Ярославский театр кукол появился 1 марта 1927 года. Первое представление — сказка «Девочка и медведь» и интермедия Петрушки — состоялось в одном из домов по улице Флотской в постановке режиссёра Марии Николаевны Слободской, которая является основателем театра. 8 марта 1928 года состоялось первое общественное выступление театрального коллектива. Этот день и принято считать Днём рождения Ярославского театра кукол.
В начале 30-х годов в Ярославле было создано общество «Друг детей». Оно имело свои клубы, столовую, парикмахерскую, сапожную мастерскую, а в 1932 году взяло под опеку и театр кукол. Первым директором театра стала Анна Андреевна Гагуева. В первые годы существования у театра не было помещения. Спектакли шли большей частью во дворах. Через год городской отдел народного образования выделил постоянное помещение — комнату в библиотеке имени Н. А. Некрасова на улице Свободы. Финансировался театр на прибыль от сапожной мастерской при «Друге детей».
В годы войны коллектбригада работников театра кукол выступала в госпиталях, цехах.
В 1949 году театр получил своё здание на улице Комитетской. С этого времени ярославские кукольники ежегодно дают более трёхсот спектаклей. С 1966 года Ярославский театр кукол является коллективным членом международной организации кукольников УНИМА. В 1984 году переехал в здание ярославского ТЮЗа на площади Юности.