Родился в 1736 году, сын лютеранского пастора, происходил из немецких дворян Верхней Франконии.
В 1748 году вступил в службу юнкером при дворе маркграфа Байрейтского и вскоре был произведён в прапорщики.
В 1756 году перешёл на прусскую военную службу и в рядах армии Фридриха II принял участие в Семилетней войне. Однако по неустановленной причине он покинул прусскую армию и 30 октября 1758 года был зачислен в состав русских войск поручиком армейской пехоты. 1 марта 1763 года произведён в капитаны и 28 августа 1769 года — в секунд-майоры.
Когда вспыхнуло восстание Пугачёва, Муфель получил приказ двигаться на Волгу в усиление правительственных войск, и, выступив 3 ноября, он уже в начале декабря 1773 года был в Сызрани и назначен состоять при бригаде генерала П. Д. Мансурова.
29 декабря 1773 года в бою под Самарой он разбил отряд атамана И. Ф. Арапова и очистил город от мятежников, 7 января 1774 года вновь сражался с Араповым у Алексеевска и 14 февраля у Бузулука. Затем он участвовал в сражении при Татищевой крепости. За отличие в этих делах он 17 марта 1774 года был произведён в подполковники и назначен командиром Черноярского батальона.
В апреле — июне 1774 года Муфель находился в Оренбургской губернии и участвовал в карательных походах на Иргиз. В середине июля Муфель со своим батальоном (431 человек) поступил под начало генерала И. И. Михельсона, который придал ему 76 драгун и 4 пушки, и был в преследовании Пугачёва к Казани и Симбирску, а затем находился двигался к Пензе. 11 августа он захватил Саратов и взял в плен часть мятежников, многих из них немедленно повесил. По сообщению Н. Ф. Дубровина в Саратове «Муфель приказал убитых Пугачёвым погребать по христианскому обряду, а убитых сообщников самозванца, „яко непотребных извергов, вытаща по земле за ноги за город, бросить в отдалённости в яму, прикрым, чтобы не было мерзкого зловония, землею; повешенных же злодеев публично отнюдь не касаться, а оставить их на позор и показание заражённым и колеблющимся разумом от рассеянных злохитрым злодеем плевел людям“». 25 августа он принимал участие в сражении под Чёрным Яром, где пугачёвцы потерпели окончательное поражение.
За отличия в войне против Пугачёва императрица Екатерина II пожаловала Муфелю имение Грабыжевское в Псковской губернии. А. С. Пушкин в «Истории Пугачёвского бунта» отмечал Муфеля в числе тех немцев, которые «сделали честно своё дело».
В 1779 году произведён в полковники и 28 мая 1787 года — в бригадиры.
5 августа 1788 года Муфель был отправлен в отставку с чином генерал-майора, однако сам он об этом узнать не успел, поскольку в ночь с 23 на 24 июля был убит в поместье своими крепостными.
Волков С. В. Генералитет Российской империи. Энциклопедический словарь генералов и адмиралов от Петра I до Николая II. Том II. Л—Я. М., 2009
Дубровин Н. Пугачёв и его сообщники. Т. II—III. СПб., 1884
Степанов В. С., Григорович П. И. В память столетнего юбилея императорского Военного ордена Святого великомученика и Победоносца Георгия. (1769—1869). СПб., 1869