Присоединился к Пугачёву при его появлении под Оренбургом в октябре 1773 года. В составе казацко-башкирского отряда участвовал во взятии Табынска, Стерлитамакской пристани и окрестных заводов, командовал русскими крестьянскими и казачьими отрядами в начале осады Уфы[1][2]. С 14 (25) декабря 1773 года руководство осадой Уфы перешло к Чике-Зарубину[3], под командованием которого Губанов предпринимал несколько попыток штурма города[4][5]. 24 марта (4 апреля) 1774 года восставшие потерпели поражение от сводного отряда правительственных войск под командованием И. И. Михельсона.
Губанов вместе с Зарубиным был пленён под Табынском 26 марта (6 апреля) 1774 года [3].
Казнён 8 (19) октября 1774 года по приговору Казанской секретной следственной комиссии в Уфе.[6]
Андрущенко А. И. Крестьянская война 1773—1775 гг. на Яике, в Приуралье, на Урале и в Сибири. — Москва: Издательство «Наука», 1969. — 360 с. — 3000 экз.