В 1942 году многократно летал ведомым у командира эскадрильи — будущего дважды Героя Советского Союзаглавного маршала авиацииП. С. Кутахова. Участник знаменитого воздушного боя, проведённого 15 июня 1942 года шестёркой истребителей под командованием капитана Ивана Бочкова с 30-ю вражескими самолётами. В этом бою было уничтожено 9 самолётов противника без потерь со своей стороны, в том числе И. Д. Гайдаенко лично сбил 1 самолёт.
В воздушном бою 16 мая 1942 года был сбит, совершив вынужденную посадку. В конце 1942 был сбит вторично, при посадке на лес повредил позвоночник. Долго лечился в госпиталях, затем по состоянию здоровья надолго был отстранён от боевой работы. В это время занимался подготовкой молодых лётчиков в полку, а также дважды совершал перегоны «Аэрокобр» из Красноярска на фронт.
С лета 1970 года — начальник ГК НИИ ВВС в городе Ахтубинске. Предложил и провёл реорганизацию института. В 1973 году при его активном участии была создана школа летчиков-испытателей ГК НИИ ВВС, позднее — Центр подготовки лётчиков-испытателей и лётных испытаний. Лётчик-испытатель 1-го класса (1961). Кандидат военных наук.
С апреля 1978 года — заместитель начальника Главного штаба ВВС по лётной службе. С апреля 1987 — в отставке. За период военной службы освоил 60 типов самолётов.
С 2013 года работал главным инспектором в районном военкомате Москвы, стоял у истоков создания районного юнармейского отряда[4]. Жил в посёлке ВалентиновкаМосковской области. Занимался общественной работой, состоял в Совете ветеранов Карельского фронта.
Он умный, простой в обращении, общительный и дружелюбный человек, хотя и с хитрецой, что называется себе на уме. Мне импонировало и то, что он почти совершенно не пил. Он частенько говорил: «Почему у нас нельзя просто зайти в гости, выпить чаю и поговорить? Почему нужно обязательно ставить бутылку на стол?» … Гайдаенко, в отличие от Финогенова, интересовался техникой, старался вникнуть в суть проводимых работ, хотя инженерного образования не имел. В целом мне с ним работать было лучше, так как он не был формалистом, … разбирался в технике, понимал лётное дело и сам летал. … Иван Дмитриевич всегда был активен и полон идей.
— Микоян С.А. Мы — дети войны. Воспоминания военного летчика-испытателя. — М.: Яуза, Эксмо, 2006. — 576 с. — (Война и мы. Солдатские дневники). Тираж 4000 экз. ISBN 5–699–18874–6
↑Согласно наградному листу на награждение орденом Отечественной войны 1-й степени (июнь 1942 года). В то же время согласно наградному листу на награждение орденом Красного Знамени (ноябрь 1944 года), эти боевые вылеты выполнил в составе 118-й отдельной разведывательной эскадрильи. Со слов самого И. Д. Гайдаенко (рассказ на сайте «Я помню»), начало войны он встретил в составе разведывательной эскадрильи, которая была переброшена на Север и вошла в состав бомбардировочного полка. Когда официально эскадрилья была включена в состав полка — не выяснено, отсюда такие разные сведения.
↑И. Д. Гайдаенко так объяснял соотношение личных и групповых побед: «У нас в полку был принцип, которого в других полках не было. Если на задание вылетала группа и сбивала самолёт, то эту победу писали всем летчикам группы. Потому, посмотри: у меня записано в группе 26 сбитых самолётов, а лично сбитых — только четыре. Понимаешь? Мы за личными счетами не гнались. Важно не записать себе сбитый самолёт, а сохранить группу, своих летчиков. … Это было абсолютно правильно. Да, конечно, получалось, что счета у всех летчиков большие, а сбили, в общем-то, немного. Если суммировать всех летчиков, то получается огромная цифра. Так нельзя. Мы всё считали точно и честно, не старались обмануть кого-то. Запись сбитых всей группе — это была защита дружеских отношений, духа коллективизма, чтобы летчики не рвались геройствовать поодиночке, стремясь награды заработать» (Цитата по рассказу И. Д. Гайдаенко на сайте «Я помню»). Его слова подтверждаются показателями воздушных побед и других лётчиков этого полка: Кутахов П. С. — 14 лично и 28 в группе, Бочков И. В. — 7 лично и 32 в группе, Миронов В. П. — 10 лично и 15 в группе, Гальченко Л. А. — 13 лично и 10 в группе, Кривошеев Е. А. — 5 лично и 15 в группе, Мироненко В. С. — 4 лично и 16 в группе, Новожилов А. Е. — 1 лично и 19 в группе.
↑Анохин В. А. Быков М. Ю. Все истребительные авиаполки Сталина. Первая полная энциклопедия. — Научно-популярное. — Москва: Яуза-пресс, 2014. — 944 с. — 1500 экз. — ISBN 978-5-9955-0707-9
↑Коллектив авторов. История командного факультета Военно-Воздушной академии имени Ю. А. Гагарина / В.Е. Зенков. — Москва: ЗАО СП «Контакт РЛ», 2007 год. — С. 245. — 368 с. — ISBN 5-902908-02-7.