Мишель Гондри родился 8 мая1963 года в Версале, Франция. В детстве Мишель мечтал стать художником или изобретателем. В 1980-е он посещал в Париже художественную школу, где развивал свои навыки рисовальщика. Там же Гондри познакомился с друзьями, вместе с которыми он основал поп-рок-группу Oui Oui, успевшую записать два альбома и несколько синглов до своего распада в 1992 году. Гондри был барабанщиком группы, режиссёрскую карьеру он начал с создания клипов для своей команды. Стиль его музыкальных видео привлёк внимание исландской певицы Бьорк, которая предложила ему снять клип на песню Human Behavior. Их сотрудничество продолжается по сей день, в итоге Гондри создал семь видео для Бьорк. Среди других музыкантов, работавших с Гондри более одного раза, — группы Daft Punk, Radiohead, The White Stripes, The Chemical Brothers, американский исполнитель Бек. Гондри добился успеха и в телевизионной рекламе, где одним из первых стал активно применять технику замедленных съёмок Bullet time («скорость пули»), ставшую знаменитой после фильма «Матрица» (The Matrix, 1999).
Наряду с Дэвидом Финчером и Спайком Джонзом, Мишеля Гондри называют в числе ярких представителей волны режиссёров, пришедших в большое кино из индустрии телевизионной рекламы и музыкальных видео. Кинематографический дебют Гондри состоялся в 2001 году с выходом на экраны картины «Звериная натура», получившей противоречивые оценки критики. Однако уже второй его фильм «Вечное сияние чистого разума» (2004), созданный как и предыдущая лента в сотрудничестве со сценаристом Чарли Кауфманом, удостоился массы восторженных отзывов. Главные роли в картине сыграли звёзды ГолливудаДжим Керри и Кейт Уинслет. В «Вечном сиянии» используются многие техники манипулирования изображением, с которыми режиссёр экспериментировал в прошлом, снимая свои музыкальные видео. За сценарий этого фильма Гондри (вместе с Кауфманом и Пьером Бисмутом) получил в 2005 году премию «Оскар». Картина завоевала также премию «Сатурн» как лучшая фантастическая кинолента года.
Наиболее полно излюбленные идеи и техники Мишеля Гондри нашли отражение в его третьем художественном фильме «Наука сна» (2006). В этой картине о любви двух молодых людей Стефана и Стефани (в исполнении Гаэля Гарсиа Берналя и Шарлотты Генсбур) удивительным образом перемешаны сны и реальность. Съёмки целиком проходили во Франции в конце 2004 — начале 2005 года, главным образом в Париже, в доме, где Гондри жил 15 лет назад, и велись на трёх языках, французском, английском и испанском. Анимационные эпизоды были созданы летом 2004 года. Премьера фильма состоялась 22 января 2006 года на Sundance Film Festival, где картина была очень тепло встречена и критиками, и зрителями, затем последовали фестивальные показы в Берлине, Сиэтле и Москве, проходившие с неизменным успехом. К старту американского проката «Науки сна» Гондри организовал в одной из нью-йоркских галерей специальную выставку декораций и реквизита из фильма, чтобы все желающие могли почувствовать себя на месте героев ленты.
Оливье «Твист» Гондри, родной брат Мишеля Гондри, также является клипмейкером. Твист помогал брату создавать дебютный фильм «Звериная натура» (2001), приняв участие в работе над визуальными эффектами картины.
Рекламный ролик Гондри, посвященный джинсам Levi’s, вошёл в книгу рекордов Гиннесса как клип, собравший самое большое число наград в истории этого жанра[5]. Это любовная история, как и ролик кофемашин Nespresso, снятый М. Гондри с Джорджем Клуни.