АссистентНовый вопросИсторияОбласти знаний
Партнёрские проектыСпецпроектыСтать автором
Сменить язык
О РУВИКИ

Открытое древо жизни

Открытое древо жизни (англ. Open Tree of Life) — это онлайн филогенетическое древо жизни, созданное в результате совместных усилий и финансируемое Национальным научным фондом США[1][2]. Первый вариант, включавший 2,3 миллиона видов, был опубликован в сентябре 2015 года[3].

Интерактивная схема позволяет пользователю увеличивать масштаб таксономических классификаций, просматривать филогенетические деревья и получать информацию о конкретных узлах. Для отдельных видов также отображаются источники и референтная таксономия.

Общие сведения
Open Tree of Life
URL Страница проекта
Тип сайта База данных по биоразнообразию
Регистрация Опционально
Начало работы 2015

Подход

В проекте используется подход «супердерева», при котором единое филогенетическое древо формируется на основе объединения меньших филогенетических деревьев. Это древо[4] генерируется на основе обширной таксономии и совокупности опубликованных филогенетических оценок.

Таксономия представляет собой комбинацию нескольких крупных классификаций, созданных другими проектами; она формируется с помощью программного инструмента под названием «smasher»[5]. Полученная таксономия называется Open Tree Taxonomy (OTT) и доступна для просмотра онлайн[6].

История

Проект был запущен в июне 2012 года благодаря трёхлетнему гранту NSF для исследователей из десяти университетов. В 2015 году исследователи из трёх учреждений получили дополнительный двухлетний грант.

Примечания

  1. ↑ Hinchliff, C. E., Smith, S. A., Allman, J. F., Burleigh, J. G., Chaudhary, R., Coghill, L. M., Crandall, K. A., Deng, J., Drew, B. T., Gazis, R., Gude, K., Hibbett, D. S., Katz, L. A., Laughinghouse, H. D., 4th, McTavish, E. J., Midford, P. E., Owen, C. L., Ree, R. H., Rees, J. A., Soltis, D. E., Williams, T., Cranston, K. A. (2015-10). “Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [англ.]. 112 (41): 12764—9. DOI:10.1073/pnas.1423041112. Проверьте дату в |date= (справка на английском)
  2. ↑ Assembling, Visualizing, and Analyzing the Tree of Life (англ.). National Science Foundation (NSF). Дата обращения: 11 февраля 2016.
  3. ↑ Elizabeth Pennisi. First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species (англ.). Science Magazine (21 сентября 2015). Дата обращения: 24 июня 2020.
  4. ↑ Open Tree of Life developers. Opentree (англ.). Дата обращения: 24 июня 2020.
  5. ↑ Rees, Jonathan A., Cranston, Karen (2017). “Automated assembly of a reference taxonomy for phylogenetic data synthesis”. Biodiversity Data Journal [англ.]. 5 (5): e12581. DOI:10.3897/BDJ.5.e12581.
  6. ↑ Open Tree taxonomy: cellular organisms (англ.). tree.opentreeoflife.org. Дата обращения: 27 июня 2020.

Категории

Treeoflifescreenshot.png