В октябре 1773 года Канзафар Усаев со старшиной Ягафаром Кучумовым присоединился к войску Емельяна Пугачёва, в декабре того же года Пугачёв присвоил Канзафару чин полковника.
6 января 1774 года Канзафар осаждал крепость Ачит, 9 января окружил город Кунгур (ныне Пермский край). 18 января к нему со своим отрядом присоединился Салават Юлаев, и они совместными усилиями безуспешно штурмовали город Кунгур. 3 июня 1774 года Пугачёв присваивает Канзафару Усаеву и Салавату Юлаеву чин бригадиров (генералов).
Усаев привёл к Пугачёву авантюриста А. Т. Долгополова — «посланника цесаревича Павла».
4 августа 1774 года арестован и передан полковнику царской армии Кожину, находящемуся в городе Бугульма. Осуждён к наказанию кнутом, клеймлению и вечной каторге (по первоначальной редакции приговора, Усаева планировалось осудить на смертную казнь и повесить в Челябинске, однако меру наказания ещё до утверждения императрицей единолично смягчил генерал-прокурор Сената кн. А. А. Вяземский). Был среди тех осужденных, что присутствовали при казни Пугачёва на Болотной площади[6] 31 января 1775 г. Канзафар Усаев доставлен на каторгу в Балтийский Порт (ныне Эстония) c Салаватом и его отцом Юлаем Азналиным.
Умер 10 июля 1804 года, пережив всех прочих пугачёвцев, содержавшихся в Балтийском Порту.
↑* Имамов В.Ш. Запрятанная история татар: Национально-освободительная борьба татарского народа в XVI—XVIII вв. — Набережные Челны: КАМАЗ, 1994. — С. 80.