Синий цвет — символизирует доброту, верность, постоянство.
Друзы (кристалл) — символ района, богатого месторождением различных природных ископаемых, в том числе вольфрамовых и молибденовых руд, имеющих историческое и экономическое значение для района.
Орнамент «меандр» или молоточный орнамент «алхан хээ» выражает идею вечного движения. В данном случае — народное искусство, уважение, любовь к ремеслу и талант народа.
Первый флаг Закаменского района был утверждён 7 сентября 2007 года решением Совета депутатов муниципального образования «Закаменский район» № 240[1]. Описание флага гласило:
Флаг муниципального образования Закаменский район, представляет с собой прямоугольное полотнище, состоящее из двух горизонтальных полос, делящей флаг на две равные части. Верхняя полоса, жёлтого цвета, нижняя синего. В верхнем левом углу жёлтой части полотнища на расстоянии одной четверти длины флага от древка изображён герб района. Отношение ширины флага к его длине 1:2.
Жёлтый цвет — цвет солнца, синий — цвет неба. Изображение герба означает принадлежность к району.