Промежуточный реестр морских и неморских родов

Промежуточный реестр морских и неморских родов (англ. Interim Register of Marine and Nonmarine Genera, IRMNG) — таксономическая база данных, охватывающая опубликованные названия родов для всех доменов жизни (включая также подроды в зоологии), начиная с 1758 года в зоологии (1753 года в ботанике) и до настоящего времени, организованные в единую, внутренне согласованную таксономическую иерархию для поддержки инициатив в области информатики биоразнообразия и пользователей таксономической информации. Помимо более чем 500 000 опубликованных названий родов по состоянию на июль 2024 года (включая подродовые названия в зоологии), база данных содержит более 1,7 миллиона названий видов (1,3 миллиона из которых отмечены как «принятые»), хотя этот компонент данных поддерживается не так актуально и полно, как данные на уровне рода. IRMNG доступен для онлайн-запросов к последней версии набора данных, а также предоставляется в виде периодических снимков или дампов данных для импорта/загрузки в другие системы по желанию. База данных была создана в 2006 году в подразделении CSIRO по морским и атмосферным исследованиям в Австралии и с 2016 года размещается во Фламандском морском институте (VLIZ) в Бельгии.

Общие сведения
Interim Register of Marine and Nonmarine Genera
URL irmng.org
Коммерческий Нет
Тип сайта Таксономическая база данных для (в основном) родов и более высоких таксономических рангов
Язык (-и) английский
Владелец Фламандский морской институт (VLIZ)
Начало работы 2006

Описание

undefined
undefined

IRMNG содержит только научные названия родов (а также зоологических подродов, см. ниже), подмножество видов и основные высшие ранги большинства растений, животных и других царств, как современных, так и вымерших, в рамках стандартизированной таксономической иерархии, с сопутствующей машиночитаемой информацией о среде обитания (например, морская/неморская) и статусе современный/ископаемый для большинства записей[1]. База данных стремится обеспечить полное покрытие как принятых, так и непринятых названий родов для всех царств, при этом только часть названий видов включена в качестве второстепенной задачи. Названия в IRMNG регулируются Международным кодексом зоологической номенклатуры для зоологии (охватывает животных, зоологических простейших и следовые окаменелости, относящиеся к деятельности животных), Международным кодексом номенклатуры водорослей, грибов и растений (ICN или ICNafp) для ботаники, включая эти группы, Международный кодекс номенклатуры прокариот для бактерий и архей, а также Международный комитет по таксономии вирусов для этой группы[2].

В выпуске за июль 2024 года IRMNG содержал 508 851 название рода, из которых 240 625 были отмечены как «принятые», 123 117 — как «непринятые», 23 192 — со статусом «другое» (то есть временно неопубликованные, nomen dubium, nomen nudum, taxon inquirendum или временное название), и 121 917 — как «неопределённые» (на данный момент не оценены с точки зрения таксономического статуса)[3]. Данные поступают из различных (часто доменно-специфических) печатных, онлайн- и баз данных, включая, среди прочего, Nomenclator Zoologicus для животных и Index Nominum Genericorum для растений, и реорганизуются в единую структуру данных для поддержки различных онлайн-запросов, генерации индивидуальных страниц таксонов и массовой передачи данных другим проектам в области информатики биоразнообразия. Содержимое IRMNG можно свободно просматривать и запрашивать через веб-интерфейс, а файлы для скачивания данных вплоть до таксономического ранга рода на определённые даты доступны в формате Darwin Core Archive (DwC-A). Данные включают омонимы (с указанием авторов), включая как доступные (валидно опубликованные), так и отдельные недоступные названия[4].

Поскольку в зоологии (только) названия подродов включаются наряду с родами в «группу рода» и согласно «принципу координации» считаются опубликованными одновременно на обоих рангах, даже если это явно не указано в момент первоначальной публикации[5], они включаются как доступные родовые названия в компиляцию IRMNG, но помечаются как «непринятые названия» (в настоящее время не используемые как принятое название рода), за исключением случаев, когда они используются как принятое название рода. В отличие от этого, ботанический кодекс (ICN), охватывающий водоросли, грибы и растения, не содержит такого положения, поэтому подроды, опубликованные по этому кодексу, не включаются в IRMNG, за исключением случаев, когда они были явно повышены до ботанических родов, в этом случае считается, что создано новое «название» с указанием авторства в виде оригинального автора(ов) подрода в скобках, за которым следует имя автора(ов), ответственного за новый статус[6].

Оценки по «принятым названиям» на май 2023 года по царствам, согласно методологии Rees et al., 2020 (обновлено по данным 2023 года):

undefined
  • Animalia: 189 287 принятых названий родов плюс условные 50 % из 104 583 «неопределённых» названий: оценочно всего 241 578 принятых родов
  • Plantae: 25 394 принятых названий родов плюс условные 50 % из 13 838 «неопределённых» названий: оценочно всего 32 313 принятых родов
  • Fungi: 10 702 принятых названий родов плюс условные 50 % из 358 «неопределённых» названий: оценочно всего 10 881 принятый род
  • Chromista: 9 912 принятых названий родов плюс условные 50 % из 2 379 «неопределённых» названий: оценочно всего 11 102 принятых рода
  • Protozoa: 999 принятых названий родов плюс условные 50 % из 2 164 «неопределённых» названий: оценочно всего 2 081 принятый род
  • Bacteria: 3 337 принятых названий родов плюс условные 50 % из 223 «неопределённых» названий: оценочно всего 3 393 принятых рода
  • Archaea: 140 принятых названий родов (нет «неопределённых» родов)
  • Viruses: 851 принятое название рода (нет «неопределённых» родов)

Местоположение и размещение базы данных

IRMNG был инициирован и разработан австралийским биологом и менеджером данных Тони Рисом в 2006 году[1][7]. За работу над этим и другими проектами GBIF присудила ему премию Ebbe Nielsen Prize в 2014 году[7]. С 2006 по 2014 год IRMNG размещался в CSIRO по морским и атмосферным исследованиям, а в период с 2014 по 2016 год был перенесён во Фламандский морской институт (VLIZ); с 2016 года все выпуски доступны через новый сайт www.irmng.org, размещённый на VLIZ[1][8]. VLIZ также размещает Всемирный реестр морских видов (WoRMS), используя общую инфраструктуру[9].

Использование IRMNG

Данные IRMNG используются рядом глобальных проектов в области информатики биоразнообразия, включая Open Tree of Life[10], GBIF[11], и EOL[12], а также другими, включая Atlas of Living Australia[13] и Global Names Resolver архитектуры Global Names (GNA)[14]. С 2018 года данные IRMNG также используются для заполнения таксономической иерархии и предоставления родовых названий для ряда таксонов в областях простейших (царства Protozoa и Chromista) и водорослей растений (Charophyta, Chlorophyta, Glaucophyta и Rhodophyta) в Каталоге жизни[15].

Примечания

  1. 1 2 3 IRMNG - Interim Register of Marine and Nonmarine Genera. IRMNG. Дата обращения: 23 мая 2019.
  2. Rees, Tony, Vandepitte, Leen, Decock, Wim, Vanhoorne, Bart (2017). “IRMNG 2006–2016: 10 лет глобальной таксономической базы данных”. Biodiversity Informatics. 12: 1—44. DOI:10.17161/bi.v12i0.6522.
  3. IRMNG - Download. IRMNG. Дата обращения: 3 февраля 2025.
  4. IRMNG: Homonyms. IRMNG. Дата обращения: 10 декабря 2018.
  5. См. ICZN, 1999, "The Code Online", соответствующие разделы: Статья 42: Группа рода и Статья 43: Принцип координации
  6. Например, Шустер в 1963 году создал ботанический подрод Acantholejeunea в составе рода Drepanolejeunea, а затем повысил его до ранга рода в 1967 году, после чего его название стало Acantholejeunea (R.M. Schuster) R.M. Schuster, 1967, и оно стало подходящим для включения в IRMNG. Следуя трактовке этого таксона в базе данных "Tropicos", IRMNG в настоящее время рассматривает это название рода как синоним Ceratolejeunea, см. текущая страница таксона IRMNG для Acantholejeunea.
  7. 1 2 CSIRO's Tony Rees named 2014 Ebbe Nielsen Prize winner. GBIF. Дата обращения: 10 декабря 2018.
  8. The Interim Register for Marine and Nonmarine Genera (IRMNG) will move from CSIRO to VLIZ (англ.). marinespecies.org. Дата обращения: 10 декабря 2018.
  9. Interim Register of Marine and Nonmarine Genera (IRMNG). Lifewatch regional portal. LifeWatch. Дата обращения: 10 декабря 2018. Архивировано 11 декабря 2018 года.
  10. Open Tree of Life developers. Taxonomy release ott3.0 - (англ.). Open Tree of Life. Дата обращения: 10 декабря 2018.
  11. The Interim Register of Marine and Nonmarine Genera. GBIF (2018). doi:10.15468/6tkudz. Дата обращения: 10 декабря 2018.
  12. IRMNG. Энциклопедия жизни. Архивировано 1 апреля 2018 года.
  13. Проект Промежуточный реестр морских и неморских родов на сайте GitHub
  14. Global Names Resolver: Names Data Sources. Дата обращения: 18 декабря 2018.
  15. IRMNG. Каталог жизни. Дата обращения: 3 марта 2025.

Литература

Ссылки

идентификатор IRMNG (P5055)

  • irmng.org (англ.) — официальный сайт Промежуточный реестр морских и неморских родов

Категории