Флаг утверждён 23 июня 2004 года как флаг муниципального образования «Богатовский район» (после муниципальной реформы — муниципальный район Богатовский) и является его официальным символом.
«Прямоугольное полотнище с отношением высоты к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: голубого (вверху, шириной 2/3 от высоты полотнища) и зелёного цветов. В крыже — жёлтый с красными внутренними лепестками и чёрными зёрнами цветок подсолнечника».