Площадь дельты постоянно колеблется: из-за наносных отложений она выдвигается на восток в среднем на 40 м в год. Из-за этого ряд поселений, на момент основания располагавшихся в непосредственной близости от Чёрного моря, теперь находятся на значительном удалении от него. К примеру, современное расстояние от города Вилково, основанного в 1746 году, до моря составляет уже более 6 километров по Очаковскому гирлу по данным за 2005 год[2]. Из-за заиления одних русел и образования других, линия фарватера основных рукавов реки изменчива, а потому является причиной территориальных споров между Румынией с одной стороны и ранее СССР, а ныне Украиной с другой.
В Новое время дельта Дуная, имеющая важное стратегическое значение, стала причиной территориальных споров между несколькими государствами. Так, в 1770—1774 годах, в ходе очередной русско-турецкой войны, Подунавье находилось в составе России[1]. Адрианопольский мирный договор 1829 года передал Российской империи площадь всей дельты реки Дунай. Однако уже 1856 году, по итогам Крымской войны, вся Южная Бессарабия, прилегавшая к Дунаю и нижнему течению реки Прут, вошла в состав Молдавского княжества, объединившегося в 1859 году с Валашским княжеством в составе государства Румыния. Большая часть самой дельты при этом была возвращена Османской империи. Берлинский трактат 1878 года вернул Южную Бессарабию России вплоть до Килийского гирла. Большая же часть дельты (83 %) была передана объединённой Румынии, которая получила независимость от Османской империи[3]. Дельта и прилегающие к ней черноморские территории продолжали оставаться предметом территориальных споров между Румынией и СССР, а затем и Украиной.
Килийское гирло в границах территории Украины создаёт так называемую Килийскую дельту, которая является наиболее быстротечной частью дельты Дуная. Большая часть дельты Дуная покрыта плавнями — это второй по площади массив подобного ландшафта в Европе (уступает только плавням в дельте Волги).
В 1979 году был создан биосферный резерват «Дельта Дуная», который включал часть дельты на территории Румынии. В 1992 году резерват был расширен, а в 1998 году он стал трансграничным после того, как в его состав вошёл Дунайский биосферный заповедник на территории Украины[6].
Угрозу природе дельты могут представлять румынские и украинские судоходные каналы.
↑Василий Федоренко. Так где же она – истина!? Еще раз о землях и водах дельты (рус.) // Дельта и человек : газета. — Дунайский биосферный заповедник, 2005. — 21 мая (№ 5—6).