Флаг утверждён 27 ноября 2009 года и подлежит внесению в Государственный геральдический регистр Российской Федерации. Положение «О флаге муниципального образования „Заиграевский район“» вступает в силу со дня регистрации флага в Государственном геральдическом регистре Российской Федерации.
Прямоугольное полотнище 1×2, состоящее из трёх горизонтально расположенных разноцветных полос разных размеров: верхней — светло-зелёного цвета, составляющей одну четвертую ширины; средней — белого цвета, составляющей две четверти ширины; нижней — жёлтого цвета, составляющей одну четвертую ширины.
В центре белой полосы расположен герб муниципального образования «Заиграевский район».
Флаг муниципального образования «Заиграевский район», составлен по правилам геральдики и отражает исторические, культурные, социально-экономические, национальные и иные местные традиции и особенности.
В верхней части круга — знак угалза, символизирующий единство народов.
В правой части круга — золотистые колосья, характеризующие развитие сельского хозяйства на территории района.
В левой части круга — зелёная кедровая ветвь с шишками тёмно-коричневого цвета, символ бескрайних лесов.
В центре круга на белом фоне расположены шестерня тёмно-синего цвета, означающая промышленную направленность в развитии экономики района; железная дорога тёмно-синего цвета, определяющая особенность района с развитой сетью железных дорог, горы синего цвета с белым треугольником в центре, символизирующие характерный ландшафт района, а также наличие значительного запаса полезных ископаемых преимущественно известнякового происхождения.
Нижнюю часть круга обрамляет хадак — символ гостеприимства народов Бурятии, в центральной её части — в виде национального флага Республики Бурятия. На его фоне расположена надпись «Заиграевский район».