Родился в 1871 году в селе Тельвиска Мезенского уезда Архангельской губернии (ныне Ненецкий автономный округ) в семье священника Михаила и Клавдии Кононовых.
С 1904 года — ректор Калужской духовной семинарии. Его служение в Калуге пришлось на сложное в экономическом и политическом отношении время, и к началу 1909 года неожиданно выяснилось, что у семинарии образовался дефицит в 18 643 рублей[2].
В 1909—1910 годах архимандрит Никодим занимался просветительской и миссионерской деятельностью среди карел и финнов.
Был автором книг о подвижниках Архангельской и Олонецкой земли, житий преподобных Иова Ущельского и Трифона Печенгского, а также являлся одним из главных составителей многотомного труда «Жизнеописания отечественных подвижников благочестия XVIII—XIX столетий». В 1910 году была опубликована его книга «Старец отец Наум Соловецкий, подвижник-карел». Кроме этого, он написал несколько сборников жизнеописаний святых угодников Божиих Санкт-Петербургской и Вологодской епархий, а также подвижников Соловецкого монастыря. Занимался историей старчества. Являлся также автором акафиста святителю Иоанну Златоусту.
Много потрудился в связи с открытием святых мощей святителя Иоасафа Белгородского. В годы служения в Курской епархии им были составлены две молитвы святителю Иоасафу, а также большой труд «Житие, прославление и чудеса святителя Иоасафа». Под руководством епископа Никодима и при его непосредственном участии были изданы три тома консисторских дел, связанных с деятельностью святителя Иоасафа, в Свято-Троицком мужском монастыре воссозданы его покои, музей святителя Иоасафа, обладавший обширным фондом документов.
После революции 1917 года иерарх не побоялся открыто встать на защиту Православия и не скрывал своего отрицательного отношения к новой власти.
В 1918 году участвовал в Съезде архиереев юга России в Киеве, после окончания которого через фронт возвратился в Белгород. В своих проповедях он обличал насилие и убийства, совершаемые большевиками.
7 января 1919 года, в праздник Рождества Христова, был арестован ЧК прямо в алтаре храма. По просьбе верующих местные чекисты освободили его на один день, а просивших за него — арестовали. Одну из групп верующих, протестовавших против ареста епископа, возглавила жена священника, начальница 2-й женской гимназии Мария Кияновская, которая сразу же была арестована как «руководительница контрреволюционной демонстрации» и расстреляна. На следующие сутки епископ был повторно арестован и вскоре также расстрелян.
Существует несколько версий расстрела белгородского архиерея. Согласно одной из них, он перед расстрелом благословил производивших расстрел китайцев, которые категорически отказались стрелять в епископа, несмотря на угрозы. Были вызваны другие исполнители казни, к которым владыку вывели в солдатской шинели, чтобы замаскировать его духовный сан.
Тело епископа было брошено в общую могилу. Ежедневно возле этой могилы служили панихиды. После прихода в Белгород Белой армии (через полгода после расстрела епископа) могила священномученика Никодима была вскрыта. При осмотре останков было установлено, что, кроме наличия несмертельной огнестрельной раны в груди святителя, имеется пролом черепа от удара тяжёлым тупым предметом, огромный кровоподтёк в верхней части головы и пролом гортанных хрящей от удушения руками. Мощи были перенесены в Свято-Троицкий мужской монастырь и погребены близ раки святителя Иоасафа Белгородского.
Определением Архиерейского собора Русской православной церкви от 13—16 августа 2000 года был причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских.
О возможности обретения честных останков епископа Никодима (Кононова) заговорили ещё в 1990-х годах. Павел Альбощий, заведующий кабинетом духовного краеведения Преображенского собора, стал заниматься поиском места захоронения епископа Никодима в 2007 году. Но исследовательские работы были затруднены невозможностью археологических раскопок, хотя существовало немало письменных источников, в которых точно указывалось место погребения — северный придел Свято-Троицкого собора. Первым об этом написал в своей книге «Новые мученики российские» (1949, Джорданвилль) протопресвитер Михаил Польский[4].
2 ноября 2012 года в Белгороде был вскрыт склеп с останками православного иерарха, предположительно принадлежавшими священномученику Никодиму, обнаруженный при строительстве здания Белгородской митрополии на Свято-Троицком бульваре[5]. После проведения идентификации останков патриарх Московский и всея Руси Кирилл определил: «Найденные останки признать мощами священномученика Никодима (Кононова), епископа Белгородского. Внести в месяцеслов Русской Православной Церкви дату обретения мощей священномученика Никодима 20 октября / 2 ноября 2012 года»[6].
29 октября 2017 года митрополит Иоанн (Попов) совершил чин великого освящения и первую литургию в храме в честь священномученика Никодима (Кононова), расположенного в здании Белгородской митрополии на месте обретения мощей священномученика Никодима, что было приурочено к 100-летию начала гонений на Церковь и 5-летию обретения мощей священномученика Никодима[7].
Рака с мощами святителя находится в храме в честь священномученика Никодима (Кононова) в здании Белгородской митрополии.
Верное и краткое исчисление преподобных отцев Соловецких; в посте и Добродетельных подвигах просиявших и исторические сведения о церковном их почитании. Агиологические очерки. СПБ, 1900.
↑Журнал действий Съезда о.о. депутатов духовенства Калужской епархии 1909 года 20 января // Калужский церковно-общественный вестник. — 1909. — № 6. — С. 12—13.
Шаляпин С. О.Никодим Кононов: епископ, учёный, мученик / VII Иоанновские образовательные чтения. Секция 5. Новомученики и исповедники земли Архангельской : сб. докл. — Архангельск : Православный издат. центр, 2006. — 111 с.
Пигин А. В. Агиография Олонецкого края: к столетию со времени издания «Олонецкого патерика» архимандрита Никодима (Кононова) // Книга и литература в культурном пространстве эпох (XI—XX века). Посвящается 45-летию научно-педагогической деятельности Елены Ивановны Дергачевой-Скоп / Сост. и ответственные редакторы О. Н. Фокина и В. Н. Алексеев. — Новосибирск, 2011. — С. 795—805
Никитин Д. М., Пигин А. В. Никодим (Кононов) // Православная энциклопедия. — М., 2018. — Т. XLIX : «Непеин — Никодим». — С. 714-717. — 752 с. — 39 000 экз. — ISBN 978-5-89572-056-1.
Свщ. Константин Кукушкин, комиссия по канонизации святых Петрозаводской и Карельской епархии. Олонецкий период деятельности священномученика Никодима, епископа Белгородского (рус.) // гл.ред митр. Иоанн (Попов) Белгородский и СтарооскольскийМиссионерское обозрение : журнал. — Белгород: Изд. Синодального миссионерского отдела Московского Патриархата РПЦ, 2017. — 6 ноября июль-октябрь (вып. 210-211, № 4-5). — С. 63-66.
Список разбит по векам исходя из даты начала епископства. [В квадратных скобках и курсивом] имена епископов, назначенных на кафедру, но не вступивших в управление епархией.