Ведёт свою историю от Троицкой лаврской семинарии, основанной в 1742 году. В 1814 году в исправленных и приспособленных зданиях Троицкой лаврской семинарии начала свою деятельность именно как Московская духовная академия[2]. В 1913 году, в числе трёх других, по случаю празднования 300-летия царствующего дома Романовых, получила звание Императорской[3]. В 1919 году, после революции, была закрыта, а в 1946 году воссоздана.
В МДА имеется государственная аккредитация бакалавриата, магистратуры и аспирантуры по направлению «Теология». Также имеется факультет церковно-певческого искусства и иконописный факультет.
Троицкая лаврская семинария была основана по решению императрицы Анны Иоанновны 1738 года в стенах Троице-Сергиевой Лавры в 1742 году. Первые занятия начались 2 октября 1742 года. Первыми преподавателями были Семён Метенский и Иван Лелеяцкий.
Первоначально руководство и попечение семинарией возлагалось на наместника Лавры.
С 1742 года руководство семинарией было поручено интенданту Кириллу Ивановичу Павловскому (совмещал функции инспектора и управляющего делами).
Первым префектом (1745 год) и ректором (1748 год) семинарии стал иеромонах Афанасий (Волховский).
В 1814 году на базе Троицкой лаврской семинарии была создана Московская духовная академия.[4][5]
В 1814 году академия была открыта в Троицкой Сергиевой лавре, в специально для неё исправленных и подготовленных помещениях Троицкой лаврской семинарии[6]. Для преподавания в неё были переведены, кроме самих преподавателей Троицкой лаврской семинарии, три преподавателя из Славяно-греко-латинской академии и восемь преподавателей из Санкт-Петербургской духовной академии[2]. Первый курс Московской духовной академии составили 70 учащихся самой Троицкой лаврской семинарии, Вифанской, Ярославской, Рязанской, Калужской, Владимирской, Вологодской, Костромской, Тульской семинарий и Славяно-греко-латинской академии[5]. Сотрудники академии разрабатывали богословские, церковно-исторические и философские науки, а также переводили работы Отцов Церкви на русский язык, которые были напечатаны в журнале: «Творения Святых Отцов. Прибавления к творениям Святых Отцов».
В Троице-Сергиевой лавре академия оставалась до 1919 года: вскоре после Октябрьской революции 1917 года лавра как монастырь была закрыта, а академия выселена из занимаемых помещений с экспроприацией всего имущества. Формально академия была переведена в Москву, где занятия со студентами «частным порядком» проходили до конца 1920-х годов.
В 1944 году открылся Православный богословский институт и Богословско-пастырские курсы в Москве, которые первоначально разместились в непредназначенных для учебных целей помещениях Новодевичьего монастыря. В 1946 году Московский православный богословский институт был преобразован в Московскую духовную академию с четырёхлетним курсом обучения. В том году началась передача Московской патриархии отдельных зданий Троице-Сергиевой лавры, и в 1949 году в лавру были возвращены духовная академия и семинария. При этом до 1954 года помещение Покровского академического храма занимал городской дом культуры. После того, как патриарх Алексий I 21 мая 1955 года освятил восстановленный храм, с 1955/56 учебного года возобновилась традиция проводить годичный акт академии в день престольного праздника её храма 1 (14) октября.
В 1964 году был открыт заочный сектор при МДА. Он действовал вместо ликвидированного несколькими годами ранее подобного сектора при Ленинградской духовной академии, через него прошла значительная часть духовенства.
13 сентября 1989 года Священный синод благословил открытие иконописной школы при МДА[7].
В 2019 году начали выходить два журнала, индексируемых РИНЦ:
«Церковный историк», посвящённый проблемам истории Церкви, русской церковной истории, истории Поместных церквей и гражданской истории. Соответствует специальностям ВАК: 26.00.01 (Теология), 07.00.02 (Отечественная история)[8].
«Вопросы богословия», посвящённый вопросам современного богословия. Соответствует специальности ВАК 26.00.01 (теология)[9].
Также в 2019 году аспирантура МДА получила государственную лицензию на образованную деятельности по программе «Теология»[10]. 5 февраля 2021 года аспирантура Московской духовной академии получила государственную аккредитацию, что дало всем аспирантам академии, имеющим диплом о высшем образовании государственного образца, возможность защищать свои работы в диссертационном совете, утвержденном ВАКом, и претендовать на присуждение учёной степени кандидата теологии[11][12].
↑С.Смирнов. История Троицкой лаврской семинарии. М. 1867 г.
↑ 12Сергий (Храмешин). Основание Московской духовной академии: исторические данные. — Москва: Славяно-Греко-Латинская Академия, 2019. — ISBN 9785449653772.
↑Дела архив. Моск. дух. консистории 1814 г., № 998. Дело арх. Троиц. сем. 1814 г., № 180, 186, 197.
↑Определения Священного Синода // Журнал Московской Патриархии. — 1990. — № 1. — С. 32.
Богданова Т. А. Из академических «историй»: замещение кафедры церковного права в Московской Духовной академии в 1910 году // Вестник церковной истории. — 2007. — № 1(5). — С. 31—77.
Богословский М. М. Реформа высшей духовной школы при Александре I и основание Московской духовной академии // Богословский вестник. 1917. — № 10-12. — С. 356−384.
Ванчугов В. В. Первый историк русской философии: Архимандрит Гавриил и его время. — М.: Мир философии. 2015. — 752 с. — (Русская философия). — ISBN 978-5-9906502-0-6
Голубцов С. А., прот. Стратилаты академические: Ратоборцы за Церковь из корпорации Московской Духовной Академии первой половины XX века. Жизнь, труды и крестный путь: По материалам архивов и публикаций: Обзор и исследование. — М.: Мартис, 1999. — 288 с.
Голубцов С. А. Московская Духовная Академия в революционную эпоху. Академия в социальном движении и служении в начале XX века : по материалам архивов, мемуаров и публикаций. — М. : Мартис, 1999. — 254 с. — ISBN 5-7248-0065-9
Кедров Н. И. Московская духовная семинария, 1814—1889 : Краткий исторический очерк с приложением списков начальников, наставников и воспитанников. — М. : типолитогр. т-ва И. Н. Кушнерев и Ко, 1889. — IV, 162, 158 с.
Корсунский И. Труды Московской духовной академии по переводу св. Писания и творений св. отцов на русский язык. / Прибавления к творениям святых отцов. — Т. IV. — 1889.
Маякова И. А. Численный и социальный состав студенчества Московской Духовной академии в годы Первой мировой войны (1914—1917 гг.) // Вестник церковной истории. — 2008. — № 4(12). — С. 165—170.
Салтыков А., свящ. Краткий очерк истории Московской Духовной Академии // Богословские труды. Юбилейный сборник, посвящённый 300-летию Московской духовной академии. — М., 1986. — С. 73—112.
Сухова Н. Ю. Высшая духовная школа: проблемы и реформы : вторая половина XIX века. — Москва : Православный Св.-Тихоновский гуманитарный ун-т, 2006. — 656 с. — ISBN 5-7429-0133-X
Цыпин В. А., прот. История Русской Православной Церкви: Синодальный и новейший периоды. 3-е изд. — М., 2007.
Примечания: 1богословское учебное заведение; 2 Русская православная семинария во Франции; 3 в Российской империи имели статус средних учебных заведений; 4 сохраняет историческое название «академия»; 5 ныне действует в составе Грузинской православной церкви