С 1863 Макс Мюллер читал фундаментальный курс «Лекций по науке о языке» в Оксфордском университете. В 1866 году этот труд был опубликован в журнале А. А. Хованского «Филологические записки», в 1868 книга вышла в Воронеже отдельным оттиском. Редактор лично принимал участие в переводе сборника. В 1871 году в «Филологических записках» была опубликована лекция «Наслоение языка», прочитанная автором в Кембриджском университете в мае 1868 года.
В 1870 году Макс Мюллер предложил использование сравнительного метода в религиоведении. Он рассмотрел развитие религии по аналогии с развитием языка и мышления, отмечая их генетическую связь, подтверждая выводы значительным историческим материалом. Это позволило выделить три языковых и религиозных центра развития: арийский, семитский и туранский. Сопоставление священных текстов разных религий обнаружило и дало возможность исследовать то общее, что присуще специфике религии в целом как социокультурному феномену. Своеобразным итогом его работы в сравнительном религиоведении стал афоризм, выражающий мнение о важности предмета[8][9]:
Кто знает одну религию — не знает ни одной.Макс Мюллер
Макса Мюллера считают одним из основателей науки о религии, а дату прочтения им первой лекции о сравнительном изучении основных религий мира (19 февраля 1870 года) отмечают как день рождения этой науки[10].
Макс Мюллер оставил преподавательскую деятельность в 1875 году, всецело посвятив себя изданию священных книг Востока. В этом ему помогали, в том числе, его ученики, крупные деятели японского буддизма и высшего образования, основоположники японской санскритологии Нандзё Бунъю, Касахара Кэндзю (笠原研寿, 1852—1883) и Такакусу Дзюндзиро (高楠 順次郎, 1866—1945), а также один из ведущих буддологов России Сергей Ольденбург.
Макс Мюллер скончался в Оксфорде в возрасте 76 лет.
Мюллер Фридрих Макс Введение в науку о религии: Четыре лекции, прочитанные в Лондонском Королевском институте в феврале-марте 1870 года. / Пер. с англ., предисловие и комментарии Е. Элбакян. Под общей редакцией А. Н. Красикова — М.: Книжный дом «Университет»: Высшая школа, 2002. — 264 с.
Мюллер Ф. М. Введение в науку о религии: Четыре лекции, прочитанные в Лондонском Королевском институте в феврале-марте 1870 года.