Биосинтез гема

Биосинтез гема — метаболический многоступенчатый процесс образования молекул гема из его предшественников. Гем представляет собой плоский железосодержащий макроциклический комплекс, основу которого составляет четыре пиррольных кольца (тетрапиррол), объединённые между собой метениловыми мостиками (=СH-) и координированные двухвалентным железом (Fe2+). Гем имеет несколько типов, они отличаются как структурно, так и функционально. Но наиболее распространённым типом гема, является — гем Б[1].

Для позвоночных и некоторых видов прокариот (α-протеобактерий) биосинтез гема физиологически важный процесс, так как гем включается в состав многих белков и ферментов (в качестве простетической группы), которые участвуют в газообмене и переносе кислорода (гемоглобин — в эритроцитах и миоглобин — в мышцах), катализе, окислительном фосфорилировании, биотрансформации метаболитов и ксенобиотиков и защите от патогенов (каталаза, пероксидаза, цитохромы, NO-cинтаза, циклооксигеназы, миелопероксидаза и т.д.)[2][3]. Реакции синтеза гема у позвоночных протекает, как в митохондриях, так и цитозоле клеток, у прокариот только в цитозоле. Практически все клетки тела позвоночных, включая и человека (кроме зрелых эритроцитов), способны синтезировать гем, однако, интенсивно этот процесс наблюдается в клетках эритропоэтической ткани красного костного мозга (проэритробластах, эритробластах, ретикулоцитах) и гепатоцитах печени.

Реакции

Синтез гема включает в себя 8 последовательных реакций, протекающие как в митохондриях (1, 6, 7 и 8-я реакции), так и в цитозоле (2, 3, 4 и 5 реакции). Начало и конец синтеза локализованы в одном компартменте — митохондрии, что позволяет эффективнее регулировать данный процесс.

Путь биосинтеза гема Б и его модуляторы. Также показаны основные дефициты ферментов.

Синтез аминолевулината

Первая реакция в синтезе молекул гема начинается в матриксе митохондрии. Глицин и сукцинил-КоА являются главными предшественниками в образовании гема. Под действием фермента АЛК-синтазы (КФ 2.3.1.37) происходит конденсация глицина с сукцинил-КоА, в результате которой образуется аминолевулинат (АЛК), углекислый газ и кофермент А. Схема реакции:

сукцинил-КоА + глицин δ-аминолевулиновая кислота + КоА + CO2.
Синтез АЛК.

В качестве кофермента используется молекула пиридоксаль-5'-фосфата (PLP).

Данная реакция является ключевой в синтезе гема и протекает достаточно медленно по отношению к последующим (скоростьлимитирующая). Реакция регулируется аллостерически гемом, также он влияет на транскрипцию АЛК-синтазы, прекращая её синтез. Свободные ионы двухвалентного железа (Fe2+) положительно влияют на синтез АЛК-синтазы. Барбитураты усиливают индукцию АЛК-синтазы в гепатоцитах, а гемин и глюкоза аллостерически ингибируют[4]. Образовавшийся в ходе реакции аминолевулинат из матрикса митохондрии поступает в цитозоль.

Конденсация аминолевулината в порфобилиноген

Вторая реакция в процессе синтеза гема характеризуется несимметричной конденсацией двух молекул аминолевулината (АЛК) и одновременно с этим происходящая циклизация, с образованием молекулы порфобилиногена. Реакцию катализирует фермент порфобилиногенсинтаза или АЛК-дегидратаза (КФ 4.2.1.24) по следующему уравнению:

File:Porphobilinogen-synthesis-from-ALA.png
2 5-аминолевулинат порфобилиноген + 2 H2O.

Эта реакция является первой общей стадией биосинтеза всех природных тетрапирролов. Фермент в качестве кофактора использует ионы цинка Zn2+, они поддерживают активность.

Образование гидроксиметилбилана

В третьей реакции синтеза гема происходит конденсация четырёх молекул порфобилиногена и одновременно с этим дезаминирование, которые приводят к образованию линейного тетрапиррола — гидроксиметилбилана и аммиака. Фермент, катализирующий данную реакцию — гидроксиметилбилансинтаза или порфобилиноген дезаминаза (КФ 2.5.1.61). Схема реакции:

4 порфобилиноген + H2O гидроксиметилбилан + 4 NH3
Overall reaction of PB deaminase

Циклизация гидроксиметилбилана в уропорфириноген III

Четвёртая реакция синтеза гема протекает в цитозоле клеток. На этой стадии под действием фермента уропорфириноген III синтазы (КФ 4.2.1.75), линейные молекулы гидроксиметилбилана подвергаются циклизации в уропорфириноген III. При катализе происходит инверсия конечного пиррольного звена (кольцо D) линейной молекулы гидроксиметилбилана, связывая его с первым пиррольным звеном (кольцо А), тем самым образуя крупную макроциклическую структуру, уропорфириноген III[5].

Biosynthesis of Uroporphyrinogen-III from pre-uroporphyrinogen

При сниженной активности или дефицита фермента уропорфириноген III синтазы наблюдается образование уропорфириногена I (неферментативно), который обнаруживается в моче и может накапливаться в клетках кожи, где окислятся под действием солнечного света до фототоксичного уропорфирина I. Заболевание, при котором наблюдается дефицит УПГ-III-синтазы называется врождённая эритропоэтическая порфирия или болезнь Гюнтера[6].

Образование копропорфириногена III

В пятой реакции синтеза гема молекулы уропорфириногена III декарбоксилируются с образованием копропорфириногена III. Реакцию катализирует фермент — уропорфириноген III декарбоксилаза (КФ 4.1.1.37). Схема реакции:

уропорфириноген III копропорфириноген III + 4 CO2.
Uroporphyrinogen-decarboxylase.svg

Реакция протекает в цитозоле, образовавшийся копропорфириноген III далее поступает в матрикс митохондрии, где происходит его дальнейшее преобразование в протопорфириноген IX.

Превращения копропорфириногена III в протопорфириноген IX

Шестая реакция синтеза гема протекает в матриксе митохондрии. На этой стадии копропорфириноген III поступает из цитозоля в матрикс митохондрии, где происходит его преобразование в протопорфириноген IX, под действием фермента копропорфириноген III оксидазы (КФ 1.3.3.3) Схема реакции:

Proptoporphyrinogen IX synthesis from coproporphyrinogen III

Окисление протопорфириногена IX в протопорфирин IX

Седьмая реакция синтеза гема, в которой происходит образование молекул протопорфирина IX, путём окисления протопорфориногена IX, под действием фермента протопорфириноген IX оксидазы (КФ 1.3.3.4)[7]. Реакция протекает в митохондриальном матриксе. Схема реакции:

protoporphyrin IX synthesis from protoporphyrinogen-IX

Протопорфирин IX является первым окрашенным тетрапирролом в синтезе гема.

Образование гема из протопорфирина IX

Последняя реакция, которая завершает многостадийный процесс синтеза гема. В данной реакции происходит внедрение ионов железа (металлирование) внутрь плоского макроцикла протопорфирина IX. Катализирует реакцию фермент феррохелатаза (КФ 4.98.1.1). Схема реакции:

протогем (гем Б) + 2H+ = протопорфирин IX + Fe+2.
Hemeb-formation.svg

Феррохелатаза очень чувствительна к воздействию ионов тяжёлых металлов (Mn2+, Pb2+, Hg2+ и Cd2+), но в особенности к ионам свинца Pb2+, которые препятствуют высвобождению продукта после металлирования[8].

Регуляция

Клиническое значение

Примечания

  1. Ogun, Aminat S.; Joy, Neena V. & Valentine, Menogh (2022), Biochemistry, Heme Synthesis, Treasure Island (FL): StatPearls Publishing, PMID 30726014, <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK537329/>. Проверено 3 января 2023. 
  2. Paoli, M. (2002). “Structure-function relationships in heme-proteins” (PDF). DNA Cell Biol. 21 (4): 271—280. DOI:10.1089/104454902753759690. HDL:20.500.11820/67200894-eb9f-47a2-9542-02877d41fdd7. PMID 12042067. S2CID 12806393. Архивировано из оригинала (PDF) 2018-07-24. Используется устаревший параметр |url-status= (справка)
  3. Alderton, W.K. (2001). “Nitric oxide synthases: structure, function and inhibition”. Biochem. J. 357 (3): 593—615. DOI:10.1042/bj3570593. PMC 1221991. PMID 11463332.
  4. Doss M, Sixel-Dietrich F, Verspohl F (1985). "Glucose effect" and rate limiting function of uroporphyrinogen synthase on porphyrin metabolism in hepatocyte culture: relationship with human acute hepatic porphyrias” (PDF). J Clin Chem Clin Biochem. 23 (9): 505—13. DOI:10.1515/cclm.1985.23.9.505. PMID 4067519.
  5. Raux E, Schubert HL, Warren MJ (December 2000). “Biosynthesis of cobalamin (vitamin B12): a bacterial conundrum”. Cell. Mol. Life Sci. 57 (13—14): 1880—93. DOI:10.1007/PL00000670. PMID 11215515. S2CID 583311.
  6. To-Figueras J, Badenas C, Mascaro JM, Madrigal I, Merino A, Bastida P, Lecha M, Herrero C (2007). “Study of the genotype-phenotype relationship in four cases of congenital erythropoietic porphyria”. Blood Cells Mol. Dis. 38 (3): 242—6. DOI:10.1016/j.bcmd.2006.12.001. PMID 17270473.
  7. Paul R. Ortiz de Montellano (2008), Hemes in Biology, Wiley Encyclopedia of Chemical Biology, John Wiley & Sons, ISBN 978-0470048672, DOI 10.1002/9780470048672.wecb221. 
  8. Medlock, Amy E.; Carter, Michael; Dailey, Tamara A.; Dailey, Harry A.; Lanzilotta, William N. (October 2009). “Product Release Rather than Chelation Determines Metal Specificity for Ferrochelatase”. Journal of Molecular Biology. 393 (2): 308—319. DOI:10.1016/j.jmb.2009.08.042. PMC 2771925. PMID 19703464.

Категории