Театр открыт 5 февраля 1932 года[1]. Работали на временных площадках. Первым директором и режиссёром театра была М. Н. Елгаштина, а первым спектаклем Башкирского государственного театра кукол стала «Сказка про репку».
Артисты уфимского театра кукол, Уфа, 1934 год
В театре были сформированы русская и башкирская группы. В русской работали артисты А. Пентегова, Т. Постникова, М. Артемьева, Г. Зорин, Л. Визарова, в башкирской — под руководством Г. Мансуровой — Р. Валеева, М. Хамзина, Х. Хамзин, С. Ахтямова, М. Мустакимов и другие. Башкирская группа работала как передвижная. В репертуаре труппы преобладали агитационно-пропагандистские пьесы: «Негритёнок Том» Ю. А. Гауша и Б. Павловского; пьесы Елгаштиной: «Санитарная бригада», «К Ленину», «Марфушкин букварь», «Весенняя посевная», миниатюры «Петрушка — физкультурник», «Петрушка на отдыхе».
С появлением директора В. Сидурина у театра появляется постоянная площадка в подвале Дома пионеров г. Уфы.
Во время войны почти весь мужской состав коллектива ушёл на фронт. Бригады театра в это время выпускали сатирические спектакли на фронте и в госпиталях. Театр не только активно выступал в Уфе и Республике — труппа БГТК в 1944 году показывала спектакли на Карельском фронте.
После войны в театре работали художники А. Стобов, супруги М. и В. Волковы, режиссёр И. Арнгольд.
В 1976 году театр получил своё нынешнее здание и нового художественного руководителя и главного режиссёра, Владимира Михайловича Штейна. Ученик Сергея Образцова, Штейн пришёл с опытом постановки в театре Образцова таких заметных спектаклей, как «Солдат и ведьма», «Таинственный гиппопотам», «Наша Чукоккала», «Три толстяка». Под руководством Штейна, Башкирский государственный театр кукол одним из первых в России включил в свой репертуар спектакли для взрослых. Такими постановками стали «Белый пароход» Ч. Айтматова, «Не бросай огонь, Прометей!» по трагедии Мустая Карима, «Черноликие» М. Гафури, «Коня диктатору» М. Карима, «Чёртова мельница» и «Божественная комедия» И. Штока, «Мы сами с усами» Л. Валеева, «Альдерман из деревни Альдермеш» Т. Миннуллина. Башкирский государственный театр кукол под руководством Штейна в конце 70-х — начале 80-х годов был «одним из самых ярких, известных театров на советском кукольном небосклоне»[2], на вечерние взрослые спектакли были аншлаги[3].
В театре работали над созданием башкирской драматургии, а сюжеты брали из фольклора — башкирского, русского и других народов: «Үлмәҫбай» («Ульмасбай») И. Нигматуллина, «Хужа Насретдин» («Ходжа Насретдин») А. С. Фаткуллина. Создавали куклы М. Я. и В. Ф. Волковы.
С 1983 по 1989 год главным режиссёром был Павел Романович Мельниченко[4]. Мельниченко был первым в истории Уфимского института искусств выпускником, которого пригласили на должность преподавателя режиссуры и мастерства актёра. подготовил около 80 специалистов в области театрального искусства[5]. Именно Мельниченко Башкирский государственный театр кукол обязан Государственной премией Индии имени Джавахарлала Неру. Эту награду БГТК получил за спектакль Мельниченко «Индийская легенда» по эпосу «Рамаяна»[6].
С 1991 по 1994 год и с 2011 года главный режиссёр — Айрат Акрамович Ахметшин. При Ахметшине в репертуаре театра кукол появилось много новых названий. Среди них — «Сладкий пирог» Юрия Елисеева, «Весёлые игры с Букой» Михаила Супонина, «Клочки по закоулочкам» Григория Остера, «Батыр әтәс» («Храбрый петух») Наиля Гаитбая, «Сәсән йыры» («Песнь сэсэна») Газима Шафикова, «Һарнуш» («Харнуш») и «Шүрәленең төнгө уйындары» («Ночные игры Шурале») Наиля Байбурина, новая «Дюймовочка» Ханса Кристиана Андерсена, «Кошки—мышки» Ефима Чеповецкого, «Ночь перед Рождеством» Николая Гоголя.[7]
В настоящее время[когда?] в театре применяют специальные художественные приёмы (маска, тантамареска, трансформация, «чёрный кабинет»), разные виды кукол (марионетка, перчаточные, ростовые). Над сценографией и изготовлением кукол работают мастера Байбурин, Н. Х. Бирюкова, А. С. Волков; за музыкальное оформление отвечают: Н. А. Даутов, Миролюбов, А. М. Набиев, С. Р. Сальманов.
23 декабря в 2023 года состоялось торжественное открытие Башкирского государственного театра кукол после реконструкции в рамках национального проекта «Культура».
В главном холле расположена большая люстра, свисающая с высокого потолка «Рука кукловода».
Реконструкция Театра кукол в 2023 году
В большом зале кукольного театра на 300 мест установили трехуровневую сцену.
В рамках реконструкции на первом этаже появился малый зал на 135 мест и театральное кафе «Золотая рыбка», оформленное в стиле сказок Александра Пушкина. А на втором этаже открыли музей кукол и интерактивную игровую комнату.
На крыше обновленного театра установили модель земного шара, который будет вращаться и подсвечиваться в тёмное время суток. Динамическую подсветку получил и фасад здания, в нишах которого разместили кукол большого размера.
Общая площадь помещений театра после реконструкции выросла более чем в два раза — с 2,5 до 6,4 тысячи кв. метров[9].