Первые сведения о театре относятся к 1932 году, когда группа энтузиастов под руководством Акима Лоцманова поставили первые спектакли. Тогда в труппе было пять человек. Из Ленинграда приехал известный кукольник Евгений Деммени, который начал учить артистов работать с марионеткой. В 1934 году первым художественным руководителем театра стала Тамара Каракозова, спектакли которой стали классикой советского театра кукол. Среди них — «Красная шапочка» Е. Шварца, «Гусёнок» Н. Гернет и Т. Гуревич, «Гулливер в стране лилипутов» Д. Свифта.
Наряду со спектаклями для детей на сцене появляются спектакли и для взрослых: «Божественная комедия» И. Штока, «Механические псы» Р. Бредбери, «Маленький принц» А. де Сент-Экзюпери.
Настоящий расцвет театра кукол начался в 1971 году с приходом главного режиссёра Романа Ренца. Роман Ренц в буквальном смысле слова создаёт свой театр. Коллектив пополняется его учениками. В марте 1977 года состоялся выпуск на отделении «Артист театр кукол» при Куйбышевском музыкальном училище. Ещё во время обучения студентов вводят в спектакли основного репертуара.
В декабре 1978 года Ренц осуществляет свою давнюю мечту: состоялась премьера «Маленького принца» — спектакля, постановку которого Роман Борисович задумал давно. Спектакль произвёл настоящий фурор. Эта постановка никого не могла оставить равнодушным.
В начале 80-х гг. Куйбышевский театр кукол становится одним из самых популярных театров в стране. Театр ведёт активную творческую жизнь, много гастролирует. В 1988 году уходит на пенсию Роман Ренц.
В 1989 году главным режиссёром театра становится Владимир Куприн. Одной из самых замечательных режиссёрских работ Куприна стал спектакль по пьесе А. Попеску «Солнечный лучик».
С 2000 года Самарский театр кукол работал без главного режиссёра. Руководством театра привлекались к постановочной деятельности ведущие мастера театра кукол России, Украины, Республики Татарстан и Республики Башкортостан.
Самарский театр кукол является организатором Фестиваля национальных театров кукол «Радуга», в котором принимают участие национальные театры не только из России, но и из-за рубежа. Фестиваль проходит с 2005 года раз в два года. В нем принимают участие профессиональные театры кукол со спектаклями по мотивам народных сказаний, эпосов, по произведениям национальной литературы и драматургии, ориентированными на зрительскую аудиторию с 5 до 12 лет[1].
В 2007 году главным режиссёром театра становится Владимир Гусаров.
В конце 2020 года театр разместили в здании бывшего ресторана «Аквариум» (после реконструкции здания под современное использование)[2].
За годы работы в театре было выпущено более 250 постановок, сыграно более 50 тысяч спектаклей. В настоящий момент текущий репертуар театра составляет 36 спектаклей для детей от 3-х лет и старше.