В июле 1920 года призван в Красную армию. Служил в 3-м запасном полку, политбоец (красноармеец, ответственный за ведение агитационной работы в своём подразделении, а также помощник комиссара полка). В сентябре — ноябре 1920 года сражался на Южном фронтеГражданской войны в составе 46-й стрелковой дивизии: писарь комиссара 136-й стрелковой бригады, красноармеец 407-го стрелкового полка. Воевал против войск генерала П. Н. Врангеля в Северной Таврии и в Крыму. Затем принимал участие в боях против войск атамана Н. И. Махно.[3]
После Гражданской войны находился на политработе в 46-й стрелковой дивизии и в 3-й Крымской стрелковой дивизии[4]: с июля 1921 года политрукроты, с января 1922 помощник военкома 21-го стрелкового полка, с марта 1922 военком 19-го стрелкового полка, затем парторганизатор 7-го стрелкового полка. Летом 1924 года переведён во 2-ю кавалерийскую дивизию Червоного казачества, в которой служил комиссаром 8-го кавалерийского полка, инструктором-информатором политотдела дивизии, с декабря 1924 года — помощник командира полка по хозяйственной части.
В июне 1937 года назначен заместителем начальника штаба Среднеазиатского военного округа. С апреля 1938 года — начальник штаба Среднеазиатского военного округа.
В начале Великой Отечественной войны отвечал за направление на фронт наиболее боеготовых частей округа и за формирование новых соединений. В августе 1941 года назначен начальником штаба сформированной на базе войск округа 53-й Отдельной армии, которая в августе — сентябре 1941 года была введена в Иран и совместно с частями Закавказского военного округа установила контроль над северными районами Ирана для предотвращения его участия в войне на стороне Германии.
В феврале 1943 года генерал М. И. Казаков был назначен командующим войсками 69-й армииВоронежского фронта, которая в ходе Харьковской наступательной операции совместно с другими армиями фронта освободила Харьков. Но почти сразу после этого из-за переоценки своих возможностей и неудовлетворительной разведки войск противника Воронежский фронт потерпел тяжёлое поражение и его войска в марте 1943 года вынуждены были оставить Харьков. Части 69-й армии были отброшены на 150 километров (см. Третья битва за Харьков).
После этого Казаков был отстранён от самостоятельной командной работы и в марте 1943 года назначен помощником командующего Резервным фронтом (2-го формирования), с июня 1943 года — на той же должности на Степном фронте, в составе которого участвовал в Курской битве. С июля 1943 года — заместитель командующего войсками Брянского фронта (после его переименования в октябре 1943 — 2-го Прибалтийского фронта). Хорошо проявил себя в Орловской и Брянской наступательных операциях.
С января 1944 года до конца войны — командующий 10-й гвардейской армией на 2-м Прибалтийском и Ленинградском фронтах. Во главе этой армии проявил себя успешным командующим, действуя в сложных природных условиях Прибалтики (леса, болота, обилие водных преград). Армия добилась значительных успехов в Режицко-Двинской, Мадонской, Рижской наступательных операциях 1944 года. С октября 1944 до мая 1945 года части армии вместе с другими войсками фронта блокировали Курляндскую группировку и предпринимали несколько попыток уничтожить её, которые из-за недостатка сил не увенчались успехом. Войска противника удалось потеснить только на несколько десятков километров, но они продолжали обороняться до общей капитуляции Германии и сдались в плен только 9 мая1945 года.
В первый послевоенный год продолжал командовать армией. С февраля 1946 года — заместитель командующего войсками Закавказского военного округа. С февраля 1947 года — начальник штаба Закавказского военного округа. С 1949 года — помощник командующего войсками Южно-Уральского военного округа. С ноября 1950 по июнь 1952 года — начальник штаба Одесского военного округа. С мая 1953 по январь 1956 года — командующий войсками Уральского военного округа.
Герой Советского Союза (указ от 21.02.1978, «за умелое руководство войсками, личное мужество и отвагу, проявленные в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками в годы Великой Отечественной войны», медаль «Золотая Звезда» № 11293).
3 ордена Ленина (6.11.1945, 11.10.1961, 21.02.1978).
Казаков М. И. // Герои Советского Союза: Краткий биографический словарь / Пред. ред. коллегии И. Н. Шкадов. — М.: Воениздат, 1987. — Т. 1 /Абаев — Любичев/. — С. 603. — 911 с. — 100 000 экз. — ISBN отс., Рег. № в РКП 87-95382.
Герои огненных лет. — Кн. 6. — М.: Политиздат, 1983. — С. 657—665.