О шифровании сообщений и соответствующих математических методах см. статью Криптография. Следует заметить, что в криптографии термины «дешифрование» и «расшифрование» имеют различный смысл.
Нередко бывает так, что письменность известна, однако язык не имеет аналогов среди живых. До конца XIX в. данная задача представлялась нерешаемой, однако в связи с появлением в лингвистике логико-комбинаторных методов её решение продвинулось намного вперёд. Так, дешифровка малоазийских алфавитов и лувийских иероглифов происходила параллельно с дешифровкой данных языков ранее неизвестной анатолийской группы. В начале XX в. были дешифрованы ранее неизвестные хурритский и урартский языки. В XX в. довольно подробно реконструирована грамматика этрусского языка, интерпретировано около 200 слов, хотя дешифровка языка ещё не завершена. В ряде случаев комбинаторный анализ позволяет установить генетическую принадлежность или структурно-морфологические характеристики языка, скрытого за недешифрованной письменностью. Так, А. Кобер и М. Вентрис ещё до дешифровки Линейного письма Б определили парадигмы склонения существительных по падежам; Г. Нойман осуществил комбинаторный анализ морфологии Фестского диска, до сих пор недешифрованного, а Ю. Кнорозов пришёл к выводу, что язык протоиндской письменности относится к дравидийским языкам. В начале 21 в. К. Рийи заявил о дешифровке мероитского языка (его версию поддержали многие лингвисты).
Необходимо иметь достаточное количество документов, чтобы можно было оценить общее число используемых в письменности символов. Это позволяет делать предположения по поводу одного из первых вопросов расшифровки: какой была система письма — алфавит или абугида (несколько десятков символов), слоговое письмо (порядка сотни) или идеографическая (несколько тысяч)?
Очень важно правильно определить группу языков, к которой принадлежит расшифровываемый. В особенности верно при расшифровке фонетических письменностей. Линейное письмо Б позволила расшифровать гипотеза, что оно записывало греческий язык. Аналогично, догадка о близости угаритского языка с ивритом привела к разгадке угаритского алфавита. А этрусский язык не поддаётся расшифровке именно потому, что не удаётся найти язык, родственный ему.
Не стоит придавать большого значения форме букв (сравнительный метод привёл в тупик известных дешифровщиков Б. Грозного, В. Георгиева и др.). Практически все известные системы оперируют одним и тем же набором примитивов (круг, крест, чёрточка и т. п.) Необходимо искать внутреннюю структуру слов и фраз, выделять повторяющиеся конструкции и, по возможности, предлагать их интерпретации. Этот же принцип используется при раскодировании шифрованных сообщений — так, линейное письмо Б было расшифровано М. Вентрисом, архитектором по профессии.
Логико-комбинаторные методы использовал в своей работе уже Гротефенд в начале XIX в., однако начиная со XX в. они получают особенное распространение в связи с тем, что традиционный сравнительный метод оказывается непригоден, когда достоверно неизвестны ни система письма, ни язык. Математический анализ, который провела А. Кобер, позволил выявить некоторые особенности грамматики надписей Линейного письма Б, а также предположить наличие общих гласных или согласных для некоторых слоговых знаков.
Гордон, Сайрус (неудачная попытка прочесть критские надписи по-семитски)
Зиттиг, Эрнст (неудачные дешифровки критского и кипро-минойского письма)
Турчанинов, Георгий Фёдорович — российский историк и филолог, автор не признанных современной наукой дешифровок сразу нескольких древних письменностей, которым он приписывал кавказское происхождение