Тапеяриды

Филогения семейства остаётся спорной, являясь частью общей проблемы о структуре надсемейства Azhdarchoidea. Конкурируют две точки зрения, в которых разнятся в первую очередь положение семейств Dsungaripteridae и Thalassodromidae, а также состав клады Neoazhdarchia и самого семейства Tapejaridae.

Первую точку зрения в 2014 году развили Headden и Campos в своей работе о беззубых птерозаврах Бразилии. Она состоит в том, что общий ствол аждархоид разделился на семейство Dsungaripteridae и кладу Neoazhdarchia, от которой потом отделились Azhdarchidae и Chaoyangopteridae, а представители Thalassodromidae являются близкими родственниками Tapejaridae в пределах клады Tapejaroidea. В самом семействе Tapejaridae авторы подсемейств не выделили.

Основная структура надсемейства Azhdarchoidea проиллюстрирована в кладограмме ниже^[6]:

В том же 2014 году Брайан Андрес, Джеймс Кларк и Сюй Син в исследовании ранних птеродактилей уточнили альтернативное мнение, существовавшее до них: общий ствол аждархоид разделился на кладу Tapejaromorpha, включающую несколько родов incertae sedis и семейство Tapejaridae с подсемейством Tapejarinae, и кладу Neoazhdarchia. Последняя разделилась на дочерние клады Azhdarchidae + Chaoyangopteridae и Dsungaripteridae + Thalassodrominae. Это видно на приведённой ниже кладограмме, в которой не показаны часть промежуточных таксонов^[7]:

По данным сайта Fossilworks, которые являются компиляцией первой точки зрения и более ранних классификаций, на май 2016 года в семейство включают следующие вымершие роды и виды^[8]:

• Род Huaxiapterus Lü & Yuan, 2005
  • Huaxiapterus atavismus Lü et al., 2016
  • Huaxiapterus benxiensis Lü et al., 2007
  • Huaxiapterus corollatus Lü et al., 2006
  • Huaxiapterus jii Lü & Yuan, 2005
• Род Ingridia Unwin & Martill, 2007 (или младший синоним Tupandactylus)
• Род Sinopterus Wang & Zhou, 2002
  • Sinopterus dongi Wang & Zhou, 2002
  • Sinopterus gui Li et al., 2003
• Род Tapejara Kellner, 1989
  • Tapejara wellnhoferi Kellner, 1989
• Род Tupandactylus Kellner & Campos, 2007
  • Tupandactylus imperator Campos & Kellner, 1997
  • Tupandactylus navigans Frey et al., 2003
• Подсемейство Tapejarinae Kellner, 1989
  • Род Caiuajara Manzig et al., 2014
    • Caiuajara dobruskii Manzig et al., 2014
  • Род Caupedactylus Kellner, 2013
    • Caupedactylus ybaka Kellner, 2013
• Подсемейство Chaoyangopterinae Pinheiro et al., 2011
  • Род Jidapterus Dong et al., 2003
    • Jidapterus edentus Dong et al., 2003
• Подсемейство Thalassodrominae
  • Род Kariridraco Cerqueira et al., 2021
    • Kariridraco dianae Cerqueira et al., 2021