Фильм открывается сценой утром в субботу в 1975 году в день игры «Бостон Ред Сокс» и «Нью-Йорк Янкиз» (28 июня или 26 июля[2]) на углу Кондор-стрит и Меридиан-стрит в Восточном Бостоне с видом на мост Тобина с участием троих 11-летних подростков: Шона, Дейва и Джимми, которых незнакомый мужчина поймал за хулиганство[3]. Представившись полицейским, он на своей машине якобы увозит Дейва в участок. Рядом с ним на пассажирском кресле сидит другой мужчина, на пальце которого Дейв замечает епископский перстень. Позже выясняется, что это были педофилы, насиловавшие Дейва до тех пор, пока тому не удалось сбежать.
Прошло 30 лет. Полицейский Шон Девин (Кевин Бейкон) вместе с напарником расследует убийство 19-летней девушки — дочери его друга Джимми Маркума (Шон Пенн). Однако параллельно с этим отец пострадавшей ведёт своё расследование. Он хочет отомстить убийце, которым может являться Дейв Бойл (Тим Роббинс), поскольку тот подходит по психологическому портрету — в основном потому, что в детстве испытал сексуальное насилие. Эта трагедия столкнула троих бывших друзей, практически не видевшихся за прошедшие годы. Теперь все они играют главные роли в судьбах друг друга.
Шон, расследуя убийство, пытается восстановить хорошие отношения с беременной женой, но та не отвечает на звонки. Весь фильм герои обсуждают события 30-летней давности, и вопрос, почему это случилось с Дейвом и почему в машину к извращенцу не сел другой ребёнок, задаётся снова и снова. Полиция находит машину Дейва, и в ней есть следы крови. На допросе он говорит, что его машину угнали и он не может знать, что с ней делали преступники. Позже выясняется, что Дейв застал педофила, совращающего в своей машине подростка, и убил его. Его отпускают, но Джимми и Селеста, узнав об этом, считают Дейва убийцей. В последних сценах фильма Шон находит виновных в смерти дочери Джимми. Однако Джимми, ослеплённый яростью и желанием мести, заставляет Дейва признаться в убийстве дочери (то есть солгать под дулом пистолета). Джимми убивает Дейва и бросает его труп в реку Мистик-ривер, говоря: «Здесь мы хороним свои грехи и отмываемся от них дочиста».
На следующий день Шон рассказывает Джимми, что его дочь убил не Дейв Бойл. Настоящие преступники – два подростка (младший брат Брендона Харриса, тайно встречавшегося с Кэти, и его друг), раздобывших оружие и угрожавшие дочке Джимми по личным мотивам. По лицу Джимми Шон понимает, что Дейв уже мёртв. Шон не арестовывает Джимми. В этот же день ему звонит жена, и они наконец говорят друг другу слова прощения. Джимми же приходится жить дальше вместе со своей женой и двумя дочерьми, понимая, что убийство уже совершено. Все герои фильма со своими семьями в последних кадрах выходят посмотреть на парад.
Клинту Иствуду принадлежит закадровый голос в рекламном ролике (трейлере) к фильму. Деннис Лихэйн, автор романа, получил эпизодическую роль в картине (камео). Он участвует в сцене парада, машет рукой, находясь в автомобиле с откидным верхом. Эпизодическая роль в картине досталась и Илаю Уоллаку. Он сыграл владельца алкогольной лавки. Эли не снимался в фильмах, руку к которым приложил Иствуд, с момента выхода картины «Хороший, плохой, злой» (1966).
Фамилия Джимми и его семьи была изменена с Маркуса (первоисточник) на Маркум.
В начале фильма в эпизоде, в котором юного Дейва бросают на заднее сиденье автомобиля, человек впереди разворачивается и сверкает своим кольцом — кольцом священника. В книге нет ни малейшего упоминания о том, что этот персонаж был священником. Этот момент был намеренно добавлен в фильм после выяснения обстоятельств скандала, разгоревшегося в Бостонской архиепархии. Её глава, Бернард Лоу, оказался замешанным в истории, связанной с умалчиванием случаев сексуальных домогательств со стороны священников.
Имя чернокожего сержанта — Whitey Powers — является явной пародией на известный расистский лозунг «White Power!»