Футбольная команда «Химки» была образована в 1996 году на базе двух городских коллективов «Новатор» и «Родина»[3], выступавших в городских и областных соревнованиях, и в том же году приняла участие в Первенстве России среди КФК[4]. Сезон получился успешным, команда выиграла сначала турнир в своей зоне («Центр (Подмосковье А)»), а затем и финальный турнир в Ульяновске[5][6], добившись таким образом права перейти на уровень профессионалов. Там уже предъявлялись требования по наличию соответствующей структуры, и 30 января 1997 года было создано "Некоммерческое муниципальное учреждение «Футбольный клуб „Химки“»", тем самым клуб получил право играть в Третьей лиге[7]. Первым президентом клуба, получившим официальный патронаж городской администрации, стал его создатель, глава Химкинского районаЮрий Кораблин. Первым тренером клуба стал Владимир Штапов. В турнире Третьей лиги 1997 года «Химки» заняли 2-е место в 3-й зоне, объединявшей клубы Москвы и Подмосковья, и вышли во Второй дивизион, где команда выступала на протяжении следующих трёх лет. В 2000 году тренером стал Виктор Папаев, известный в прошлом полузащитник «Спартака». Ему удалось вывести команду в Первый дивизион; хотя сначала «Химки» уступили это право «Северстали» в стыковых матчах (0:1, 3:2) за счёт гостевых мячей, однако «Северсталь» играть в Первом дивизионе отказалась.
В конце сезона 2005 года за два тура до финиша первенства, когда стало ясно, что с задачей выхода в высшую лигу справиться не удалось, был отзаявлен вице-президент клуба Андрей Червиченко, который являлся соинвестором клуба. После окончания первенства вместе с ним ушла большая группа футболистов, а также и главный тренер Павел Яковенко. В сезоне 2006 года клуб практически полностью обновил состав, главным тренером был назначен Владимир Казачёнок[8].
В сезоне 2006 года клуб стал победителем чемпионата России в Первом дивизионе, обыграв в последнем туре краснодарскую «Кубань», и вышел в Премьер-лигу.
5 сентября 2007 года руководством клуба была принята отставка Казачёнка. Перед матчем 13-го тура с «Зенитом» Казачёнок был госпитализирован с диагнозом «гипертонический криз», но спустя время после амбулаторного лечения он всё-таки вернулся к работе. Через некоторое время он опять почувствовал ухудшение своего состояния, и врачи рекомендовали ему обратить внимание на своё здоровье. Исходя из этого, тренер принял решение оставить пост главного тренера команды[9].
8 сентября 2007 года был подписан контракт сроком на 2,5 года с сербским тренером Славолюбом Муслином, ранее работавшим с московским «Локомотивом».
11 ноября 2007 года ФК «Химки» в последнем туре чемпионата принимали на своём поле «Крылья Советов» и выиграли у них со счётом 4:1, тем самым обеспечив себе 9-е место в чемпионате России[9].
В апреле 2008 года за неудовлетворительные результаты в чемпионате России Муслин был уволен. На его место в мае был назначен Сергей Юран. 16 ноября, победив на выезде «Спартак-Нальчик» со счётом 1:2, «Химки» вышли из зоны вылета, где до того находились весь сезон, заняв 14-е место в турнирной таблице и обеспечив себе прописку в Премьер-Лиге на 2009 год.
Команда в 2008 году
В начале декабря 2008 года властями Московской области было сообщено о принятии решения об объединении ФК «Химки» и ФК «Сатурн» Раменское в связи с тяжёлым финансовым положением в регионе, которое вызвано экономическим кризисом[10][11], при этом из-за разной правовой формы клубов произошла бы ликвидация одного из них (ликвидации бы подвергся ФК «Химки»)[12].
Однако через несколько дней стали поступать сообщения о продолжении выступлений ФК «Химки» в низшем дивизионе[13] или в премьер-лиге[14]. 11 декабря Правительство Московской области, являющееся основным спонсором клуба, всё-таки нашло сумму в размере 300 млн рублей, необходимую для выступления клуба в премьер-лиге[15].
15 декабря 2008 года была утверждена кандидатура нового главного тренера команды, им стал Константин Сарсания. Срок соглашения рассчитан на 2 года. 19 сентября 2009 года он был уволен с поста главного тренера ФК «Химки» с формулировкой «из-за неудовлетворительных показателей команды».
В сезоне 2009 «Химки» смогли одержать первую победу лишь в 13-м туре, обыграв на своём поле ФК «Сатурн» Раменское со счётом 1:0. Вторая и последняя победа была одержана спустя два тура, где со счётом 2:0 «Химки» обыграли «Амкар». После крупного поражения от московского «Спартака» 24 октября «Химки» потеряли шансы на спасение от вылета из премьер-лиги, причём сама команда проиграла все 15 матчей второго круга чемпионата.
Следующий сезон команда провела в ФНЛ, где смогла занять лишь 13-е место. В сезоне 2011/12 команда повторила этот же результат. Третий сезон пребывания в ФНЛ стал для команды последним — она вылетела во второй дивизион, заняв 16-е место. В сезоне 2013/14 года перед командой была поставлена задача возвращения в ФНЛ, однако из-за незапланированных потерь очков красно-чёрные заняли лишь третье, не дающее права на повышение в классе, место в зоне «Запад» второго дивизиона, пропустив вперёд «Тосно» из Ленинградской области и ивановский «Текстильщик». Аналогичная ситуация произошла и в сезоне 2014/15 — на этот раз в ФНЛ вышли фарм-клубы команд из РПЛ — «Спартак-2» и «Зенит-2», а третье место занял клуб «Строгино». В сезоне 2015/16 «Химки» за несколько туров до конца первенства обеспечили себе первое место в зоне «Запад», а вместе с ним и выход в ФНЛ[16]. Клуб поставил перед собой цель — выход в РФПЛ за один сезон[17]. Выйдя в ФНЛ, клуб за высокие места не боролся (11-е место в сезоне 2016/17, 13-е — 2017/18)[18], продолжал регулярно менять тренеров — 10 апреля 2019 года заступивший на пост главного тренера Андрей Талалаев стал уже шестым за этот период. Генеральный директор клуба Василий Иванов в марте 2019 года заявил, что в сезоне-2019/2020 будет поставлена задача выйти в Премьер-лигу[19], однако в начале 2020 года стало известно о смене вектора развития клуба (ставка будет сделана на воспитанников футбольных школ Московской области), и Талалаев покинул клуб[20]. Главным тренером стал Сергей Юран, ранее уже возглавлявший команду[21]. Юран возглавив «Химки» помог команде выйти в Тинькофф РПЛ по итогам сезона Олимп-ФНЛ, а также дойти до финала Кубка России, где уступил «Зениту» с минимальным счётом (0:1). 31 июля 2020 г. покинул «Химки».
1 августа 2020 года команду возглавил Дмитрий Гунько, работавший долгое время в системе московского «Спартака»[22]. После восьми матчей чемпионата подмосковная команда под руководством Гунько набрала лишь три очка, не одержав ни одной победы. 21 сентября 2020 г. контракт Гунько был расторгнут по соглашению сторон.[23] 25 сентября главным тренером был назначен Игорь Черевченко[24]. Новым генеральным директором Сергей Анохин, заменивший на этой должности Александра Зайцева[25]. Под руководством Черевченко «Химки» покинули последнее место турнирной таблицы и завершили 2020 год на 11-й позиции. По итогам сезона 2020/21 клуб заняли рекордное в истории 8-е место в премьер-лиге[26].
10 октября 2022 года об уходе из наблюдательного совета «Химок» сообщил бывший министр спорта Московской области и депутат Госдумы от «Единой России» Роман Терюшков, объяснивший свой шаг серыми схемами в команде[28]. Появился в команде в феврале 2020-го как министр спорта Подмосковья, в июле 2021-го его начали представлять как куратора «Химок», а в ноябре — как члена наблюдательного совета клуба (до его прихода должности не существовало). На своём посту функционер отметился эпатажными и скандальными высказываниями и управленческими шагами, к его уходу клуб имел долги на 300 млн руб[29].
По итогам сезона 2022/2023 «Химки» вылетели из Премьер-лиги, но уже через год вернулись в элиту российского футбола.
1 октября 2022 года в матче с ЦСКА на пустой трибуне клуб вывесил баннер в поддержку российской армии и присоединения новых территорий к РФ[30]. Болельщики команды открестились от инициативы, посчитав её попыткой новых или не очень новых людей выслужиться на волне #урапотреотизма[31]. Полученные от 15 октября матча с «Факелом» руководство клуба решило направить на поддержку российских вооруженных сил[32].
22 августа 2020 года спонсором команды стала девелоперская компания ПИК. Согласно РБК, сумма годового контракта составляли 140 миллионов рублей, при удачном выступлении сумма составит 170 миллионов рублей[33].
На сезон 2022 года в первенство Москвы — Дивизион «Б» также заявилась любительская команда «Химки-М»[35], представляющая СШОР «Химки»[36]. Молодёжная команда U-19 — участница чемпионата М-Лиги 2021/22[37].