Флаг утверждён 25 августа 2001 года как флаг муниципального образования «Сергиевский район» (после муниципальной реформы — муниципальный район Сергиевский) и является символом административного статуса муниципального района Сергиевский.
Флаг муниципального района Сергиевский представляет собой прямоугольное полотнище из трёх равновеликих горизонтальных полос: верхней — жёлтой, средней — белой и нижней — зелёного цвета. …В середине флага изображён герб муниципального района Сергиевский размером, равным по высоте двум третям ширины флага. Соотношение ширины флага к его длине 2:3.
Сергиевск берёт начало в 1703 году с Указа Петра I. В 1722 году Пётр I своим Указом учредил герольдмейстерскую контору, призванную создавать городские и личные гербы. 6 июля 1781 года Указом Екатерины II Высочайше утверждён герб Сергиевска Уфимского наместничества, который в соответствии с нормами геральдики представлял собой четырёхугольный щит с заострением внизу в середине в виде круглой скобки. Герб имел следующее описание: «В верхней части — герб Уфимского наместничества. В нижней — золотая лисица в зелёном поле, в знак изобилия сего рода зверями окрестностей того города, то есть Сергиевска».
Цвет полотнища флага соответствует цвету герба и означает: