После падения Константинополя (1453 год) и обращения османами в мечеть главного храма империи — Святой Софии, а потом храма Апостолов и затем храма Богородицы Паммакаристы, куда переносилась патриаршая кафедра, центром православной жизни города к концу XVI веке стал район Фенер (Фанар). В 1601 году[1] Патриарх Матфей II избрал своей кафедрой вместо храма св. Димитрия у Деревянных ворот (ныне тур.Aya Dimitri Rum Ortodoks Kilisesi, Kırk Ambar Sok. No. 12, Ayvansaray) храм Святого Георгия, бывший до того женским монастырём. С тех пор храм многократно реконструировался и реставрировался — так, что от его прежнего вида почти ничего не осталось.
При патриархе Тимофее II в 1614 году собор реконструировали и расширили. При Каллинике II вновь проведена реконструкция. В 1720 году в соборе произошёл сильный пожар, после чего он был восстановлен патриархом Иеремией III. Новый крупный пожар в 1738 году нанёс серьёзный ущерб церкви. Только в 1797 году патриарх Григорий V начал реставрацию, в результате которой церковь приобрела свой нынешний вид. Патриарх Григорий VI (1835—1840) внёс новые изменения в здание храма и увеличил его высоту. Последняя крупная реконструкция была проведена патриархом Иоакимом III.
В 1941 году здания патриархии вблизи храма были уничтожены пожаром и по политическим причинам не восстанавливались до середины 1980-х. Во второй половине 1980-х при патриархе Димитрии был сооружён новый комплекс административных зданий, а в начале 1990-х, при патриархе Варфоломее, произведён ремонт и благоукрашение храма — в значительной мере на средства греческого промышленника Панайотиса Ангелопулоса[1][2].
Среди особо почитаемых икон — образ «Панагия Фанеромени» в сребро-позлащённой ризе из России у северной стены и мозаичная «Панагия Паммакаристос» у южной, происходящая из бывшего храма Богородицы Паммакаристы.
↑Память в Константинопольской церкви — 11 июля и 16 сентября. Серебряная рака мощей святой Евфимии Всехвальной прислана из России «От благочестивых русских жертвователей в дар Вселенской патриархии 1904»; надпись в нижнем левом углу лицевой стороны раки гласит: «По благословенію Высокопреосвященнаго Антонія Митрополита С-Петербургскаго».