Родился 22 июля 1954 года в Москве. Мать — Наталья Павловна Макарова (род. в 1925 году), с 1964 по 1986 год — председатель Московского областного суда[3].
Кандидат юридических наук (1979)[5]. Диссертацию по теме «Применение научно-технических средств при рассмотрении судами уголовных дел» защитил во ВНИИ МВД (1979)[6].
В 1983—1993 годах — адвокат Московской городской коллегии адвокатов. Защищал Ю. М. Чурбанова в «хлопковом деле». Был общественным обвинителем по делу Смирнова-Осташвили, одного из лидеров общества «Память». В 1992 году выступал обвинителем в заседаниях Конституционного Суда РФ, рассматривавшего так называемое «Дело КПСС»[6].
В 1990 году — юридический директор фонда «Культурная инициатива» («Фонд Сороса»). В 1992 году возглавил фонд «Культурная инициатива».
В 1993 году входил в рабочую группу по подготовке проекта новой Конституции РФ.
29 апреля 1993 года назначен начальником управления по обеспечению деятельности Межведомственной комиссии Совета безопасности РФ по борьбе с организованной преступностью и коррупцией в высших эшелонах власти (сменил вице-президента Российской Федерации Александра Руцкого). 18 августа 1993 года на пресс-конференции обвинил А. Руцкого в незаконных финансовых операциях и наличии счёта в швейцарском банке. Освобождён от должности по собственной просьбе в связи с избранием в Государственную думу (1993).
Баллотировался по Шереметьевскому избирательному округу г. Москвы № 203 при поддержке избирательного блока «Выбор России», получил 27,35 % голосов. 17 января 1994 года вышел из фракции «Выбор России» и вступил в депутатскую группу «Союз 12 декабря». С 1994 года член Комитета по международным делам, член Комитета по законодательству и судебно-правовой реформе Госдумы РФ.
В 1994—1997 годах возглавлял Российскую шахматную федерацию. Международный мастер по шахматам. Звание получил после того, как в ФИДЕ были представлены таблицы двух шахматных турниров, проведённых в России. Но через какое-то время появились сообщения о том, что представленные тексты партий, сыгранных Макаровым в этих турнирах, якобы переписаны у известных мастеров прошлого. Пять из десяти «выигранных Макаровым» партий заимствованы полностью, три — в своей основной содержательной части, после которой оставалась элементарная реализация подавляющего перевеса[7].
В 1995—1999 годах — депутат Государственной думы Федерального собрания РФ второго созыва, член Комитета по бюджету, налогам, банкам и финансам. В октябре 1998 года назначен членом коллегии Госналогслужбы РФ. В июле 1999 года утверждён членом коллегии Министерства РФ по налогам и сборам.
В марте 2000 года назначен председателем Экспертного совета по налоговому законодательству при Комитете Государственной думы по бюджету и налогам.
В 2003 году назначен советником губернатора Кемеровской области по правовым вопросам. В июне 2003 года — вице-губернатор области по правовому обеспечению экономической деятельности.
Учредитель московского адвокатского бюро «Андрей Макаров и Александр Тобак» совместно с А. Я. Тобаком[8].
С 29 марта по 14 октября 2010 года — ведущий проекта «Справедливость» на РЕН ТВ[9][10]. Из-за перестановок в руководстве телеканала РЕН ТВ обновлённая «Справедливость» не смогла выйти в эфир[11]. С 29 августа 2011 по 29 октября 2013 года — ведущий программы «Свобода и справедливость» на «Первом канале»[12][13].
22 марта 2017 года Госдума в третьем чтении приняла закон А. Макарова, по которому находящееся под иностранными санкциями лицо может не признаваться налоговым резидентом России (если у него есть налоговое резидентство другого государства). Закон имеет обратную силу, по которой возврат подоходного налога возможен с 2014 года. Документ был принят голосами депутатов фракции «Единая Россия», остальные фракции голосовали против.
С 22 октября 2019 года по 30 июня 2020 года — ведущий ток-шоу «Право на справедливость» на «Первом канале».
С 1995 по 2022 гг., в течение исполнения полномочий депутата Государственной Думы II, IV, V, VI, VII и VIII созывов, выступил соавтором 194 законодательных инициатив и поправок к проектам федеральных законов[14].
Внес на рассмотрение 15 законопроектов, из которых успешно чтения прошли 13. В основные группы интересов входят геология и разведка недр, топливная промышленность, транспорт. Также внес законопроекты о продлении нулевой ставки НДС в отношении услуг по перевозке пассажиров железнодорожным транспортом в пригородном сообщении — речь идет о льготах для РЖД[15][16].
Находится под персональными международными санкциями разных стран. С 25 февраля 2022 года был включен в санкционный список всех стран Европейского союза. С 4 марта 2022 года находится под санкциями Швейцарии. С 11 марта 2022 года находится под санкциями Великобритании[17]. С 12 апреля 2022 года — под персональными санкциями Японии. С 4 мая 2022 года находится под санкциями Австралии.
Участвовал в капитал-шоу «Поле чудес» в выпуске от 17 ноября 1995 года и одержал победу[19]. По собственным словам, после завершения съёмок упал в студии и сломал ногу[20].
Согласно декларации о доходах, за 2011 год сумма годового дохода Андрея Макарова составила 7 525 109 рублей, его супруги — 75 331 329, ребёнка — 92 482; в собственности депутата и членов его семьи находятся два участка для ведения личного подсобного хозяйства по 0,25 га, земельный участок под дачное хозяйство на 0,18 га, два земельных участка под индивидуальное жилищное строительство по 0,14 га и жилой дом 318 м² в Испании, жилой дом 746 м² и квартиры 190 и 53 м² в России[21]. По информации газеты «Ведомости», в Испании Макарову принадлежит два земельных участка площадью 0,29 га[22].
В декларации Макарова за 2014 и последующие годы супруга отсутствует. Доход Макарова за 2014 год, согласно декларации, составил 3 922 886.48 руб, в собственности квартира площадью 53 м². и автомобиль Лексус LS 460. В декларации 2014 года ребёнок Макарова получил доход 36 805.88 руб, владеет двумя участками в Испании: земельный участок под индивидуальное жилищное строительство (общая долевая собственность, 1/2) 1489,00 м². и земельный участок под индивидуальное жилищное строительство (общая долевая собственность, 1/2) 1426,00 м²., а также домом — общая долевая собственность, 1/2 318,07 м²[23].
В 2015 году Макаров получил доход 4 744 151.65 руб, в собственности квартира площадью 53 м². и автомобиль Лексус LS 460. Ребёнок получил доход 77 956.91 руб, владеет двумя участками в Испании: земельный участок под индивидуальное жилищное строительство (общая долевая собственность, 1/2) 1489,00 м². и земельный участок под индивидуальное жилищное строительство (общая долевая собственность, 1/2) 1426,00 м²., а также домом — общая долевая собственность, 1/2 318,07 м²[24].
В 2016 году из декларации исчез ребёнок, доход Макарова составил 6 150 299.66 руб, в собственности квартира площадью 53 м². и автомобиль Лексус LS 460[25].
В 2017 году доход Макарова составил 4 655 269,32 руб, в собственности квартира площадью 53 м². и автомобиль Лексус LS 460[26].
Орден Почёта (21 июля 2014 года) — за активную законотворческую деятельность и многолетнюю добросовестную работу[27]
Медаль Столыпина П. А. I степени (19 июля 2019 года) — за заслуги в законотворческой деятельности, направленной на решение стратегических задач социально-экономического развития страны[28]
Медаль Столыпина П. А. II степени (17 июля 2017 года) — за заслуги в законотворческой деятельности, направленной на решение стратегических задач социально-экономического развития страны[29]
Благодарность Президента Российской Федерации (20 сентября 2016 года) — за заслуги в законотворческой деятельности и многолетнюю плодотворную работу[31]