В 1992 году Ленинградское отделение Института истории СССР АН СССР преобразовано в Санкт-Петербургский филиал Института российской истории РАН.
В 2000 году Президиум РАН постановил выделить Санкт-Петербургский филиал из состава Института российской истории и создать на его базе Санкт-Петербургский институт истории РАН (СПбИИ РАН).
При институте также действуют Санкт-Петербургское отделение Археографической комиссии РАН, Санкт-Петербургское отделение Научного совета РАН по историографии и источниковедению, Северо-Западное отделение Научного совета РАН «История социальных реформ, движений и революций» и городская Византийская группа.
Архив СПбИИ РАН возник как преемник собраний Археографической комиссии, образованной в 1837 г. К 1917 г. рукописные материалы Археографической комиссии составили 92 фонда и коллекции, насчитывавшие свыше 64 тысяч единиц хранения. В январе 1922 г. Археографическая комиссия вошла в состав Академии наук. Её фонды и коллекции пополнились национализированными архивами монастырей и частных собраний и рядом фондов, переданных из других архивов.
Существенной частью архива является коллекция знаменитого собирателя русских и западноевропейских актов, рукописных книг, автографов и печатей академика Н. П. Лихачёва, которая насчитывает 12 340 единиц хранения, в числе которых свыше 700 старинных рукописных книг, а 122 книги относятся к древнейшим памятникам русского рукописного книжного искусства на пергамене и на бумаге XIII—XVI веков.
Архив СПбИИ РАН состоит из русской и западноевропейской секций. В 311 коллекциях и фондах русской секции содержится свыше 164 тыс. единиц хранения, охватывающих период с XIII по XX века. Среди 191 фонда секции монастырские архивы, в том числе Валдайского Иверского и Успенского Тихвинского монастырей, семейные архивы Воронцовых, Демидовых и Кашкиных, фонды Астраханской приказной палаты и Якутской воеводской избы, походных канцелярий А. Д. Меншикова и Б. П. Шереметева, документы по истории Украины XV—XVIII веков, в том числе «кошевого» архива Запорожской Сечи XVII века, рукописи В. Н. Татищева и А. Н. Радищева, личные фонды петербургских историков Н. П. Павлова-Сильванского, А. Е. Преснякова, Б. А. Романова, А. В. Предтеченского, Я. С. Лурье. Переданные в архив личные собрания хранятся в 120 особых коллекциях, крупнейшая и ценнейшая из которых — русская часть собрания Н. П. Лихачёва, включающая среди более чем 700 древнерусских рукописей списки летописей, судебников, степенных и разрядных книг, духовной литературы, а также более 11 тысяч дел актового материала, в том числе древнерусские грамоты и коллекцию дворянских патентов. Особая её часть — собрание автографов деятелей русской истории и культуры, а также работавших в России иностранных учёных.
Большая часть западноевропейской секции, охватывающей период с VII по XX века, также происходит из собрания Н. П. Лихачёва, чья западноевропейская часть насчитывает около 80 фондов и свыше 24 тыс. единиц хранения. Кроме того, секция хранит документы из собрания Археологического института в Константинополе, трофейную Бранденбургскую коллекцию, личные фонды петербургских историков античности и западноевропейской истории. Древнейший предмет собрания — печать папы Бонифация V начала VII века. Наибольшее количество документов западноевропейской секции архива связано с историей Италии — свыше 10 тыс. единиц хранения. Самый древний итальянский документ датируется 907 г. — это дарение Агельтруды, вдовы италийского императора Гвидо Сполетского. Этот документ Е. Ч. Скржинская назвала самым древним частным актом, имеющимся в России, а, может быть, и в Европе. В архиве содержатся актовые документы более чем 50 итальянских городов с 907 по 1857 гг., письма представителей семейств д'Эсте, Гонзага, Висконти, Медичи, Пикколомини, Сфорца, гуманиста Лоренцо Валлы. После Италии самым большим количеством документов представлены Франция и Германия (документы IX—XX веков, в том числе диплом императора Оттона I 969 года, императорские, королевские и частые акты, автографы деятелей политики, науки и культуры). Менее многочисленны, но чрезвычайно ценны и материалы по истории других стран, среди которых собрание около 600 папских булл, старейшая из которых издана в 1053 году.
↑Панеях В. М.Ликвидация Ленинградского отделения Института истории АН СССР в 1953 г. // Россия в XX веке: судьбы исторической науки: сборник статей / под общ. ред. А. Н. Сахарова. — М.: Наука, 1996. — С. 686—696. — ISBN 5-02-009769-1.
↑Об институте(рус.). СПбИИРАН (24 июня 2006). Дата обращения: 25 января 2023.