По окончании восьми классов поступил в Пермское речное училище, которое окончил по специальности техник водных путей. Работал в Уфимском речном порту сменным помощником электромеханика — помощником командира земснаряда «Портовый 8».
В 1979—1981 годах служил в рядах Советской армии, затем, в 1982—1989 годах — в органах МВД, ГУВД Леноблгорисполкома.
В 1991 году в день памяти Святителя Григория Паламы, архиепископа Солунского, который приходится на второй воскресный день Великого поста, рукоположен в диакона — диаконская хиротония.
С 2005 года председатель отдела по взаимодействию с Вооружёнными силами и правоохранительными учреждениями и епархиальный благочинный Военного благочиннического округа.
22 апреля 2013 года по благословению митрополита Санкт-Петербургского и Ладожского Владимира в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры епископом Кронштадтским Назарием (Лавриненко) протоиерей Александр Ганьжин был пострижен в монашество с наречением имени Алексий в честь святого благоверного князя Александра Невского, в схиме Алексия[3].
12 апреля 2014 года в Казанском кафедральном соборе митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Варсонофием иеромонах Алексий был возведён в сан архимандрита[4].
30 мая 2014 года решением Священного синода назначен заместителем председателя Синодального отдела по взаимодействию с Вооружёнными силами и правоохранительными органами[6].
С 5 января 2015 года также благочинный Кронштадтского округа Санкт-Петербургской епархии. (по совместительству — благочинный храмов военного округа) [источник?].
Член Общественного совета Федеральной службы исполнения наказания России; председатель Общественного совета ГУФСИН (Санкт-Петербург и Ленинградская область)[8], член Общественного совета ГУВД (Санкт-Петербург и Ленинградская область); член подкомиссии Общественной палаты по общественному контролю за деятельностью правоохранительных органов, силовых структур и реформированию судебно-правовой системы (Санкт-Петербург). Член Епархиального совета Санкт-Петербургской епархии, председателем отдела по взаимодействию с Вооружёнными силами и правоохранительными учреждениями, благочинный Военного благочиннического округа Санкт-Петербургской епархии Московского патриархата, а также духовник представительства Всевеликого войска Донского в городе Санкт-Петербурге.
23 января 2023 года внесён в санкционный список Украины[9].
Благословенная патриаршая грамота от патриарха Московского и всея Руси — 2004.
Патриаршая грамота от патриарха Московского и всея Руси (2017; «во внимание к усердным трудам на благо Святой Церкви и в связи с 25-летием служения в сане пресвитера»[16].
Патриаршая грамота от патриарха Московского и всея Руси — 2022; «Во внимание к усердным трудам на благо Святой Церкви и в связи с 30-летием служения в сане пресвитера»[17].
Медаль Святого Первоверховного Апостола Петра (Санкт-Петербургская епархия) (серебряная) — 2008.
Медаль Святого Первоверховного Апостола Петра (Санкт-Петербургская епархия) I степени.
Медаль Святого Апостола и евангелиста Иоанна Богослова (Санкт-Петербургская духовная академия) III степени — 2015.
Медаль «В честь 500-летия Успенского собора Тихвинского Успенского Богородичного мужского монастыря (1515—2015)» № 144 (Тихвинская епархия) 9 июля 2019 года[18].
Медаль Преподобного Серафима Вырицкого «За жертвенные труды» I степени (Гатчинская епархия) 12 сентября 2020 года[18].
Благодарственное письмо Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации. «За многолетнее служение Отечеству и большой вклад в патриотическое воспитание» 10.12.2024
Медаль «За участие в главном военно-морском параде» (Главнокомандующий ВМФ) — 2017.
Нагрудные и памятные знаки: «За честь и достоинство в службе Отечеству» (ФАПСИ России); «Почётный сотрудник ФСО России»; Знак Спецсвязи ФСО России «Участнику боевых действий»; «75 лет правительственной связи»; «За отличие в службе» I степени (ВВ МВД России); «За отличие в службе» (ВВ МВД России); «За отличие в службе» II степени (ВВ МВД России); «За дальний поход» (МО РФ); «За службу на Кавказе» (Командование Северо-Кавказским ВО); «За содействие ГУВД по С-Пб и Лен. обл.»; «54 корпус ПВО»; «Тихоокеанскому флоту 275 лет»; «70 лет Северному Флоту».
Памятная медаль «Участнику специальной военной операции» (Росгвардия, 2023).
Медаль «За службу в надводных силах» (Министерство обороны России, 2023).
Медаль «За участие в главном военно-морском параде» (Министерство обороны России, 2023).
Медаль «За веру и служение Отечеству» (Министерство обороны России) — 2023.
Медаль «Участнику специальной военной операции» (Министерство обороны России, 2024)[22].
Медаль «За вклад в Победу» Специальная Военная Операция РОД «Хранители России» /ЕПНКЦ/ (2024)[22].
Общественные и другие награды
Знак отличия «За верность долгу» (администрация Красносельского района Санкт-Петербурга).
Орден Святой Анны III степени (Российский императорский дом) — 2011.
Императорская медаль «В память Великой войны 1914—1918 гг.» (Российский императорский дом) — 2015.
Орден «За Веру, Дон и Отечество» III степени (атаман Всевеликого войска Донского) — 2011.
Орден «Святого князя Александра Невского» II степени (Национальный комитет общественных наград).
Медали: «За службу на Северном Кавказе» (Союз десантников России); «За ратную доблесть» (Всероссийское общественное движение ветеранов локальных войн и военных конфликтов); «300 лет Санкт-Петербургскому Военно-Морскому Институту» (Военно-морской институт, Санкт-Петербург); Адмирала М. П. Лазарева (СПб морское собрание); «90 лет со дня рождения Ю. В. Андропова»; «85 лет ВЧК-КГБ-ФСБ»; «90 лет ВЧК-КГБ-ФСБ»; «Воин Евгений — Мученик за Христа»; «Бородино — Воинская Слава России»; «За ратную доблесть» (Ассоциация ветеранов и сотрудников СБ).
Почётные и памятные знаки: «Святой Татьяны» степени «Наставник молодёжи» (СПб Совет ректоров вузов); «Знак почёта» (Совет ветеранов ОВД и ВВ Санкт-Петербурга и Ленобласти); «Защитнику Отечества» (Фонд правоохранительных органов); «Подводному Флоту России 100 лет» (АНО «Церковь и Флот»); «80 лет экспедиции подводных работ особого назначения 1923—2003».
Знак отличия «За заслуги перед Санкт-Петербургом» — 2020
Памятный знак «350 лет Петру Великому» — 2022[23].
Kron Sobor.«Пастыри и воинство». Фильм о деятельности отдела по взаимодействию с вооруженными силами и правоохранительными учреждениями Санкт-Петербургской епархии(рус.). YouTube (16 марта 2015). Дата обращения: 23 июля 2021.
Alexsey Farafonov.Река Иордан. 19-29 апреля 2010 г. Паломническая поездка Председателя Военного Отдела Санкт-Петербургской епархии протоиерея Александра Ганьжина и прихожан Красносельского Свято-Троицкого гарнизонного храма на Святую Землю(рус.). YouTube. Дата обращения: 23 июля 2021.
Юлия Гутова.«Священнику сказать можно»(рус.). «Известия» (28 октября 2008). — Священнику можно рассказать все. С точки зрения сослуживцев это не «стукачество».. Дата обращения: 23 июля 2021. Архивировано 16 мая 2012 года.