kbp scaffold N50 496.5kbp 2010[53]
Cajanus cajan (голубиный горох) var. Asha Fabaceae (Бобовые) Модельный организм (представитель семейства Бобовые) 2012[54][55]
Arachis duranensis (геномный диплоид дикого арахиса) accession V14167 Fabaceae (Бобовые) Wild ancestor of peanut, an oilseed and grain legume crop Illumina 154x coverage, contig N50 22 kbp, scaffold N50 948 kbp 2016[56]
Arachis ipaensis (геномный диплоид дикого арахиса) accession K30076 Fabaceae (Бобовые) Wild ancestor of peanut, an oilseed and grain legume crop Illumina 163x coverage, contig N50 23 kbp, scaffold N50 5,343 kbp 2016
Cicer arietinum (нут бараний) Fabaceae (Бобовые) filling 2013[57]
Cicer arietinum L. (нут бараний) Fabaceae (Бобовые) 2013[58]
Glycine max (соя) var. Williams 82 Fabaceae (Бобовые) Protein and oil crop 1115Mbp 46,430 Contig N50:189.4kbp

Scaffold N50:47.8Mbp

Sanger coverage ~8x

WGS

955.1 Mbp assembled

2010[59]
Lotus japonicus (лядвенец) Fabaceae (Бобовые) Модельный организм (представитель семейства Бобовые) 2008[60]
Medicago truncatula (люцерна усечённая) Fabaceae (Бобовые) Модельный организм (представитель семейства Бобовые) 2011[61]
Phaseolus vulgaris (фасоль обыкновенная) Fabaceae (Бобовые) Модельный организм (представитель семейства Бобовые) 520Mbp 31,638 JGI 2013?[62]
Linum usitatissimum (лён обыкновенный) Linaceae (Льновые) Crop ~350Mbp 43,384 BGI et al. 2012[63]
Durio zibethinus (дуриан цибетиновый) Malvaceae (Мальвовые) Tropical fruit tree ~738Mbp 2017[64]
Gossypium raimondii (хлопчатник) Malvaceae (Мальвовые) One of the putative progenitor species of tetraploid cotton 2013?[65]
Theobroma cacao (какао) Malvaceae (Мальвовые) Flavouring crop 2010[66][67]
Theobroma cacao (какао) cv. Matina 1-6 Malvaceae (Мальвовые) Most widely cultivated cacao type 2013[68]
Azadirachta indica (ним) Meliaceae (Мелиевые) Source of number of Terpenoids, including biopesticide azadirachtin, Used in Traditional Medicine 364 Mbp ~20000 GANIT Labs Illumina GAIIx, scaffold N50 of 452028bp, Transcriptome data from Shoot, Root, Leaf, Flower and Seed 2012[69] and 2011[70]
Eucalyptus grandis (эвкалипт) Myrtaceae (Миртовые) Fibre and timber crop 2011[71]
Fragaria vesca (земляника лесная) Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная ягодная культура 240 Mbp 34,809 scaffold N50: 1.3 Mbp

454/Illumina/solid

39x coverage

WGS

2011[72]
Malus domestica (яблоня домашняя) «Golden Delicious» Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура ~742.3 Mbp 57,386 contig N50 13.4 (kbp??)

scafold N50 1,542.7 (kbp??)

total coverage ~16.9x (Sanger + 454)

71,2 % anchored

2010[73]
Prunus amygdalus (миндаль) Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?[74]
Prunus avium (черешня) cv. Stella Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?
Prunus mume (абрикос японский) Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2012[75]
Prunus persica (персик) Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 265Mbp 27,852 Sanger coverage:8.47x

WGS

ca 99 % ESTs mapped

215.9 Mbp in pseudomolecules

2013[76]
Pyrus bretschneideri (белая китайская груша) cv. Dangshansuli Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2012[77]
Pyrus communis (груша обыкновенная) cv. Doyenne du Comice Rosaceae (Розовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?
Citrus clementina (клементин) Rutaceae (Рутовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?[78]
Citrus sinensis (апельсин) Rutaceae (Рутовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2013?, 2013[79]
Populus trichocarpa (тополь) Salicaceae (Ивовые) Carbon sequestration, model tree, timber 510 Mbp (cytogenetic) 485 Mbp (coverage) 73,013 [Phytozome] Scaffold N50: 19.5 Mbp

Contig N50:552.8 Kbp [phytozome]

WGS

>=95 % cDNA found

2006[80]
Vitis vinifera (виноград культурный) генотип PN40024 Vitaceae (Виноградовые) Сельскохозяйственная плодовая культура 2007[81]
Астериды (Asterids)
Организм Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Mimulus guttatus (губастик) Phrymaceae (Фримовые) model system for studying ecological and evolutionary genetics ca 430Mbp 26,718 JGI Scaffold N50 = 1.1 Mbp

Contig N50 = 45.5 Kbp

2013?[82]
Solanum lycopersicum (томат) cv. Heinz 1706 Solanaceae (Пасленовые) Сельскохозяйственная культура ca 900Mbp 34,727 SGN Sanger/454/Illumina/Solid

Pseudomolecules spanning 91 scaffolds (760Mbp of which 594Mbp have been oriented)

over 98 % ESTs mappable

2011[83] 2012[84]
Solanum pimpinellifolium (Currant Tomato) Solanaceae (Пасленовые) closest wild relative to tomato Illumina

contig N50: 5100bp

~40x coverage

2012
Solanum tuberosum (картофель) Solanaceae (Пасленовые) Сельскохозяйственная овощная культура 844 Mbp kmer (856 Mbp) 39,031 PGSC Sanger/454/Illumina

79.2x coverage

contig N50: 31,429bp

scaffold N50: 1,318,511bp

2011[85]
Solanum commersonii (commerson’s nightshade) Solanaceae (Пасленовые) Wild potato relative 838 Mbp kmer (840 Mbp) 37,662 UNINA, UMN, UNIVR, Sequentia Biotech, CGR Illumina

105x coverage

contig N50: 6,506bp

scaffold N50: 44,298bp

2015[86]
Nicotiana benthamiana

(табак)

Solanaceae (Пасленовые) Close relative of tobacco ca 3Gbp Illumina

63x coverage

contig N50: 16,480bp

scaffold N50:89,778bp

>93 % unigenes found

2012[87]
Nicotiana sylvestris (табак лесной) Solanaceae (Пасленовые) model system for studies of terpenoid production 2.636Gbp Philip Morris International 94x coverage

scaffold N50: 79.7 kbp

194kbp superscaffolds using physical Nicotiana map

2013[88]
Nicotiana tomentosiformis Solanaceae (Пасленовые) Tobacco progenitor 2.682 Gb Philip Morris International 146x coverage

scaffold N50: 82.6 kb

166kbp superscaffolds using physical Nicotiana map

2013
Capsicum annuum (перец стручковый)

(a) cv. CM334 (b) cv. Zunla-1

Solanaceae (Пасленовые) Food crop ~3.48 Gbp (a) 34,903

(b) 35,336

N50 contig: (a) 30.0 kb (b) 55.4 kb

N50 scaffold: (a) 2.47 Mb (b) 1.23 Mb

(a) 2014[89](b) 2014[90]
Capsicum annuum var. glabriusculum (Chiltepin) Solanaceae (Пасленовые) Progenitor of cultivated pepper ~3.48 Gbp 34,476 N50 contig: 52.2 kb

N50 scaffold: 0.45 Mb

2014
Petunia (петуния) Solanaceae (Пасленовые) Economically important flower 2011[91]
Utricularia gibba (пузырчатка) Lentibulariaceae (Пузырчатковые) model system for studying genome size evolution; a carnivorous plant 81.87 Mb 28,494 LANGEBIO, CINVESTAV Scaffold N50: 80.839 Kb 2013[92]

Однодольные

Злакоцветные
Организм Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Setaria italica (могар) Poaceae (Злаки) Model of C4 metabolism 2012[93]
Aegilops tauschii (эгилопс) Poaceae (Злаки) bread wheat D-genome progenitor ca 4.36Gb BGI Non-repetitive sequence assembled 2013[94]
Brachypodium distachyon Poaceae (Злаки) Model monocot 2010[95]
Dichanthelium oligosanthes Poaceae (Злаки) C3 grass closely related to C4 species 960 Mb DDPSC 2016[96]
Hordeum vulgare (ячмень обыкновенный) Poaceae (Злаки) Model of ecological adoption IBSC 2012[97]
Oryza brachyantha (дикий рис) Poaceae (Злаки) Disease resistant wild relative of rice 2013[98]
Oryza glaberrima (африканский рис) var CG14 Poaceae (Злаки) West-African species of rice 2010[99]
Oryza rufipogon (красный рис) Poaceae (Злаки) Ancestor to Oryza sativa 406 Mb 37,071 SIBS Illumina HiSeq2000

100x coverage

2012[100]
Oryza sativa (рис посевной длиннозёрный) ssp indica Poaceae (Злаки) Crop and model cereal 2002[101]
Oryza sativa (рис посевной короткозерный) ssp japonica Poaceae (Злаки) Crop and model cereal 2002[102]
Panicum virgatum (просо прутьевидное) Poaceae (Злаки) biofuel 2013?[103]
Phyllostachys edulis (листоколосник бамбуковый) Poaceae (Злаки) 2013[104]
Sorghum bicolor (сорго двуцветное) genotype BTx623 Poaceae (Злаки) Crop ca 730Mbp 34,496 contig N50:195.4kbp

scaffold N50: 62.4Mbp

Sanger, 8.5x coverage

WGS

2009[105]
Triticum aestivum (пшеница мягкая) Poaceae (Злаки) 20 % of global nutrition Non-repetitive sequence assembled

Roche 454/Illumina WGS

2012[106]
Triticum urartu (пшеница) Poaceae (Злаки) Bread wheat A-genome progenitor ca 4.94Gb BGI Non-repetitive sequence assembled

Illumina WGS

2013[107]
Zea mays (кукуруза) ssp mays B73 Poaceae (Злаки) Cereal crop 2,300Mbp 39,656[108] contig N50 40kbp

scaffold N50: 76kbp

Sanger, 4-6x coverage per BAC

2009[109]
Другие однодольные (не злаки)
Организм напрягать Семья Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Musa acuminata (банан заостренный) Musaceae (Банановые) А-генома современного банана сорта 523 Пмб 36,542 Н50 контигов: 43.1 Кб

Н50 лески: 1.3 Мб

2012[110]
Муса balbisiana (банан Бальбиса) Musaceae (Банановые) Б-геном современного банана сорта 438 Пмб 36,638 Н50 контигов: 7.9 Кб 2013[111]
Phoenix dactylifera (финиковая пальма) Arecaceae (Пальмовые) Древесных растений в засушливых регионах 658 Пмб 28,800 Н50 контигов: 6.4 Кб 2011[112]
Elaeis масло (Африканская масличная Пальма) Arecaceae (Пальмовые) Масличная культура ~1800 Пмб 34,800 Н50 эшафот: 1.27 Мб 2013[113]
Spirodela polyrhiza (многокоренник) Araceae (Ароидные) Водное растение 158 ВР 19,623 Н50 эшафот: 3.76 Мб 2014[114]
Phalaenopsis equestris (фаленопсис наездник) Orchidaceae (Орхидные) Разведение родителем многих современных мотылек орхидеи, сортов и гибридов растений с crassulacean кислотный метаболизм (Кэм) Пмб 1600 29,431 Н50 эшафот: 359,115 Кб 2014[115]

Голосеменные

Организм (вид, сорт) Семейство Актуальность Размер генома Количество предсказанных генов Организация Статус сборки Год завершения сборки и ссылки
Picea abies (ель европейская) Pinaceae (Сосновые)  Лесоматериалами, tonewood в, декоративных, таких как Рождественская ёлка 20 Гб 28,354 Умео Научного Центра Завода / SciLifeLab, Швеция 2013[116]
Picea glauca (ель сизая) Pinaceae (Сосновые)  Лесная, Целлюлозно 20.8 Гб 56,064 Институциональное Сотрудничество 2013[117]
Pinus taeda (сосна ладанная) Pinaceae (Сосновые) Лесоматериалами 20.15 Гб 50,172 Институциональное сотрудничество N50 Размер ремонтины: 66.9 кбп 2014[118][119][120]

Без рубрики добавить…

геном из Galdieria sulphuraria, наконец, был опубликован (Schönknecht, г., У.-Х. Чен, и соавт. (2013). «Перенос генов от бактерий и архей способствовало эволюции экстремофильных эукариот.» Наука 339(6124): 1207—1210.) Размер генома составляет 13.7 МБ, и 6623 белок-кодирующих генов были аннотированы.

Накамура и соавт. опубликовал последовательность генома для Pyropia yezoensis (Накамура, Ю. Н. Сасаки, и соавт. (2013). «Первый симбионт-бесплатные геномной последовательности из морских красных водорослей, Susabi-нори Pyropia yezoensis.» Биохимия 8(3): e57122.).

Бхаттачария и соавт. опубликован геном Porphyridium purpureum (Бхаттачарья, Д., Д. С. цена, и соавт. (2013). «Геном красной водоросли Porphyridium purpureum.» Природа Коммуникаций 4.)

Пресс-релизы объявляет последовательность

Не соответствует требованиям абзаца первого настоящей статьи в почти полной последовательности с высоким качеством, опубликованные, собранный и общедоступной. Этот список включает в себя виды, где последовательности объявлено в пресс-релизах и сайтах, но не в данных-богатый публикацию в реферируемом журнале с doi.

См. также

Ссылки