У большинства животных пищеварительная система устроена по одинаковому принципу. Желудочно-кишечный тракт представляет собой сплошную трубку, соединяющую ротовое отверстие с анальным, по которой в каудальном направлении перемещаются пищевые массы, которые расщепляются на более мелкие, пригодные к всасыванию частицы.
У разных животных имеются различия в устройстве пищеварительной системы, которые связаны с особенностями питания. У зоофагов, кишечный канал короче, чем у травоядных, желудок устроен проще. У фитофагов — сложный, многокамерный желудок. Количество и типы зубов, виды движений нижней челюсти также различается у разных видов животных, у фитофагов крепление нижней челюсти устроено сложнее и приспособлено не только к вертикальным, но и горизонтальным движениям.
У нормального взрослого человека желудочно-кишечный тракт в среднем около 6,5 метров, но может достигнуть 16 метров в длину. Всё пространство желудочно-кишечного тракта занято микробиотой, — множеством видов микроорганизмов.