В состав флотилии вошли корабли и суда, выделенные из состава Днепровской флотилии и Черноморского флота. Операционная зона флотилии простиралась более чем на 120 км — от устья реки до порта Рени. Флотилия входила в состав Черноморского флота, а оперативно была подчинена Одесскому военному округу. Перед флотилией стояли задачи: не допустить прорыва кораблей противника ниже порта Рени; не дать ему форсировать реку на участке Галац — устье Дуная; отразить совместно с армейскими частями попытку удара с направления Галац на Джуржулешты[1].
К началу Великой Отечественной войны побережье в районах Галаца, Исакчи, Чатала и Периправы было оборудовано противодесантными средствами, здесь же были установлены береговые батареи Дунайского сектора береговой обороны, организационно входившего в состав флотилии[2].
Вторично флотилия была сформирована приказом Наркома ВМФ от 13 апреля1944 года. Основой для её формирования послужила бывшая Азовская военная флотилия Черноморского флота. Переброска первых кораблей и материальной базы флотилии началась с Азовского моря в Одессу по железной дороге, поскольку Крым ещё не был освобождён.[3]
После капитуляции Германии война для Дунайской флотилии не окончилась. Всю навигацию 1945 года и часть навигации 1946 года моряки флотилии вели боевое траление русла Дуная и гаваней на его берегах (при этом на минах погибли и получили повреждения несколько катеров-тральщиков, погибли десятки моряков). В 1945—1946 годах моряки флотилии участвовали в восстановлении Панчевского железнодорожного моста через Дунай под Белградом. Гитлеровцы не только взорвали каждую опору и каждый пролёт этого поста, но и сбросили в воду с каждого пролёта по железнодорожному эшелону с металлоломом, сверху — тонны металлических конструкций, а затем заминировали все эти завалы специально доставленными морскими минами и авиационными бомбами. Моряки флотилии сначала разминировали всё это подводное крошево (из-под воды извлечено боеприпасов в расчёта на 100 тонн взрывчатки), а затем разделывали искореженные металлические конструкции и кранами извлекали их (в целом подняло 5 800 тонн металла). Мост вступил в строй в ноябре 1946 года.[6].
04.1944—05.1945 — капитан 3-го ранга (с 12.1944 — капитан 2-го ранга) П. И. Державин.
Командиры 2-й Краснознаменной Сулинско-Братиславской ордена Ушакова бригады речных кораблей:
Капитан 2 ранга Давыдов П. П.
Капитан 2 ранга Аржавкин, Александр Федорович
Командиры 1-й(116-й) Краснознаменной бригады траления (бригады тральщиков, бригады речных кораблей):
Кроме того, на Измаил базировался 4-й Черноморский отряд пограничных судов (4 ЧОПС) Морской пограничной охраны НКВД СССР, имевший более 30 пограничных катеров (в том числе типа «МО»), которые влились в состав флотилии после начала боевых действий.
К началу войны сектор береговой обороны организационно входил в состав Дунайской флотилии. Береговые батареи сектора береговой обороны дислоцировались на побережье в районах Галаца, Исакчи, Чатала и Периправы. Сектор имел в своём составе две стационарные батареи и пять батарей на механической тяге, 23 орудия калибром от 45 до 152-мм. Береговые батареи располагались: № 725 (152-мм подвижная) — в Измаиле; № 724 (152-мм подвижная) — в селении Джуржулешты; № 717 (130-мм стационарная) — в селении Жебрияны; № 65 (45-мм противокатерная) — в г. Новая Килия; № 7 (75-мм стационарная) — в г. Вилково[2].
Состав Дунайского сектора береговой обороны по состоянию на 22 июня 1941 г.:[10]
Отдельная местная стрелковая (караульная) рота ВМБ Измаил;
27 июня 1941 г. в Измаиле была установлена батарея № 726 (122-мм подвижная) с дальностью стрельбы 24 км[2].
17 июля 1941 г. высшее армейское командование приняло решение оставить Бессарабию ввиду сложившейся крайне тяжёлой обстановки. Перед флотилией была поставлена задача эвакуировать свои тылы в Одессу и прикрыть со стороны Дуная отход частей 14-го стрелкового корпуса. Боевые корабли после выполнения этих задач должны были прорваться в море и следовать в Одессу. Батарея № 717 была снята и эвакуирована, батарея № 7 — взорвана при отходе. Батареи № 724, 725, 726, 65 по решению Военного совета Черноморского флота были переданы Одесской военно-морской базе и Киркитинскому сектору береговой обороны, где они с успехом действовали под Одессой и Николаевом. [БА_1967(20)] За умелое руководство боевыми действиями и проявленные мужество и отвагу большая группа бойцов и командиров Дунайской флотилии была награждена орденами и медалями. В числе их орденом Красного Знамени был награждён командир береговой батареи № 724 старший лейтенант А. В. Сидоров.[11].[БА_1967(20)]
В начале августа 1944 года, после создания Дунайской военной флотии флотилии, разведотряд разведотдела Штаба ЧФ под командованием В. А. Калганова «Бороды» был передан в ее распоряжение и стал называться разведотрядом разведывательного отдела штаба Дунайской флотилии. 24 августа 1944 года, в ходе наступление 3-го Украинского фронта, корабли флотилии вошли в Дунай. Для обеспечения их действий требовались разведданные, которые доставляли разведчики-черноморцы. Они устанавливали пути прохода бронекатеров, опрашивая местных жителей, уточняли минирование фарватеров, выявляли позиции береговых батарей, а также подбирали плацдармы для десантов. Постоянная задача — захват «языков»[12].
6 января 1945 года — Орден Красного Знамени — награждена указом Президиума Верховного Совета СССР от 6 января 1945 года за образцовое выполнение заданий командования в боях с немецкими захватчиками при форсировании Дуная и прорыве обороны противника и проявленные при этом доблесть и мужество.
5 апреля 1945 года — Орден Нахимова I степени — награждена указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 апреля 1945 года за образцовое выполнение заданий командования в боях с немецкими захватчиками при овладении городом Будапешт и проявленные при этом доблесть и мужество.
В память о подвигах моряках Дунайской военной флотилии установлены памятнике в Херсоне и Измаиле. Помимо этого, в честь Дунайской военной флотилии названа одна из улиц Херсона[13].
… Распространённое утверждение о том, что ЗМ «Колхозник» был переоборудован из колёсного буксирного парохода, не подтверждается результатами подводного обследования остова корабля…
— «Корабли ВМФ СССР накануне и в годы Великой Отечественной войны»[9].
↑ 12Платонов, 2010, Прил. II. Состав и состояние военных флотов противоборствующих государств на Чёрном море.
↑ 12Черников, 2007, Дунайская военная речная флотилия Советского Союза.
↑Хоменко А. И.Тип «Колхозник» (неопр.). Минные заградители. Сайт «Корабли ВМФ СССР накануне и в годы Великой Отечественной войны». Дата обращения: 20 декабря 2016. Архивировано из оригинала 21 декабря 2016 года.
Колонтаев, Константин. Крым: битва спецназов. — М.: Алгоритм, 2015. — 240 с. — ISBN 978-5-906798-29-9.
Локтионов И. И. Дунайская флотилия в Великой Отечественной войне (1941—1945 гг.). — М.: Воениздат, 1962. — 320 с.
Платонов А. В. Борьба за господство на Чёрном море. — М.: Вече, 2010. — (1418 дней Великой войны). — ISBN 978-5-9533-5105-8.
Черников И. И. Раздел I : Мониторы на Дунае // Энциклопедия мониторов : Защитники речных границ России. — СПб. : Судостроение, 2007. — 696 с. : ил. — ISBN 978-5-7355-0706-2.
Кудря М. Н. Черноморцы на Дунае. — Одесса: Маяк, 1990. — 183 с.