Семья жила в коммунальной квартире по адресу: проспект Карла Маркса, 4. Во время Великой Отечественной войны семья Стругацких оказалась в осаждённом Ленинграде, причём из-за болезни Бориса в январе 1942 г. Аркадий и Натан Залманович Стругацкие отправились в эвакуацию одни; отец умер от истощения в дороге в Вологде. Только в 1943 году старшему брату Аркадию удалось вывезти мать и брата Бориса в посёлок Ташла Оренбургской (тогда — Чкаловской) области. В Ленинград они вернулись в 1945 г. В 1950 году Борис окончил школу с серебряной медалью и собирался поступать на физический факультетЛГУ, однако принят не был. Тогда он подал документы на математико-механический факультет ЛГУ, который окончил в 1955 году по специальности «астроном». В 1951 году Борис Стругацкий проходил летнюю практику перед вторым курсом в Алма-Атинской обсерватории при Академии наук Казахской ССР в секторе астроботаники, организованном академиком Г. А. Тиховым для развития исследований по прогнозированию возможности существования жизни на других планетах Солнечной системы[6].
После окончания университета поступил в аспирантуру Пулковской обсерватории, однако не защитил диссертацию, тема которой оказалась раскрыта ещё в 1942 году за рубежом. Затем Б. Стругацкий работал на счётной станции Пулковской обсерватории инженером-эксплуатационником по счётно-аналитическим машинам. В 1960 г. принял участие в геодезической и астроклиматической экспедиции на Кавказе в рамках программы поиска места для установки Большого телескопаАН СССР.
С 1964 года — профессиональный писатель, член Союза писателей СССР. Ещё несколько лет проработал в Пулковской обсерватории на полставки. С 1972 года — руководитель Ленинградского семинара молодых писателей-фантастов, который впоследствии стал известен как «семинар Бориса Стругацкого».
Был женат на Аделаиде Андреевне Карпелюк (23 октября 1931 — 20 декабря 2013), дочери генерал-майора А. И. Карпелюка[6], с которой познакомился в студенческие годы во время учёбы в ЛГУ. Сын Андрей (родился в 1959 году)[8].
Борис Натанович был известен как страстный филателист, что нашло отражение в его творчестве[9].
Основной корпус литературных произведений Бориса Стругацкого был создан им в соавторстве с его братом Аркадием. Распространено мнение, что большинство их совместных произведений написано в жанре научной фантастики. Сам Б. Н. Стругацкий так не считал и предпочитал говорить о «реалистической фантастике», где центральная роль отводится человеку и его судьбе, а иные планеты или техника будущего — не более, чем «декорации».
После смерти Аркадия Стругацкого (1991) Борис Стругацкий, по его собственному определению, продолжил «пилить толстое бревно литературы двуручной пилой, но без напарника». Под псевдонимом С. Витицкий вышли его романы «Поиск предназначения, или Двадцать седьмая теорема этики» (1994—1995) и «Бессильные мира сего» (2003), продолжившие исследование неумолимого рока и возможностей влиять на окружающую действительность.
Борис Стругацкий для полного собрания сочинений Стругацких подготовил «Комментарии к пройденному» (2000—2001; вышли отдельным изданием в 2003), в которых подробно описал историю создания произведений Стругацких. На официальном сайте Стругацких с июня 1998 года шло интервью, в котором Борис Стругацкий ответил на несколько тысяч вопросов.
Стругацкими под псевдонимами С. Бережков, С. Витин, С. Победин были осуществлены переводы с английского романов Андре Нортон, Хола Клемента, Джона Уиндэма. Также переводили Кобо Абэ и других японских авторов, так как Аркадий Стругацкий был переводчиком с японского.
Наиболее известным псевдонимом Бориса Стругацкого является псевдоним С. Витицкий.
С. (официально не имеет расшифровки, однако встречается «Сергей») — от «Стругацкий». Происхождение слов «Витицкий», «Витин» и т. п. таково: Борис Натанович жил в Санкт-Петербурге на улице Победы, а по латыни «Победа» — Виктория.
Под этим псевдонимом писателем опубликованы следующие произведения:
Почётный диплом Законодательного Собрания Санкт-Петербурга (9 апреля2008 года) — за выдающийся личный вклад в развитие литературы и искусства и в связи с 75-летием со дня рождения[15].
В 2020 году было принято решение установить мемориальную доску Борису Стругацкому на доме 4А по улице Победы, в котором он жил с 1964 по 2012 годы[16][17]. Доска в виде книги открыта 2 марта 2023 года на стороне улицы Победы, перед этим была установлена временная мемориальная доска со стороны Варшавской улицы.
Фонд братьев Стругацких (председатель Андрей Борисович Стругацкий)[18].
2008 — подписал открытое письмо-обращение в защиту и поддержку освобождения юриста нефтяной компании ЮКОССветланы Бахминой.
2011 — не смог проголосовать на выборах в Госдуму, на которых собирался отдать свой голос партии «Яблоко»[21].
О советской истории:
Память о Великой Отечественной стала святыней. Не существует более ни понятия «правда о войне», ни понятия об «искажении исторической истины». Есть понятие «оскорбления святыни». И такое же отношение стремятся создать ко всей истории советского периода. Это уже не история, это, по сути, религия. С точки зрения верующего человека, с точки зрения церкви, не бывает искажения «правды Библии» — бывает покушение на святость, оскорбление веры, ересь. Библия Войны написана, и апокриф о предателе-генерале Власове в неё внесён. Всё. Не вырубишь топором. Но с точки зрения «атеиста» нет здесь и не может быть ни простоты, ни однозначности. И генерал Власов — сложное явление истории, не проще Иосифа Флавия или Александра Невского; и ветераны — совершенно особая социальная группа, члены которой, как правило, различны между собою в гораздо большей степени, чем сходны.
Русские писатели XX века: Биографический словарь / Гл. ред. и сост. П. А. Николаев. — М.: Большая Российская энциклопедия; Рандеву-АМ, 2000. — С. 669—671.
Ант Скаландис.Братья Стругацкие. — М.: АСТ, 2008. — 704 с. — 5000 экз. — ISBN 978-5-17-052684-0. — ISBN 978-5-9713-8278-2.