Сын экономиста Моисея Григорьевича Панеяха и учительницы русского языка и литературы Нелли Самуиловны Дайч (1904—1989). Родной брат — Лев Панеях; двоюродный брат — историк Лев Кертман.
С 1960 года работал в Ленинградском отделении Института истории АН СССР (ныне Санкт-Петербургский институт истории РАН): младший, старший, главный научный сотрудник, заведующий отделом древней истории.
Был женат на Раде Васильевне Вурсол (1925—2005); дочь Алла (род. 1953) — заведующая отделом «Научная библиотека» Государственного музея истории религии. Племянница — социолог Элла Львовна Панеях.
[Рец. на кн.] Маньков А. Г. Цены и их движение в Русском государстве в XVI в. М.-Л., 1951 // Вопросы истории. 1952. № 12. С. 141—146.
К вопросу о так называемых деревенских служилых кабалах Спасо-Прилуцкого монастыря // Проблемы источниковедения. 1956. Т.5. С. 210—230.
Новый источник по истории холопства в XVI в. // Исторический архив. 1959. № 4. С. 206—209.
Из истории кабального холопства в XVI в. // Вопросы экономики и классовых отношений в Русском государстве XII—XVII вв. Сб. ст. М.-Л., 1960. Труды ЛОИИ АН СССР. Вып. 2Архивная копия от 30 апреля 2018 на Wayback Machine. С. 101—128.
Записные книги старых крепостей конца XVI в. // Проблемы источниковедения. 1963. Т. 11. С. 346—363.
Яков Соломонович Лурье и петербургская историческая школа // In memoriam. Сборник памяти Я. С. Лурье. СПб., 1997. С. 133—146.
Борис Александрович Романов // Историческая наука России в XX в. / отв. ред. Г. Д. Алексеева. М., 1997. С. 437—464.
Борис Александрович Романов и Иван Иванович Смирнов // У источника. Сборник в честь С. М. Каштанова. Вып. 1. М., 1997. Ч. 2. С. 490—545.
The St. Petersburg school of history and its fate // Historiography of Imperial Russia. London, 1999. P. 146—152. (в соавт. с Б. В. Ананьичем);
«Академическое дело» как исторический источник // Исторические записки. М., 1999. Вып. 2 (120) (в соавт. с Б. В. Ананьичем).
Следствие в Москве по «Академическому делу» 1929—1931 гг. // Русский исторический журнал. 1999. Т. 2. № 3 (в соавт. с Б. В. Ананьичем).
Борис Александрович Романов // Портреты историков. Время и судьбы. Т. 1 (Отечественная история) / отв. ред. Г. Н. Севостьянов. М. — Иерусалим, 2000.
О петербургской исторической школе и её судьбе // Отечественная история. 2000. № 5. С. 105—118 (в соавт. с Б. В. Ананьичем).
Русские историки после октября семнадцатого // Vittorio. Международный научный сборник, посвящённый 75-летию В. Страды. М., 2005. С. 266—287.
Б. А. Романов и его труды по дальневосточной политике России // Санкт-Петербург — Китай. Три века контактов. СПб., 2006. С. 230—252 (в соавт. с Б. В. Ананьичем);
Памяти А. Г. Манькова (1913—2006) // Вспомогательные исторические дисциплины. СПб., 2007. Т. 30. С. 565—567.
Вспышки памяти (попытка мемуаров) // Петербургский исторический журнал: исследования по российской и всеобщей истории. 2018. № 4 (20). С. 232—246.
Составитель и редактор изданий
Соборное уложение 1649 г.: Комментарии. Л., 1987.
Законодательные акты Русского государства второй половины XVI — первой половины XVII вв. Л., 1987 (совм. с Н. Е. Носовым).
Академическое дело 1929—1931 гг.: документы и материалы следственного дела, сфабрикованного ОГПУ. Вып. 1. СПб., 1993; Вып. 2, СПб., 1998.
Власть и реформы: От самодержавной к советской России. СПб., 1996 (2-е изд. — СПб., 2006).
Валк С. Н. Избранные труды по историографии и источниковедению. СПб., 2000.
Страницы российской истории: проблемы, события, люди. Сборник статей в честь Б. В. Ананьича. СПб., 2003.
Виктор Моисеевич Панеях: к пятидесятилетию научной деятельности. Биобиблиографический указатель трудов (1952—2002) / Сост. Е. Н. Ропакова. СПб., Дмитрий Буланин, 2002, 42 с.
Список трудов В. М. Панеяха, не вошедших в биобиблиографический указатель трудов 1952—2002 // Времена и судьбы. Сборник статей в честь 75-летия Виктора Моисеевича Панеяха / Отв. ред. В. Г. Вовина-Лебедева. СПб., 2006. С. 478—479.
Вовина-Лебедева В. Г. Виктор Моисеевич Панеях // Виктор Моисеевич Панеях: (К пятидесятилетию научной деятельности). Биобиблиографический указатель трудов (1952—2002) / сост. Е. Н. Ропакова. — СПб., 2002. — С. 6—9.
Вовина-Лебедева В. Г. Историк Виктор Моисеевич Панеях. Памяти коллеги // КЛИО: ежемесячный журнал для учёных. — 2017. — № 8. — С. 206—211.
Времена и судьбы. Сборник статей в честь 75-летия Виктора Моисеевича Панеяха / отв. ред. В. Г. Вовина-Лебедева. — СПб., 2006.