«Флаг городского округа Новокуйбышевска представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение трёх белых водяных лилий из герба городского округа Новокуйбышевск».
Флаг городского округа разработан на основе герба городского округа, который языком символов и аллегорий отражает исторические и природные особенности города.
Новокуйбышевск — молодой город, получивший свой статус в 1952 году. Он был образован при строительстве нефтеперерабатывающего завода. Основой города стали три села: Русские Липяги, Мордовские Липяги и Чувашские Липяги, аллегорически отражённые на флаге цветками водной лилии — символа молодости, красоты, расцвета жизни.
Белый цвет (серебро) — символ совершенства, чистоты, мира и взаимопонимания.
Синий цвет полотнища дополняет символику и указывает на географическое расположение городского округа Новокуйбышевск на берегах реки Волги.
Синий цвет символизирует духовность, честь, славу, водные просторы и чистое небо.