Родился в семье французского купца, мать его была немкой. После смерти отца в США, где он вёл дела, в 1793 году вдова с детьми долгое время жила в Марселе, а затем на Сицилии. Рафинеск получил приличное домашнее образование, главной его привязанностью была ботаника. К 14-летнему возрасту он преуспел в изучении классических языков. Переселившись в 1802 году из Сицилии в Северную Америку, поступил на службу в торговый дом братьев Клиффорд в Филадельфии. В 1805 он вновь появился на Сицилии, где открыл собственное успешное дело. Бывая часто на рынке в Палермо, он купил довольно большое количество редких раковинмоллюсков (некоторые из них описаны Рафинеском впервые). В 1808 году избран членом Американской академии искусств и наук.
Корабль, на котором он возвращался в 1815 году в США, потерпел крушение у берегов Коннектикута: все его рукописи, коллекции (60 000 раковин) и 50 ящиков книг погибли. После смерти сына — названного Карлом Линнеем — его бросила жена, с которой они состояли в фактическом браке. Он осел в Нью-Йорке, где основал Лицей естественной истории. В 1819 году был избран профессором ботаники в частном Трансильванском университете (Лексингтон (Кентукки)). Также зарабатывал себе на жизнь уроками европейских языков. В 1820 году стал членом Американского общества антикваров. В 1826 году из-за ссоры с руководством, он уволился из университета. Далее он зарабатывал на жизнь публичными лекциями и пытался издавать в Филадельфии свои журналы, но не преуспел. Заинтересовавшись письменностью индейцев майя, в 1832 году установил, что опубликованный Гумбольдтом «Дрезденский кодекс» принадлежит культуре майя, а не ацтеков, как считалось ранее. Изучая репродукции Дрезденского кодекса и надписи из Паленке, раскрыл систему числовой записи древних майя, и связался с Шампольоном, полагая, что его метод поможет расшифровке иероглифов.
В 1840 году Рафинеск скончался в Филадельфии от рака печени и желудка. Предположительно, его кончину ускорило самолечение папоротником рода адиантум. В 1924 году его останки (или то, что было за них принято) перевезли в Лексингтон и захоронили в университете. На его надгробии начертали: «В честь того, кому так сильно запоздали почести» (англ.Honor to whom honor is overdue).
Рафинеск разработал собственную систему классификации живых организмов.
Совершив множество научных экспедиций по Северной Америке, Рафинеск открыл и описал (по его собственным словам) не менее 250 видов растений и животных[1].
В 1832—1833 Рафинеск выдвинул предположение, что комбинации точек и линий в письменности майя представляют собой цифры, и настоял на необходимости изучения современных майяских языков для понимания древней письменности. Его работы положили начало современному исследованию письменности майя[2].
В 1836 году Рафинеск опубликовал книгу «Американские нации», в которой расшифровал хроники делаваров: текст, называемый «Уалам-олум», достоверность которого современные учёные подвергают сомнению.
Boewe, C., G. Reynaud & B. Seaton (eds.) 1987. Précis ou abrégé des voyages, travaux, et recherches de C. S. Rafinesque; The original version of A Life of Travels. Amsterdam: North-Holland Publishing Co.
Call, R. E. 1895. The life and writings of Rafinesque. John P. Morton & Co., Louisville, Kentucky. [Facsimile edition in Sterling; see below.]
Fitzpatrick, T. J. 1911. Rafinesque: A sketch of his life with bibliography by T. J. Fitzpatrick. Historical Department of Iowa, Des Moines.
Merrill, E. D. 1949. Index rafinesquianus. Arnold Arboretum, Jamaica Plains, Massachusetts.
Rafinesque, C. S. 1836. A life of travels and researches in North America and South Europe. Published by the author, Philadelphia. [Reprinted in Chronica Botanica (8: 298—353. 1944) with an introduction by E. D. Merrill.]
Reveal, J. L. & J. S. Pringle. 1993. "Taxonomic botany and floristics, " pp. 157—192. In: Flora of North America Editorial Committee (ed.), Flora of North America north of Mexico. Volume 1. Oxford University Press, New York.
Sterling, K. B. 1978. Rafinesque, autobiography and lives. Arno Press, New York.