Он служил в нунциатурах на Шри-Ланки с 1982 года по 1983 год, Иране в 1983—1985 годах, Бразилии в 1989—1992 годах и наконец на Филиппинах с 1992 года по 2001 года. Хотя формально он был назначен Апостольским нунцием на Филиппинах он находился в Гонконге.
В течение этих лет он провел свой наиболее интенсивный и важный период работы на Святой Престол, так называемый «Миссия Изучения», связанный с Манильской нунциатурой. В это время монсеньор Филони был мостом папы Иоанна Павла II, обращаясь к китайским епископам, официальным и неофициальным Церквям и епископам, примиряя обширное большинство со Святым Престолом.
Монсеньор Филони защищал свободу Римско-католической церкви в Ираке под режимом Саддама Хуссейна и в соответствии с позицией папы римского — противопоставленное американскому вторжению в Ирак. Он остался в Багдаде, под падающими американскии бомбами, отказываясь оставить столицу, в которой он сказал, что «Это не было ничто исключительное». После падения Саддама он не был в состоянии замечать некоторые новые аспекты вновь найденной свободы народов. Все же он также предупреждал против недостатка безопасности и медленного развития экономики, поддерживал новую конституцию и поддержал мирное сосуществование между христианами и мусульманами.
Он прибыл, и был близок к убийству в Багдаде 1 февраля2006 года, когда автомобильная бомба взорвалась рядом с нунциатурой. «Слава Богу мы выжили» — заявил он позднее. Он служил в Ираке и Иордании до 25 февраля2006 года, когда он вернулся на Филиппины как нунций.
Заместитель Государственного Секретаря Святого Престола по общим делам[править | править код]
Это работа Филони, чтобы организовать деятельность Римской курии и назначений в куриальные ведомства, поддерживать на должном уровне папские документы, также как справляться о заинтересованности посольств ко Святому Престолу и издавать официальные связи. Он также был ответствен за организацию деятельности нунциев во всем мире в их деятельности относительно местных церквей. Также как он говорит на своем родном итальянском языке, он также говорит по-английски, по-испански, по-французски и по-португальски.
При комментируя своё назначение он сказал:"Это акт отеческой благосклонности со стороны понтифика, на который я отвечаю с наибольшим трепетом, но с той же самой готовностью и глубокой благодарностью, которую я имел в прошлом. Замечательные слова Господа Бога нашего помогают мне в это время, те которые находятся в Евангелии от Луки (17, 10), на отношении тех кто названы ко служению Христу: «Так и вы, когда исполните всё повеленное вам, говорите: „мы рабы ничего не стоящие, потому что сделали, что должны были сделать“»".