До 1927 года существовал Петрозаводский уезд, включавший в себя город Петрозаводск. До 1920 года в составе Олонецкой губернии. В июне 1920 года была образована Карельская трудовая коммуна, в которую вошла большая часть Петрозаводского уезда — город Петрозаводск и 10 волостей. В июле 1923 года коммуна переименована в Автономную Карельскую ССР. В 1926 году деление Петрозаводского уезда изменилось: город Петрозаводск и 9 волостей.
В июле 1297 года ЦИК Автономной Карельской ССР (КарЦИК) утвердил план нового деления АКССР — вместо 55 волостей создавалось 26 районов. 29 августа 1927 года президиум ВЦИК издал постановление, и с 1 октября 1927 года на территории АКССР все уезды были упразднены, а вместо них образованы 26 районов.[4] Одним из вновь созданных районов был Прионежский район с центром в городе Петрозаводск — в составе Ладвинской и Прионежской волостей полностью и Шуйской волости без Сунского сельсовета.
20 апреля 1930 года вместо Прионежского района образован Петрозаводский район. Но в декабре 1933 года снова был образован Прионежский район. Петрозаводский городской и районный комитет руководил партийной организацией Петрозаводска и Петрозаводского района до 1935 года. В 1935 году был выделен Прионежский сельский районный комитет партии.
С преобразованием в 1940 году республики в Карело-Финскую ССР район остался в прежних границах. В годы Советско-финской войны (1941—1944) территория района была оккупирована. Территория района была освобождена советскими войсками летом 1944 года в ходе Свирско-Петрозаводской операции. С апреле 1946 года администрация района размещалась в посёлке Ладва, ставшим районным центром.
В 1959 году из Прионежского района в административное подчинение Петрозаводскому городскому Совету депутатов трудящихся передан Ялгубский сельсовет и часть Деревянского сельсовета (деревня Ужесельга, разъезд Онежский Кировской ж.д.).
К началу 1963 года в Карельская АССРбыло 13 административных районов. В январе 1963 года произошла реорганизация — было образовано 10 более крупных районов: 6 промышленных и 4 сельских.[5] С 1 февраля 1963 года название изменили на Прионежский сельский район, а административное управление было переведено в Петрозаводск. Из подчинённой Петрозаводскому горсовету территории переданы в Прионежский сельский район пгт. Шуя и сельсоветы Виданский и Ялгубский (переименованный в Заозерский).
Через 2 года, в 1965 году, вернули прежнее название — Прионежский район.
20 января 1994 года из состава района выделена Вепсская национальная волость, образованная в границах бывшего Шёлтозерского района.
В ходе муниципальной реформы с 1 января 2006 года получил статус муниципального района; Вепсская национальная волость включена в состав района как 3 сельских поселения: Шокшинское вепсское, Шёлтозерское вепсское и Рыборецкое вепсское[6].
Общая площадь транспортных путей (железные дороги и автодороги с твёрдым покрытием) около 650 км.
Пригородное и междугородное автобусное сообщение организовано из Петрозаводска (регулярные рейсы на станцию Шуйскую, гарнизон Бесовец, Вилгу, поселок Деревянка, Машезеро, Шапшезеро, Шёлтозеро, Кварцитный, Ладва-Ветку, Другую Реку).
Герб Прионежского района[34][35] (принят на сессии Прионежского районного совета 24 мая2001 года) представляет собой в зелёном щите по центру, на фоне солнца в виде золотого полукруга — силуэт стоящего лося с поднятой головой чёрного цвета. С правой стороны к солнцу примыкает стилизованная ель, стоящая на вершине скалы, с левой стороны — керамический горшок с восходящим из него колосом, огибающим край солнца. Все эти элементы герба золотые. Щит обрамлён национальным орнаментом зелёного цвета на сужающихся книзу золотых полях. Щит увенчан двумя стилизованными ветками зелёного цвета и возвышающейся над ними восьмиконечной золотой звездой. В нижней четверти щита три голубые стилизованные волны. На средней волне девиз «Прионежье» золотом.
Мальц Ю. М. Прионежье. — Петрозаводск: «Карелия», 1981. — 190 с.: ил. — (Города и районы Карелии)
Республика Карелия: Информ. справ. пособие / Ред. Е. Г. Немкович, А. С. Кармазин. — Петрозаводск, 1999
Карелия: энциклопедия: в 3 т. / гл. ред. А. Ф. Титов. Т. 2: К — П. — Петрозаводск: ИД «ПетроПресс», 2009. — 464 с.: ил., карт. — С. 427—428 ISBN 978-5-8430-0125-4 (т. 2)
↑Указ Президиума Вреховного Совета Карело-Финской ССР о переносе административного центра района в село Ладва; указ Президиума Верховного Совета РСФСР от 1 февраля 1963 года об образовании промышленных и сельских районов Карельской АССР