«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равных прямоугольных частей (белой у древка и голубой у свободного края) и несущее в середине изображение орла, коронованного жёлтой короной, переменяющего цвет с чёрного на белое, с жёлтыми клювом и лапами, держащего в левой лапе длинный (процессионный) золотой крест в перевязь и повернувшего голову вправо».
Современная территория Большечерниговского района с середины XIX века заселялась в основном переселенцами из Черниговской губернии. Именно этот исторический факт положен в основу флага Большечерниговского района. Цвета полотнища (бело-голубого) аллегорически указывают на Черниговскую и Самарскую губернии соответственно.
Центральной фигурой флага Большечерниговского района взята фигура чёрного орла из герба города Чернигова Черниговской губернии, как дань памяти жителей района о своей «малой родине» на Украине — городе Чернигове, что отражено в названии райцентра — Большая Черниговка.
Коронованный орёл со скипетром символизирует власть, величие, храбрость, победу.
Белая часть полотнища аллегорически показывает район как степной — с характерной степной растительностью: ковыль, острец, полынь, молочай — эти травы в степи смотрятся как серебряный ковёр.
Голубая часть полотнища символизирует протекающую по территории Большечерниговского района реку Большой Иргиз («мужественная девушка»), с происхождением названия которой связаны различные легенды.
Белый цвет (серебро) — символ веры, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, откровенности и невинности.
Голубой цвет — символ славы, чести, верности, искренности.
Чёрный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия.
Жёлтый цвет (золото) — символ верховенства, величия, уважения, богатства.